ЦКП «Коллекция микроорганизмов (UNIQEM)»

Основное

ОПИСАНИЕ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ ЦКП «КОЛЛЕКЦИЯ UNIQEM»

ЦКП «Коллекция уникальных и экстремофильных микроорганизмов различных физиологических групп биотехнологического назначения UNIQEM» (далее «Коллекция UNIQEM») основан на базе Федерального государственного учреждения «Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии» Российской академии наук».

Положение о ЦКП «Коллекция UNIQEM» утверждено в 2017 году. Коллекционный фонд микроорганизмов создан в Институте микробиологии им. С.Н. Виноградского.

Основное направление ЦКП состоит в выделении непатогенных микроорганизмов из природных и антропогенных экосистем, установлении их таксономической принадлежности и физиолого-биохимических свойств, оценке биотехнологического потенциала, сохранении и поддержании штаммов в жизнеспособном состоянии, предоставлении штаммов и информации о них для научных, образовательных и производственных организаций.

Существенная часть коллекционного фонда ЦКП была выделена, исследована и описана (в том числе, как представители новых родов, семейств и филумов) в ходе многолетних инициативных исследований сотрудников Института микробиологии им. С.Н. Виноградского ФИЦ Биотехнологии РАН. В коллекции UNIQEM имеются микроорганизмы нового или неопределенного таксономического статуса, трудно поддающиеся культивированию и не дублирующиеся в других коллекциях.

ЦКП «Коллекция UNIQEM» и сотрудничающие с ним структурные подразделения ФИЦ Биотехнологии РАН располагают полным комплексом современных методов и оборудования для обеспечения научно-сервисных услуг по изучению микробного разнообразия. Для сохранения коллекционного фонда используются различные методы культивирования и поддержания микроорганизмов (в зависимости от их особенностей) и режимы длительного хранения, в том числе, в криоконсервированном виде.

ЦКП «Коллекция UNIQEM» располагает помещениями, оборудованием (боксами для пересевов, термостатами, анаэростатами, холодильными камерами, криохранилищами и др.), расходными материалами (питательными средами, реактивами, стеклянной и пластиковой посудой и др.), набором методик для поддержания штаммов микроорганизмов для сохранения и резервирования текущих ресурсов. Молекулярно-генетические исследования штаммов микроорганизмов осуществляются на базе ЦКП «Биоинженерия» ФИЦ Биотехнологии РАН.

Основные направления научных исследований:

  • Изучение разнообразия, метаболизма и биогеохимической деятельности микроорганизмов различных мест обитания с анализом рибосомальных генов и генов, кодирующих ключевые ферменты, или полного генома.
  • Выявление и описание новых таксонов прокариот.
  • Поддержание и пополнение коллекций прокариот (в том числе, экстремофилов), обладающих биотехнологическим потенциалом для получения высокостабильных ферментов и широкого спектра биологически активных веществ, использования в биогидрометаллургии,  повышения нефтеотдачи, переработки отходов, очистки сточных вод и решения других задач.
  • Изучение форм длительного выживания и  механизмов адаптации бактерий к экстремальным условиям.
  • Оптимизация способов хранения микробных культур (в том числе, за счет перевода в покоящееся состояние) и разработка приемов реактивации клеток, утративших способность к прорастанию.
  • Изучение ультраструктурных характеристик клеток новых изолятов и длительно выживающих форм.

Каталог коллекции микроорганизмов UNIQEM

ЦКП «Коллекция UNIQEM» на сайте «Современная исследовательская инфраструктура Российской Федерации» — http://ckp-rf.ru/ckp/466895/


Контакты:

Руководитель ЦКП «Коллекция UNIQEM»
Мулюкин Андрей Львович, д.б.н., в.н.с.

+7 (499) 135-12-29, +7 (901) 502 06 05
uniqem@fbras.ru, andlm@mail.ru

Документы

Оборудование

ОБОРУДОВАНИЕ ЦКП «КОЛЛЕКЦИЯ UNIQEM»

Основное оборудование, закрепленное за ЦКП

№ п/п Наименование единицы оборудования Марка Фирма-изготовитель Страна Год выпуска Назначение
1 Электронный микроскоп трансмиссионный JEM 1400 JEOL Япония 2011 Изучение строения клеток
2 Система рентгеновского микроанализа INCA Energy TEM 350 Oxford Instruments Великобритания 2015 Элементный анализ клеток и частиц
3 Электронный микроскоп трансмиссионный JEM 100СХII JEOL Япония 1987 Изучение строения клеток
4 Микроскоп AxioImager D1 Carl Zeiss Германия 2005 Микроскопия клеток
5 Ламинарный бокс BIO-II-A TELSTAR Испания 2007 Работа с культурами микроорганизмов в стерильных условиях

Основное оборудование структурных подразделений и служб ФИЦ Биотехнологии РАН, используемое в работе ЦКП

№ п/п Наименование единицы оборудования Марка Фирма-изготовитель Страна Год выпуска Назначение
1 Термостат BD-115 Binder Германия 2009 Культивирование при заданных температурах
2 Термостат BD-53 Binder Германия 2007 Культивирование при заданных температурах
3 Термостат BD-53 Binder Германия 2007 Культивирование при заданных температурах
4 Низкотемпературный морозильник MDF-U5386S Sanyo Electric Япония 2006 Хранение образцов при -80 С
5 Криохранилища -3 ед. 8146 Thermo Fisher

Scientific

США 2011 Хранение культур микроорганизмов в жидком азоте
6 Ламинарный бокс D 7417 STEAG MicroTech GmbH Германия 1983 Работа с культурами микроорганизмов в стерильных условиях
7 Центрифуга 6K 15 Sigma США 2003 Центрифугирование образцов
8 Центрифуга Allegra X-22R Beckman Coulter CША 2009 Центрифугирование образцов
9 Стерилизатор ВК-30 Тюмень Медико Россия 2014 Стерилизация материалов и сред
10 Стерилизатор ВК-75 Тюмень Медико Россия 2014 Стерилизация материалов и сред
11 Стерилизатор DGM-80 DGM Pharma-Apparate Handel AG

 

Швейцария 2007 Стерилизация материалов и сред
12 Лиофильная сушка BenchtopTM K series VirTis Италия 2006 Получение лиофильно высушенных образцов
13 Аппарат для мойки и дезинфекции лабораторной посуды G 7883 CD Miele & Cie KG Германия 2009 Мойка и дезинфекция лабораторной посуды
14 Аквадистиллятор АЭ 25  МО Тюмень Медико Россия 2013 Получение дистиллированной воды

Сведения о метрологическом обеспечении

Услуги

УСЛУГИ, ПРЕДОСТАВЛЯЕМЫЕ ЦКП

Перечень услуг, предоставляемых ЦКП «Коллекция UNIQEM»:

    • Предоставление штаммов микроорганизмов (единиц хранения) внутренним и внешним пользователям для некоммерческого использования;
    • Хранение непатогенных микроорганизмов, не входящих в перечень I — III групп (в соответствии с действующими Санитарно-эпидемиологическими правилами СП 1.3.2322-08);
    • Консультации высококвалифицированных специалистов по вопросам культивирования, поддержания, хранения штаммов;
    • Проведение микроскопических исследований (в том числе, на базе центра микробной цитологии);
    • Предоставление ресурсов для обучения студентов и выполнения бакалаврских и магистерских работ в рамках сотрудничества с ВУЗами.


Проект гражданско-правового договора на предоставление услуги

Примеры упоминания оборудования и ресурсов ЦКП в публикациях

Письмо-запрос на оказание услуги, предоставляемой ЦКП «Коллекция UNIQEM»

ЗЛЕКТРОННАЯ ЗАЯВКА НА ОКАЗАНИЕ УСЛУГИ «МИКРОСКОПИЧЕСКИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ»

ЭЛЕКТРОННАЯ ЗАЯВКА НА ОКАЗАНИЕ УСЛУГИ «ПРЕДОСТАВЛЕНИЕ ШТАММОВ»

ЭЛЕКТРОННАЯ ЗАЯВКА НА ОКАЗАНИЕ УСЛУГИ «ХРАНЕНИЕ ШТАММОВ»

ЭЛЕКТРОННАЯ ЗАЯВКА НА ОКАЗАНИЕ УСЛУГИ »КОНСУЛЬТАЦИИ»

ПЕРЕЧЕНЬ И СТОИМОСТЬ ВЫПОЛНЯЕМЫХ ТИПОВЫХ УСЛУГ

Каталог коллекции

КАТАЛОГ КОЛЛЕКЦИИ МИКРООРГАНИЗМОВ UNIQEM

Коллекционный фонд ЦКП «Коллекция UNIQEM» представлен бактериями и археями различных таксономических и физиологических групп (в том числе, экстремофилами: термофилами, ацидофилами, алкалофилами, галофилами и др.).

Первая версия каталога организована в виде алфавитного списка микроорганизмов (с обозначением T для типовых штаммов) с возможностью перехода к подробному описанию штамма. Каталог составлен по результатам комплексной инвентаризации свыше 100 штаммов и проверки сохранности их жизнеспособности, проведенных за IV квартал 2016 г. в рамках Госзадания «Коллекция уникальных и экстремофильных микроорганизмов биотехнологического назначения» (№ ИСГЗ) 0104-2016-0001 и будет пополняться.

Каталог коллекции уникальных и экстремофильных микроорганизмов
различных физиологических групп биотехнологического назначения UNIQEM

*T — типовой штамм

АPXEИ
Acidilobus aceticus T
Acidilobus saccharovorans T
Acidiplasma sp.
Desulfurococcus amylolyticus
Ferroplasma acidiphilum T
Fervidicoccus fontis T
Methanosarcina lacustris T
Methanosarcina sp.
Methanosarcina sp.
Methanospirillum stamsii T
“Ca. Nitrosotenuis uzonensis“ T
«Ca. Nitrososphaera gargensis»
Pyrobaculum ferrireducens T
Thermofilum «adornatus» T
Thermofilum uzonense T
Thermogladius calderae T
БАКТЕРИИ
Aeribacillus pallidus
Acidithiobacillus caldus
Ancylobacter abiegnus T
Asticcacaulis benevestitus T
Azospirillum lipoferum
Azospirillum lipoferum
Bacillus cereus T
Bacillus sp.
Brockia lithotrophica T
Bryobacter aggregatus T
Bryocella elongata T
Carboxydocella sporoproducens T
Carboxydothermus siderophilus T
Chloroflexus islandicus T
Clostridium alkalicellulosi  T
Clostridium amygdalinum T
Desulfotomaculum carboxydivorans T
Dissulfuribacter thermophilus T
Dissulfurirhabdus thermomarina T
Ectothiorhodospira magna T
Ectothiorhodospira variabilis T
«Euhalothece natronophila»
Fimbriiglobus ruber T
Fuchsiella ferrireducens T
Geitlerinema sp.
Geoalkalibacter ferrihydriticus T
Geobacillus gargensis T
Geobacillus subterraneus T
Geobacillus subterraneus
Geobacillus subterraneus
Geobacillus uzenensis T
Geobacillus uzenensis
Geobacillus jurasicus T
Geobacillus jurasicus
Geobacillus sp.
Inmirania thermothiophila T
Lamprobacter modestohalophilus
Leprospirillum ferriphillum
Marichromatium purpuratum
Melioribacter roseus T
Methylobacter sp.
Methylocapsa acidiphila T
Methylocapsa aurea T
Methylocystis sp.
Methylocystis bryophila T
Methyloferula stellata T
Methylorosula polaris T
Methylosinus sporium
Methylosinus sporium
Methylosinus sporium
Methylosinus sporium
Methylosinus trichosporium
Methylosinus trichosporium
Methylosinus trichosporium T
Methylovulum psychrotolerans T
Nitrospira moscovensis T
Paludibaculum fermentans T
Paludisphaera borealis T
Proteinivorax tanatarense T
Proteinivorax hydrogenoformans T
Rhodobaculum claviforme T
Rhodomicrobium vannielii
Schlesneria paludicola T
Singulisphaera acidiphila T
Soehngenia saccharolytica T
Streptomyces albus
Streptomyces albus
Streptomyces rutgersensis 
Streptomyces venezuelae
Streptomyces violaceusniger
Streptomyces violarus
Streptomyces virginiae
Streptomyces cinnamoneus T
Streptomyces griseus 
Streptomyces griseus 
Streptomyces sp.
Streptomyces sp.
Streptomyces sp.
Streptomyces sp.
Streptomyces sp.
Streptomyces sp.
Streptomyces sp.
Sulfobacillus sibiricus T
Sulfobacillus thermosulfidooxidans T
Sulfobacillus thermotolerans T
Telmatocola sphagniphila
Thermoanaerobacterium aciditolerans T
Thermodesulfitimonas autotrophica T
Thermogutta hypogea T
Thermosulfurimonas dismutans T
Thermosulfurimonas litoralis
Thiaoalkalicoccus limnaeus
Thioalkalispira microaerophila T
Thioalkalivibrio denitrificans T
Thioalkalivibrio halophilus T
Thioalkalivibrio nitratireducens T
Thioalkalivibrio paradoxus T
Thioalkalivibrio nitratis T
Thioalkalivibrio sulfidophilus T
Thioalkalivibrio thiocyanodenitrificans T
Thioalkalivibrio versutus T
Thiorhodospira sp.