Попов Владимир Олегович


 

popov_new-копия_small Попов Владимир Олегович
член-корреспондент РАН, доктор химических наук, профессор
Директор ФИЦ «Фундаментальные основы биотехнологии» РАН
заведующий лабораторией инженерной энзимологии
Телефон +7 (495) 952-34-41
E-Mail vpopov@fbras.ru, vpopov@inbi.ras.ru

Референт: Мокина Анна Владимировна

Телефон +7 (495) 952-3441
E-Mail amokina@inbi.ras.ru

Образование и ученые степени:

1970-1975 МГУ им.М.В.Ломоносова, Химический факультет
1978 канд.дисс. МГУ им.М.В.Ломоносова, Химический факультет
1988 докт.дисс Институт биохимии им.А.Н.Баха РАН
1997 профессор Институт биохимии им.А.Н.Баха РАН
2011 член-корреспондент РАН

Место работы:

2015-н/в Директор ФИЦ «Фундаментальные основы биотехнологии» РАН
2001-2015 Директор Института биохимии им.А.Н.Баха РАН
1999-2001 Зам.директора по науке Института биохимии им.А.Н.Баха РАН
1991-н/в Заведующий лабораторией инженерной энзимологии Института биохимии им.А.Н.Баха РАН
1987-1991 Ведущий научный сотрудник, руководитель группы структурно-функциональных исследований макромолекул Института биохимии им.А.Н.Баха РАН
1981-1987 Старший научный сотрудник Института биохимии им.А.Н.Баха РАН
1977-1981 Младший научный сотрудник кафедры химической энзимологии химического факультета МГУ им.М.В.Ломоносова
1975-1977 Стажер-исследователь кафедры химической энзимологии химического факультета МГУ им.М.В.Ломоносова

Награды и отличия:

1997 Премия правительства России за достижения в области науки и техники “Создание технологии биологической очистки воздуха от техногенных выбросов летучих органических соединений”
2010 Премия правительства России за достижения в области науки и техники «Создание и внедрение в отечественную практику биотехнологических методов анализа для решения социально значимых задач неонатального скрининга, контроля наркопотребления и безопасности продуктов питания»

Членство:

1991 Председатель Ученого Совета Института биохимии им.А.Н.Баха РАН
1996 Председатель Научного совета по биохимии РАН
2001 Член редколлегии журнала «Биохимия»
2002 Главный редактор журнала «Прикладная биохимия и микробиология»
2002 Заместитель Ответственного редактора ежегодника «Успехи биологической химии»
2002 Председатель научного совета по биохимии РАН
2003 Руководитель Национального контактного центра по направлению «Биотехнология, сельское хозяйство и пища» Европейской рамочной программы FP7
2005 Представитель Российской Федерации в Рабочей группе по биотехнологии ОЭСР
2010 Руководитель отдела «Белковая Фабрика» НБИКС-Центра Национального исследовательского центра «Курчатовский институт»
2011 Координатор российской технологической платформы «Биоиндустрия и биоресурсы»
2012 Председатель Экспертной комиссии по присуждению Премии им. А.Н. Баха РАН
2013 Член редколлегии журнала «Российские нанотехнологии»


Основные научные интересы:

Структурная биология. Нанобиотехнологии. Энзимология, механизм действия, структура и функция ферментов. Белковая инженерия. Инженерная энзимология. Биотрансформации. Биотехнология и охрана окружающей среды.


Публикации:

Более 250 статей в реферируемых журналах, 14 авторских свидетельств и патентов, 1 монография

Основные работы В.О. Попова связаны с изучением структуры и механизма действия ферментов и применением биокатализаторов для решения практических задач. Им получено более 50 структур белков и белковых комплексов высокого разрешения; выяснена структура и механизм действия практически важных NAD-зависимых дегидрогеназ и металлоферментов; получен рекомбинантный ростовой фактор, контролирующий пролиферацию мышечных тканей, на основе которого создается лекарственный препарат, вошедший в стадию клинических испытаний; разработаны методики, используемые в отечественной системе нанобиобезопасности.

Большое практическое значение имеют работы В.О. Попова в области биотехнологии и инновационной деятельности. Под его руководством реализовано несколько крупных инновационных проектов в том числе создана промышленная технология биологической очистки воздуха от техногенных выбросов летучих органических соединений; разработана комплексная технология переработки малоценного сырья животного происхождения в корма и функциональные продукты питания.

Попов В.О. — профессор биологического факультета МГУ им. М.В. Ломоносова, член-корреспондент РАН. Под его руководством выполнены и защищены 15 кандидатских диссертаций.


Избранные публикации:

1. Lamzin V.S., Popov V.O. NAD-dependent formate dehydrogenase. Biochem.J. (1994) v.301, 625-643.

2. Kutzenko A.S., Lamzin V.S., Popov V.O. Conserved supersecondary structural motif in NAD-dependent dehydrogenases. FEBS Lett. (1998) v.423, N1, 105-109.

3. Popov V.O., Tishkov V.I. Protein Engineering of Formate Dehydrogenase. Biomolecular Eng. (2006) v.23, N2-3, 89–110.

4. А.М. Безбородов, Н.А.Загустина, В.О.Попов. Ферментативные процессы в биотехнологии, Наука 2008, 335 стр.

5. Polyakov K.M., Boyko K.M., Tikhonova T.V., Slutsky A., Antipov A.N., Zvyagilskaya R.A., Popov A.N., Lamzin V.S. and Popov V.O. High-resolution structural analysis of a novel octaheme cytochrome c nitrite reductase from the haloalkaliphilic bacterium Thioalkalivibrio nitratireducens. J.Mol.Biol. (2009) v.389, N5, 846-862.

6. Zagustina N.A., Krikunova N.I., Kulikova A.K., Misharina T.A., Romanov M.E., Ruzhitsky A.O., Terenina M.B., Veprizky A.A., Zukov V.G., Popov V.O. Composition of air emission from a tobacco factory and development of the biocatalyst for odour control. J.Chem.Technol.Biotechnol. (2010) v. 85, З20-327.

7. Kravchenko I.V., Furalyov V.A., Lisitsina E.S., Popov V.O. Stimulation of mechano-growth factor expression by second messengers. Arch.Biochem.Biophys. (2011) v.507, 323-331.

8. Bezsudnova E.Y., Boyko K.M., Polyakov K.M., Dorovatovskiy P.V., Stekhanova T.N., Gumerov V.M., Ravin N.V., Skryabin K.G., Kovalchuk M.V., Popov V.O. Structural insight into the molecular basis of polyextremophilicity of short-chain alcohol dehydrogenase from the hyperthermophilic archaeon Thermococcus sibiricus. Biochemie (2012) v.94, N12, 2628–2638.

9. Trofimov A.A., Polyakov K.M., Lazarenko V.A., Popov A.N., Tikhonova T.V., Tikhonov А.V., Popov V.O. Structural study of the X-ray induced enzymatic reaction of octaheme cytochrome c nitrite reductase Acta Cryst. Sect.D (2015) v.71, N5, 1087-94.

10. Irina V.Kravchenko, Vladimir A.Furalyov, Spyros Chatziefthimiou, Matthias Wilmanns, Vladimir O.Popov. Induction of insulin-like growth factor 1 splice forms by subfragments of myofibrillar proteins Mol Cell Biochem. (2015) v.399, 69-77.

11. Boyko Konstantin, Stekhanova Tatiana, Nikolaeva Alena, Mardanov Andrey V., Rakitin Andrey L., Ravin Nikolai V., Bezsudnova Ekaterina and Popov Vladimir. First structure of archaeal branched-chain transaminase from Thermoproteus uzoniensis with specificity to L-amino acids and R-amines. Extremophiles (2016) v.20, 215-225.

12. Konstantin Boyko, Tatiana Rakitina, Dmitry Korzhenevskiy, Anna Vlaskina, Yuliya Agapova, Dmitry Kamashev, Sergey Kleymenov, Vladimir Popov. Structural basis of high thermal stability of histone-like HU protein from mollicute Spiroplasma melliferum KC3. Sci.Rep. (2016) Nov3;6:36366. doi: 10.1038/srep36366.


Публикации последних лет:

1. Bezsudnova E.Yu., Sorokin D.Yu., Tikhonova T.V. and Popov V.O. Thiocyanate hydrolase, the primary enzyme initiating thiocyanate degradation in the novel obligately chemolithoautotrophic halophilic sulfur-oxidizing bacterium Thiohalophilus thiocyanoxidans. Biochimica et Biophysica Acta — Proteins & Proteomics (2007) v.1774, N12, 1563–1570.

2. Kuznetsova T.V., Schulga A.A., Wulfson A.N., Keruchenko J.S., Ermolyuk Y.S., Keruchenko I.D., Tikhonov R.V., Lisitskaya K.V., Makarov A.A., Chobotova K., Khomenkov V.G., Khotchenkov V.P., Popov V.O., Kirpichnikov M.P., Shevelev A.B. Producing human mechano growth factor (MGF) in Escherichia coli. Protein Expr Purif. (2008) v.58, N1, 70-77.

3. Хоменков В.Г., Шевелев А.Б., Жуков В.Г., Загустина Н.А., Безбородов А.М., Попов В.О. Организация метаболических путей и молекулярно-генетические механизмы биодеградации ксенобиотиков у микроорганизмов. Прикладная Биохимия и микробиология (2008) т.44, N2, 133–152.

4. Фуралёв В.А., Кравченко И.В., Хотченков В.П., Попов В.О. Малые интерферирующие РНК к миостатину мыши. Биохимия (2008) т.73, N3, 420–425.

5. Kravchenko I.V., Furalyov V.A. and Popov V.O. Hyperthermia and acidification stimulate mechano-growth factor synthesis in murine myoblasts and myotubes. Biochemical and Biophysical Research Communications (2008) v.375, 271-274.

6. Andreadeli A., Platis D., Tishkov V., Popov V., and Labrou N. Rapid evolution of formate dehydrogenase coenzyme specificity by site-saturation mutagenesis. FEBS J. (2008) v.275, N15, 3859-3869.

7. Керученько Я.С., Хотченков В.П., Попов В.О., Морозкина Е.В., Марченко А.Н., Беневоленский С.В. Кассета и рекомбинантная плазмида для экспрессии и секреции механозависимого фактора роста человека (MGF), штамм Saccharomyces cerevisiae – продуцент MGF и способ получения MGF. Патент №2344173 от 20.01.09.

8. Фуралев В.А., Кравченко И.В., Попов В.О. Малые интерферирующие РНК к гену миостатина человека. Мол.биология (2009) т.43, N4, 636-641.

9. Shabalin I.G., Filippova E.V., Polyakov K.M., Sadykhov E.G., Safonova T.N., Tikhonova T.V., Tishkov V.I. and Popov V.O. Structures of apo and holo forms of formate dehydrogenase from the bacterium Moraxella sp. C-1: towards understanding the mechanism of the closure of the interdomain cleft. Acta Crystallographica Sect.D (2009) v.65, 1315-1325.

10. Шабалин И.Г., Поляков К.М., Тишков В.И., Попов В.О. Пространственная структура НАД+-зависимой формиатдегидрогеназы из бактерий Moraxella sp. C-1 при атомном разрешении. Acta Naturae (2009) т.1, N3, 98-102.

11. Stekhanova T.N., Mardanov A.V., Bezsudnova E.Y., Gumerov V.M., Ravin N.V., Skryabin K.G., Popov V.O.. Characterization of thermostable short-chain alcohol dehydrogenase from archaeon Thermococcus sibiricus. Appl Environ Microbiol. (2010) v76, N12, 4096-4098.

12. Tikhonova T.V., Polyakov K.M., Boyko K.M., Safonova T.N., Popov V.O. Octaheme cytochrome c nitrite reductase in Handbook of Metalloproteins, ed A. Messerschmidt, John Wiley: Chichester. DOI: 10.1002/0470028637.met276. Published 15 September 2010.

13. Morozkina E.V., Marchenko A.N., Keruchenko J.S., Khotchenkov V.P., Popov V.O., Benevolensky S.V. Proteinase B disruption is necessary for high level production of human mechano growth factor (MGF) in Saccharomyces cerevisiae. J.Mol.Microbiol.Biotechnol. (2010) v.18, 188-194.

14. Trofimov A.A., Polyakov K.M., Boyko K.M., Tikhonova T.V., Safonova T.N., Tikhonov A.V., Popov A.N., and Popov V.O. Structures of complexes of octaheme cytochrome с nitrite reductase from Thioalkalivibrio nitratireducens with sulfite and cyanide. Acta Crystallographica Sect.D (2010) v.66, 1043-1047.

15. Нилов Д.К., Шабалин И.Г., Попов В.О., Швядас В.К. Изучение транспорта формиата через субстратный канал формиатдегидрогеназы при помощи управляемой молекулярной динамики. Биохимия (2011) т.76, 211-213.

16. Kravchenko I.V., Furalyov V.A., Popov V.O. Stimulation of mechano-growth factor expression by myofibrillar proteins in murine myoblasts and myotubes. Molecular and Cellular Biochemistry (2012) v.363, N1-2, 347-355

17. Nilov D.K., Shabalin I.G., Popov V.O., Svedas V.K.. Molecular Modeling of Formate Dehydrogenase: the Formation of the Michaelis Complex. Journal of Biomolecular Structure and Dynamics (2012) v.30, N2, 170–179.

18. Trofimov A.A., Polyakov K.M., Tikhonova T.V., Tikhonov A.V., Safonova T.N., Boyko K.M., Dorovatovskii P.V., Popov V.O. Covalent modifications of catalytic tyrosine in octaheme cytochrome c nitrite reductase and their effect on the enzyme activity. Acta Crystallographica Sect.D (2012) v.68, 144–153.

19. Гмошинский И.В.,  Хотимченко С.А.,  Попов В.О.,  Дзантиев Б.Б.,  Жердев А.В.,  Демин В.Ф.,  Бузулуков Ю.Г. Наноматериалы и нанотехнологии: методы анализа и контроля. Успехи химии (2013) т.82, N1, 48-76.

20. Rose-Marie A. S. Doyle, Sophie J. Marritt, James D. Gwyer, Thomas G. Lowe, Tamara V. Tikhonova, Vladimir O. Popov, Kate Haynes, Justin M. Bradley, Myles R. Cheesman and Julea N. Butt Contrasting catalytic profiles of multiheme nitrite reductases containing CxxCK heme-binding motifs. Journal of Biological Inorganic Chemistry (2013) v.18, N 6, 655-667.

21. Tatiana N. Stekhanova, Ekaterina Y. Bezsudnova, Andrey V. Mardanov, Vadim M. Gumerov, Natalya Artemova, Serguey Y. Kleymenov, Vladimir O. Popov. Sodium chloride-induced modulation of the activity and thermal stability of short-chain oxidoreductase from Thermococcus sibiricus. Applied Biochem.Biotech. (2013) v.171, N7, 1877-1889.

22. Evgeny Osipov, Konstantin Polyakov, Roman Kittl, Sergey Shleevd, Pavel Dorovatovsky, Tamara Tikhonova, Stephan Hann, Roland Ludwig and Vladimir Popov. Effect of the L499M mutation of ascomycetous Botrytis aclada laccase on redox potential and catalytic properties. Acta Cryst. Sect.D (2014) v.70, 2913–2923.

23. Тихонова Т.В., Попов В.О. Структурные и функциональные исследования мультигемовых цитохромов с, вовлеченных в экстраклеточный транспорт электронов в процессах диссимиляторной бактериальной металлоредукции. Успехи биологической химии (2014) т.54, 349-384.

24. T. N. Safonova, Mikhailov S.N., Veiko V.P.,  Mordkovich, N.N., Manuvera V.A., Alekseev C.S., Kovalchuk M.V., Popov V.O., Polyakov K.M. High-syn conformation of uridine and asymmetry of the hexameric molecule revealed in the high-resolution structures of Shewanella oneidensis MR-1 uridine phosphorylase in the free form and in complex with uridine.Acta Cryst. Sect.D (2014) v.70, N12, 3310–3319.

25. Irina V.Kravchenko, Vladimir A.Furalyov, Spyros Chatziefthimiou, Matthias Wilmanns, Vladimir O.Popov. Induction of insulin-like growth factor 1 splice forms by subfragments of myofibrillar proteins. Mol Cell Endocryn. (2015) v.399, 69-77.

26. Trofimov A.A., Polyakov K.M., Lazarenko V.A., Popov A.N., Tikhonova T.V., Tikhonov А.V., Popov V.O. Structural study of the X-ray induced enzymatic reaction of octaheme cytochrome c nitrite reductase. Acta Cryst. Sect.D (2015) v.71, N5, 1087-94.

27. Бойко К.М., Попов В.О., Ковальчук М.В. Перспективные методы кристаллизации макромолекул, уменьшающие конвекционный транспорт вещества к растущему кристаллу. Успехи химии (2015) т.84, 853-859.

28. Ekaterina Yu. Bezsudnova, Tatiana E. Petrova, Anna V. Popinako, Mikhail Yu. Antonov, Tatiana N. Stekhanova and Vladimir O. Popov. Intramolecular hydrogen bonding in the polyextremophilic short-chain dehydrogenase from the archaeon Thermococcus sibiricus and its close structural homologs. Biochemie (2015) v.118, 82-89.

29. Modarres, Hassan, Dal Peraro, Matteo, Ravin Nikolai, Dorokhov Boris, Popov Vladimir, Skryabin Konstantin. Understanding and engineering thermostability in the DNA ligase from Thermococcus sp. 1519. Biochemistry (2015) v.54, N19, 3076-85.

30. Slutskaya E., Artemova N., Kleymenov S., Petrova T., Popov V. Heat-induced conformational changes of TET peptidase from crenarchaeon Desulfurococcus kamchatkensis. European Biophysics Journal (2015) v.44, N8, 667-675.

31. Boyko Konstantin, Stekhanova Tatiana, Nikolaeva Alena, Mardanov Andrey V., Rakitin Andrey L., Ravin Nikolai V., Bezsudnova Ekaterina and Popov Vladimir. First structure of archaeal branched-chain transaminase from Thermoproteus uzoniensis with specificity to L-amino acids and R-amines. Extremophiles (2016) v.20, 215-225.

32. Safonova T., Mordkovich N., Veiko V., Okorokova N., Manuvera V., Dorovatovsky P.,
Popov V., Polyakov K. Concerted action of two subunits of the functional dimer of Shewanella oneidesis MR-1 uridine phosphorylase derived from a comparison of the C212S mutant and the wild-type enzyme. Acta Cryst. Sect.D (2016) v72, 203-210.

33. Nikolaev I.V., Sforza S., Lambertini F., Ismailova D.Y., Khotchenkov V.P., Volik V.G., Dossena А, Popov V.O., Koroleva O.V. Biocatalytic conversion of poultry processing leftovers: Optimization of hydrolytic conditions and peptide hydrolysate characterization. Food Chem. (2016) 197 (Pt A), 611-621.

34. Konstantin M. Boyko, Marina A. Gorbacheva, Dmitry A. Korzhenevskiy, Maria  G. Alekseeva, Dilara A. Mavletova, Natalia V. Zakharevich, Sergey M. Elizarov, Natalia N. Rudakova, Valery N. Danilenko, Vladimir O. Popov. Structural characterization of the novel aminoglycoside phosphotransferase AphVIII from Streptomyces rimosus with enzymatic activity modulated by phosphorylation. Biochem.Biophys.Res.Commun. (2016) v.477, N4, 595-601.

35. Ekaterina Yu. Bezsudnova, Tatiana N. Stekhanova, Dmitry A. Suplatov, Andrey V. Mardanov, Nikolai V. Ravin, and Vladimir O. Popov. Experimental and computational studies on the unusual substrate specificity of branched-chain amino acid aminotransferase from Thermoproteus uzoniensis. Arch.Biochem.Biophys. (2016) v.607, 27-36.

36. Ekaterina Bezsudnova, Tatiana Petrova, Natalia Artemova, Konstantin Boyko, Ivan Shabalin, Tatiana Rakitina, Konstantin Polyakov, Vladimir Popov. NADP-dependent aldehyde dehydrogenase from archaea Pyrobacullum sp.1860: structural and functional features. Archaea (2016) Article ID 9127857, doi:10.1155/2016/9127857

37. Tatiana N. Stekhanova, Andrey L. Rakitin, Andrey V. Mardanov, Ekaterina Yu. Bezsudnova, Vladimir O. Popov. A Novel highly thermostable branched-chain amino acid aminotransferase from the crenarchaeon Vulcanisaeta moutnovskia. Enz.Microb.Technol. (2017) v.96, 127-134, doi.org/10/1016/j.enzmictec.2016.10.002.