Основное
Центр коллективного пользования «Биоинженерия» организован в 2003 году, как структурное подразделение Центра «Биоинженерия» РАН. В настоящее время ЦКП функционирует на базе ФИЦ Биотехнологии РАН.
Основная задача ЦКП «Биоинженерия» — обеспечение современным научным оборудованием исследований в области высокопроизводительной геномики, молекулярной диагностики и биоинженерии: секвенирование геномной ДНК, ПЦР-фрагментов, молекулярно-экологический анализ природных и антропогенных сообществ прокариот на основе филогенетического анализа последовательностей 16S рРНК, а также генов, кодирующих разнообразные функциональные гены бактерий и архей (cbbL, nifH, pufLM, fmoA и т.п.), разработка ПЦР-маркеров для идентификации различных генетических мишеней, в том числе ГМО.
ЦКП оснащен комплексом современного высокопроизводительного уникального научного оборудования – блоком автоматических секвенаторов ДНК (капиллярные ABI3100-3730, пиросеквенатор Roche 454 FLX, полупроводниковый IonTorrent), амплификаторами ДНК, масс-спектрометром, атомно-силовым микроскопом. Методы секвенирования обеспечены метрологической поддержкой. На оборудовании ЦКП выполнены проекты по секвенированию XII хромосомы картофеля, 12 геномов бактерий и архей, диатомовой водоросли и митохондриального генома возбудителя описторхоза Opistorchis felineus. АЦКП «Биоинженерия» предоставляет возможность проведения исследований на имеющемся уникальном оборудовании внешним организациям. За время существования в ЦКП его услугами воспользовались более чем 100 организаций России, стран СНГ и зарубежья.
Спектр предлагаемых услуг ЦКП включает:
- секвенирование ДНК, полногеномное секвенирование;
- определение таксономического статуса неизвестного микроорганизма на основе филогенетического анализа 16S рРНК;
- анализ видового разнообразия микробных и архейных сообществ;
- исследование аллельного полиморфизма локусов геномной ДНК;
- разработка методов идентификации заданных генетических мишеней;
- стажировка специалистов из других научных учреждений.
Направления научных исследований:
- высокопроизводительная геномика, секвенирование геномной ДНК и ПЦР-фрагментов;
- молекулярно-экологический анализ природных и антропогенных сообществ прокариот на основе филогенетического анализа последовательностей 16S рРНК, а также генов, кодирующих разнообразные функциональные гены бактерий и архей (cbbL, nifH, pufLM, fmoA и т.п.);
- разработка ПЦР-маркеров для идентификации различных генетических мишеней;
- поиск и описание новых видов аноксигенных нитчатых фототрофных бактерий (АНФБ), секвенирование и анализ их геномов, реконструкция эволюции АНФБ на ранних этапах развития жизни на Земле;
- в сотрудничестве с Институтом Питания — разработка и валидирование методов идентификации и количественного анализа ГМО в продуктах питания.
Высококвалифицированные специалисты с большим опытом работы окажут помощь в проведении исследований, обучении новым методикам. Все работы осуществляются на высокоточном современном научном оборудовании с применением новейших методик и качественных расходных материалов.
Краткая информация:
| Наименование ЦКП: | ЦКП «Биоинженерия» |
| Базовая организация: | Федеральное государственное учреждение «Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии» Российской академии наук» |
| Фактический адрес размещения ЦКП: | 117312 Российская Федерация, Москва, пр-т 60-летия Октября д.7, корп.1 |
| Год создания ЦКП: | 2003 |
| Сайт ЦКП: | http://www.fbras.ru/services/ckp/ckp-bioinzheneriya |
| ЦКП на сайте «Научно-технологическая инфраструктура Российской Федерации»: | https://ckp-rf.ru/catalog/ckp/2933/ |
Контакты:
Руководитель ЦКП «Биоинженерия»
Колганова Татьяна Владимировна, к.т.н.
+7 (499) 135-12-40
+7 (499) 135-05-71
moldiag@biengi.ac.ru
Документы
ДОКУМЕНТЫ ЦКП «БИОИНЖЕНЕРИЯ»
ПРИКАЗ о создании ЦКП «Биоинженерия»
ПОЛОЖЕНИЕ о ЦКП «Биоинженерия» и ЦКП «Промышленные биотехнологии»
ПОРЯДОК предоставления услуг ЦКП «Биоинженерия»
РЕГЛАМЕНТ предоставления услуг ЦКП «Биоинженерия»
ПРИКАЗ о дорогостоящем научном оборудовании, закрепленным за ЦКП «Биоинженерия»
Проект типового договора на предоставление услуг ЦКП «Биоинженерия»
Шаблон заявки на выполнение услуг
Календарная загрузка оборудования ЦКП “Биоинженерия” на 2023 год
План работы ЦКП “ Биоинженерия” 2023 год
Сотрудники
СОСТАВ ЛАБОРАТОРИИ
| № | ФИО | Ученая степень, звание | Должность | Место работы | Городской телефон | Внутренний телефон | |
| 1 | Колганова Татьяна Владимировна | к.т.н. | с.н.с., руководитель ЦКП «Биоинженерия» | ИНБ, комн. 311 | (499) 135-12-40 | - | moldiag@biengi.ac.ru |
| 2 | Баслеров Роман Валерьевич | - | м.н.с. | ИНБ, комн. 311 | (499) 135-12-40 | - | moldiag@biengi.ac.ru |
| 3 | Патутина Екатерина Олеговна | - | м.н.с. | ИНБ, комн. 310 | (499) 135-12-40 | - | patutina@bk.ru |
| 4 | Сухачева Марина Владимировна | к.б.н. | н.с. | ИНБ, комн. 312 | (499) 135-12-40 | - | moldiag@biengi.ac.ru |
| 5 | Узун Мария Михайловна | - | м.н.с. | ИНБ, комн. 308 | (499) 135-12-40 | - | uzunmasha@gmail.com |
Оборудование
ОБОРУДОВАНИЕ ЦКП «БИОИНЖЕНЕРИЯ»
| № | Наименование | Страна | Фирма-изготовитель | Год | Краткие технические характеристики |
| 1 | Автоматический капиллярный секвенатор
3730DNA Analyzer (Applied Biosystems) |
Соединённые Штаты Америки | Applied Biosystems Inc | 2004 | Длина капилляров – 360 или 500 мм
Количество капилляров – 48 Вместимость – до 16 планшетов (96-луночных) Используемый полимер – POP7 Максимальная длина прочтения – 700 п.н. Пропускная способность – высокая |
| 2 | Система анализа последовательностей молекул ДНК IonTorrent (Illumina) | Соединённые Штаты Америки | Illumina Inc. | 2012 | Продолжительность запуска, часов – 4-55;
максимальная производительность, Гб – 15; число прочтений за запуск, млн – 1-25; максимальная длина прочтения – 2×300 п.н. |
| 3 | Фрагментатор ДНК Hydroshear (Genomic Solutions Inc.) | Соединённые Штаты Америки | Genomic Solutions Inc. | 2007 | Прибор для фрагментации ДНК.
Номинальный ток предохранителя: 3 А Номинальное напряжение предохранителя: 250 В. Напряжение: 100–250 В переменного тока. Частотный диапазон: 47-100 Гц. |
| 4 | Пиросеквенатор ДНК 454 GS FLX (Roche) | Швейцария | Roche | 2006 | Геномный секвенатор является уникальной высокопроизводительной системой для параллельного анализа более миллиона фрагментов, при средней длине анализируемого фрагмента в 800 нуклеотидов. Область применения:
|
| 5 | Счетчик частиц Z1 (Beckman) | Соединённые Штаты Америки | Beckman Coulter | 2007 | Анализатор размера частиц Coulter Counter Z1 (счетчик клеток) позволяет задать два пороговых значения для точного автоматического подсчета однородных частиц и клеток в диапазоне от 1 до 120 мкм. Принцип измерения: изменение электрических импульсов, возникающих при прохождении клеток через апертуру счетного элемента. |
| 6 | Система для проведения пульс-электрофореза ДНК CHEF DR III Chiller (BioRad) | Соединённые Штаты Америки | BioRad | 2007 | Полуавтоматическая система пульс-электрофореза Chef-DR III Variable Angle System от Bio-Rad. Предназначена для разделения больших фрагментов ДНК |
| 7 | Генетический анализатор
4300 DNA Analyzer (Li-Cor) |
Соединённые Штаты Америки | Li-Cor | 2007 | Проведение фрагментного анализа образцов ДНК путем детекции при электрофорезе в полиакриламидном геле фрагментов ДНК, меченных инфракрасным красителем (IRD700 и IRD800) |
| 8 | Система сбора данных BioDocAnalyser II (Biometra) | Германия | Biometra | 2003 | Документирование гель-электрофорезов в видимом и ультрафиолетовом спектре |
| 9 | Компьютерный кластер Victoria | Россия | н.д. | 2003 | Предназначен для проведения высоко производительных расчетов. 16 units Pentium-III, сервер с сетевым хранилищем для информации, сетевой hub на 16 портов, бесперебойный источник питания. |
| 10 | Лабораторная установка повышенной степени чистоты | Россия | н.д. | 2003 | Класс чистоты помещения – 1ИСО |
| 11 | Лаборатория для исследования физических свойств объектов со сверхвысоким разрешением Интегра Прима (НТ-МДТ) | Россия | НТ-МДТ | 2010 | Сканирующий зондовый микроскоп на базе АСМ с системой видеонаблюдения.
Разрешение позиционирования – 5 мкм, |
| 12 | ДНК-амплификаторы Tetrad-2 (BioRad) | Соединённые Штаты Америки | BioRad | 2006 | Амплифицирующих модулей – 4
Модуль рассчитан на 96 пробирок объёмом до 200 мкл или 1 96-луночный планшет. Объём отдельной пробы от10 до 100 мкл. Функция градиентной ПЦР.
|
| 13 | Система проведения ПЦР в реальном времени CFX96 Real-Time System (BioRad) | Соединённые Штаты Америки | BioRad | 2010 | Амплифицирующий модуль рассчитан на 96 пробирок объёмом до 200 мкл или 1 96-луночный планшет. Объём отдельной пробы 10-50 мкл. |
| 14 | ДНК-амплификатор Eppendorf Mastercycler Gradient (Eppendorf) | Германия | Eppendorf | 2010 | Амплифицирующих модулей – 1.
Модуль рассчитан на 96 пробирок объёмом до 200 мкл или 1 96-луночный планшет. Объём отдельной пробы от10 до 100 мкл. Функция градиентной ПЦР. |
| 15 | Электропоратор Eppendorf Multiporator (Eppendorf) | Германия | Eppendorf | 2006 | Для транзитной или стабильной электропорации эукариотических клеток, трансфекции бактерий, дрожжей и других микроорганизмов, электрослияния клеток млекопитающих, растений и ооцитов.
Модуль для эукариотических клеток: импульсное напряжение, В: 20 100, шаг 1 100 1000, шаг 10 1000 1200, шаг 100 интервал между импульсами, мин 1 длительность импульса в сек. (микросекундный диапазон), от 15х10-6 до 500х10-6 с шагом 5 мкс многократная пульсация (1-99). Модуль для прокариотических клеток: импульсное напряжение, В: 200-1000, шаг 10 1000-2500, шаг 100 длительность импульса для прокариот в сек. номинально 5х10-3 |
| 16 | Центрифуги Eppendorf 5804 (Eppendorf) | Германия | Eppendorf | 2006 | В зависимости от типа ротора максимальная скорость от 4000 до14000 об./мин. |
| 17 | Центрифуга Eppendorf 5804R (Eppendorf) | Германия | Eppendorf | 2006 | В зависимости от типа ротора максимальная скорость от 4000 до14000 об./мин.
Режим охлаждения до и во время центрифугирования |
| 18 | Центрифуга Eppendorf 5810R (Eppendorf) | Германия | Eppendorf | 2006 | В зависимости от типа ротора максимальная скорость от 4000 до14000 об./мин.
Режим охлаждения до и во время центрифугирования |
| 19 | Лабораторная система очистки воды Milli-Q Simplicity (Millipore) | Франция | Millipore | 2006 | Качество очищенной воды — R = 18.2 Mom
Разовая порция очищенной воды – до 5л. |
| 20 | Ультразвуковой дезинтегратор Bandelin Sonopuls UW 2070 | Германия | Bandelin electronic | 2011 | Рабочий объем: от 0,1 мл до 50 мл
ультразвуковая частота: 20 кГц ± 500 Гц настройки времени: 00:01 – 99:59 [мм:СС] или непрерывной работы |
| 21 | Ламинарный бокс LamSystems LS410 | Россия | ТехноПрогресс | 2010 | Бокс микробиологической безопасности
класс II тип A2. |
Методики
ПЕРЕЧЕНЬ МЕТОДИК, ИСПОЛЬЗУЕМЫХ ЦКП «БИОИНЖЕНЕРИЯ»
| № | Наименование методики | Наименование организации, аттестовавшей методику | Дата аттестации |
| 1 | Методика секвенирования ПЦР-фрагмента ДНК | ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям | 03.10.2011 |
| 2 | Методика секвенирования клональной вставки | ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям | 03.10.2011 |
| 3 | Методика секвенирования геномной ДНК исследуемого организма | ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям | 03.10.2011 |
| 4 | Методика определения содержания трансгенной кукурузы Т25 в продуктах питания | ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | 05.02.2006 |
| 5 | Методика определения содержания трансгенной кукурузы MON801 в продуктах питания | ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | 05.02.2006 |
| 6 | Методика определения содержания трансгенной кукурузы GA21 в продуктах питания | ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | 05.02.2006 |
| 7 | Методика определения содержания трансгенной кукурузы NK603 в продуктах питания | ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | 05.02.2006 |
| 8 | Методика определения содержания трансгенной сои RR40-3-2 в продуктах питания | ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | 05.02.2006 |
Услуги
УСЛУГИ, ПРЕДОСТАВЛЯЕМЫЕ ЦКП «БИОИНЖЕНЕРИЯ»
Обновленные цены на услуги ЦКП «Биоинженерия»
(Приложение 2 к Приказу ФИЦ Биотехнологии РАН № 82-Д от 14.05.2021)
ПЕРЕЧЕНЬ УСЛУГ
| № | Наименование | Приоритетное направление | Описание услуги |
| 1 | Секвенирование по Сэнгеру на генетическом анализаторе 3730/3500XL (ABI) | Науки о жизни | Секвенирование ПЦР-фрагмента ДНК, рестрикционного фрагмента ДНК, клонированного фрагмента ДНК в составе вектора |
| 2 | Идентификация чистой культуры микроорганизма по генам 16S рРНК | Рациональное природопользование | Выделение ДНК. PCR c использованием универсальных праймеров 16S рРНК эубактерий или архей. Секвенирование по Сэнгеру полноразмерной копии рРНК . Сборка нуклеотидной последовательности и ее BLAST-анализ |
| 3 | Идентификация чистой культуры микроорганизма по генам 18 S рРНК (грибы, дрожжи и др.) | Рациональное природопользование | Выделение ДНК. PCR с использованием праймеров на консервативную часть гена 18S и участок межгенной области.. Секвенирование по Сэнгеру . Сборка нуклеотидных последовательности и их BLAST-анализ |
| 4 | RT-PCR | Науки о жизни | Проведение RT PCR на CFX-96, обработка результатов |
| 5 | End point PCR | Науки о жизни | Постановка PCR с визуализацией в агарозном геле |
| 6 | Определение штаммовой принадлежности микроорганизма методом RAPD-PCR | Науки о жизни | Выделение ДНК. Постановка PCR с визуализацией в агарозном геле. Референсный контроль предоставляет Заказчик |
| 7 | Выделение ДНК | Науки о жизни | Выделяем ДНК из бактерий , архей, дрожжей, сложных образцов (почвы, илы, биопленки, пищевые продукты) и др. |
| 8 | Анализ сообщества микроорганизмов по v3-v4 региону 16S (Miseq, Illumina) | Рациональное природопользование | Выделение ДНК, постановка ПЦР (v3-v4), генерация не менее 10000 последовательностей на иллюмине MiSeq в формате 2 х 300 нт., первичная биоинформационная обработка данных |
| 9 | Анализ ампликонов (MiSeq, Illumina) | Рациональное природопользование | Выделение ДНК, постановка ПЦР с праймерами заказчика, генерация не менее 10000 последовательностей на иллюмине MiSeq в формате 2 х 300 нт. |
| 10 | Полногеномное секвенирование чистой культуры (бактерии, археи, дрожжи) – драфт геном | Рациональное природопользование | Подготовка библиотеки, сиквенс на секвенаторе Illumina (не менее чем 50-кратное покрытие генома), первичная биоинформационная обработка (сборка контигов) |
| 11 | Полногеномное секвенирование чистой культуры (бактерии, археи, дрожжи) – полный геном | Рациональное природопользование | Выделение ДНК, подготовка геномных библиотек, секвенирование на платформах Illumina и Oxford Nanopore, первичная биоинформационная обработка (сборка полной геномной последовательности) |
| 12 | Сиквенс метагенома на платформах Illumina и Nanopore | Рациональное природопользование | Выделение ДНК, подготовка библиотек, сиквенс на секвенаторе Illumina и Oxford Nanopore, первичная биоинформационная обработка полученных данных |