Основное
Центр коллективного пользования «Биоинженерия» организован в 2003 году, как структурное подразделение Центра «Биоинженерия» РАН. В настоящее время ЦКП функционирует на базе ФИЦ Биотехнологии РАН.
Основная задача ЦКП «Биоинженерия» — обеспечение современным научным оборудованием исследований в области высокопроизводительной геномики, молекулярной диагностики и биоинженерии: секвенирование геномной ДНК, ПЦР-фрагментов, молекулярно-экологический анализ природных и антропогенных сообществ прокариот на основе филогенетического анализа последовательностей 16S рРНК, а также генов, кодирующих разнообразные функциональные гены бактерий и архей (cbbL, nifH, pufLM, fmoA и т.п.), разработка ПЦР-маркеров для идентификации различных генетических мишеней, в том числе ГМО.
ЦКП оснащен комплексом современного высокопроизводительного уникального научного оборудования – блоком автоматических секвенаторов ДНК (капиллярные ABI3100-3730, пиросеквенатор Roche 454 FLX, полупроводниковый IonTorrent), амплификаторами ДНК, масс-спектрометром, атомно-силовым микроскопом. Методы секвенирования обеспечены метрологической поддержкой. На оборудовании ЦКП выполнены проекты по секвенированию XII хромосомы картофеля, 12 геномов бактерий и архей, диатомовой водоросли и митохондриального генома возбудителя описторхоза Opistorchis felineus. АЦКП «Биоинженерия» предоставляет возможность проведения исследований на имеющемся уникальном оборудовании внешним организациям. За время существования в ЦКП его услугами воспользовались более чем 100 организаций России, стран СНГ и зарубежья.
Спектр предлагаемых услуг ЦКП включает:
- секвенирование ДНК, полногеномное секвенирование;
- определение таксономического статуса неизвестного микроорганизма на основе филогенетического анализа 16S рРНК;
- анализ видового разнообразия микробных и архейных сообществ;
- исследование аллельного полиморфизма локусов геномной ДНК;
- разработка методов идентификации заданных генетических мишеней;
- стажировка специалистов из других научных учреждений.
Направления научных исследований:
- высокопроизводительная геномика, секвенирование геномной ДНК и ПЦР-фрагментов;
- молекулярно-экологический анализ природных и антропогенных сообществ прокариот на основе филогенетического анализа последовательностей 16S рРНК, а также генов, кодирующих разнообразные функциональные гены бактерий и архей (cbbL, nifH, pufLM, fmoA и т.п.);
- разработка ПЦР-маркеров для идентификации различных генетических мишеней;
- поиск и описание новых видов аноксигенных нитчатых фототрофных бактерий (АНФБ), секвенирование и анализ их геномов, реконструкция эволюции АНФБ на ранних этапах развития жизни на Земле;
- в сотрудничестве с Институтом Питания — разработка и валидирование методов идентификации и количественного анализа ГМО в продуктах питания.
Высококвалифицированные специалисты с большим опытом работы окажут помощь в проведении исследований, обучении новым методикам. Все работы осуществляются на высокоточном современном научном оборудовании с применением новейших методик и качественных расходных материалов.
Краткая информация:
| Наименование ЦКП: | ЦКП «Биоинженерия» |
| Базовая организация: | Федеральное государственное учреждение «Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии» Российской академии наук» |
| Фактический адрес размещения ЦКП: | 117312 Российская Федерация, Москва, пр-т 60-летия Октября д.7, корп.1 |
| Год создания ЦКП: | 2003 |
| Сайт ЦКП: | http://www.fbras.ru/services/ckp/ckp-bioinzheneriya |
| ЦКП на сайте «Научно-технологическая инфраструктура Российской Федерации»: | http://ckp-rf.ru/ckp/2933/?sphrase_id=3505281 |
Контакты:
Руководитель ЦКП «Биоинженерия»
Груздев Денис Сергеевич, к.б.н.
+7 (499) 135-12-40
+7 (499) 135-05-71
ackp@biengi.ac.ru, denisgrouzdev@gmail.com
Документы
ОФИЦИАЛЬНЫЕ ДОКУМЕНТЫ ЦКП «БИОИНЖЕНЕРИЯ»
ПРИКАЗ о создании ЦКП «Биоинженерия»
ПОЛОЖЕНИЕ о ЦКП «Биоинженерия» и ЦКП «Промышленные биотехнологии»
ПОРЯДОК предоставления услуг ЦКП «Биоинженерия»
РЕГЛАМЕНТ предоставления услуг ЦКП «Биоинженерия»
ЗАЯВКА на оказание услуг ЦКП «Биоинженерия»
ДОГОВОР на оказание услуг
ДОГОВОР о НИР (без финансовый)
ДОГОВОР о НИР (финансовый)
ДОГОВОР о стажировке
Оборудование
ОБОРУДОВАНИЕ ЦКП «БИОИНЖЕНЕРИЯ»
| № | Наименование | Страна | Фирма-изготовитель | Марка | Год |
| 1 | Автоматический капиллярный секвенатор ДНК ABI 3730 (Applied Biosystems) | Соединённые Штаты Америки | Applied Biosystems Inc | ABI 3730 | 2006 |
| 2 | Система анализа последовательностей молекул ДНК IonTorrent (Illumina) | Соединённые Штаты Америки | Illumina Inc. | IonTorrent | 2012 |
| 3 | Масс-спектрометр Ultraflex III MALDI-TOF/TOF (Bruker) | Германия | Bruker Corporation | Ultraflex III | 2015 |
| 4 | Фрагментатор ДНК Hydroshear (Genomic Solutions Inc.) | Соединённые Штаты Америки | Genomic Solutions Inc. | Hydroshear | 2007 |
| 5 | Пиросеквенатор ДНК 454 GS FLX (Roche) | Швейцария | Roche | 454 GS FLX | 2006 |
| 6 | Счетчик частиц Z1 (Beckman) | Соединённые Штаты Америки | Beckman Coulter | Z1 | 2007 |
| 7 | Система для проведения пульс-электрофореза ДНК CHEF DR III Chiller (BioRad) | Соединённые Штаты Америки | BioRad | CHEF DR III Chiller | 2007 |
| 8 | Генетический анализатор 4300 (Li-Cor) | Соединённые Штаты Америки | Li-Cor | 4300 | 2007 |
| 9 | Система сбора данных BioDocAnalyser II (Biometra) | Германия | Biometra | BioDocAnalyser II | 2003 |
| 10 | Компьютерный кластер | Россия | 2003 | ||
| 11 | Генетический анализатор AVANT 3100 (ABI) | Соединённые Штаты Америки | ABI | AVANT 3100 | 2002 |
| 12 | Система подготовки нуклеиновых кислот ABI PRISM 6100 | Соединённые Штаты Америки | ABI | ABI PRISM 6100 | 2004 |
| 13 | ДНК амплификатор в комплекте 350 (Parallab) | Швейцария | Parallab | 350 | 2006 |
| 14 | Робот для раскапывания реакционных смесей Biomek 2 (Bekmann Coultier) | Германия | Bekmann Coultier | Biomek 2 | 2006 |
| 15 | Лабораторная установка повышенной степени чистоты | Россия | 2003 | ||
| 16 | Лаборатория для исследования физических свойств объектов со сверхвысоким разрешением Интегра Прима (НТ-МДТ) | Россия | НТ-МДТ | Интегра Прима | 2010 |
| 17 | Анализатор однонуклеотидных полиморфизмов ДНК Illumina5 | Соединённые Штаты Америки | Illumina | Illumina5 | 2006 |
| 18 | ДНК-амплификатор Tetrad (MJR) | Соединённые Штаты Америки | MJR | Tetrad | 2006 |
Методики
ПЕРЕЧЕНЬ МЕТОДИК, ИСПОЛЬЗУЕМЫХ ЦКП «БИОИНЖЕНЕРИЯ»
| № | Наименование методики | Наименование организации, аттестовавшей методику | Дата аттестации |
| 1 | Методика секвенирования ПЦР-фрагмента ДНК | ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям | 03.10.2011 |
| 2 | Методика секвенирования клональной вставки | ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям | 03.10.2011 |
| 3 | Методика секвенирования геномной ДНК исследуемого организма | ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям | 03.10.2011 |
| 4 | Методика определения содержания трансгенной кукурузы Т25 в продуктах питания | ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | 05.02.2006 |
| 5 | Методика определения содержания трансгенной кукурузы MON801 в продуктах питания | ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | 05.02.2006 |
| 6 | Методика определения содержания трансгенной кукурузы GA21 в продуктах питания | ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | 05.02.2006 |
| 7 | Методика определения содержания трансгенной кукурузы NK603 в продуктах питания | ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | 05.02.2006 |
| 8 | Методика определения содержания трансгенной сои RR40-3-2 в продуктах питания | ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | 05.02.2006 |
Услуги
УСЛУГИ, ПРЕДОСТАВЛЯЕМЫЕ ЦКП «БИОИНЖЕНЕРИЯ»
| № | Наименование | Приоритетное направление | Описание услуги |
| 1 | Определение видового состава микробного сообщества на основании сравнения последовательностей генов, кодирующих 16S рРНК | Рациональное природопользование | 1. Выделяем тотальную ДНК микробного сообщества. 2. Получаем ПЦР-фрагменты генов, кодирующих 16S рРНК (эубактерии, археи). Возможно получение ПЦР-амплификата, специфичного для заданных функциональных генов (RuBisCo, nifH, pmoA, другие гены). Размер амплификата зависит от варианта исследования. 3. Получаем клональную библиотеку ПЦР-фрагментов. Как правило, используются полноразмерные амплификаты, к примеру, для 16S рРНК — около 1450 нуклеотидов. 4. Вариант 1.2. Секвенируем заданное число клонов — 25 для сообщества из 2-3 видов, 50 — для 4-7 видов, 100 — для 15-20 видов. На этом этапе получаем частичные последовательности клонированных ПЦР-фрагментов (около 600-700 нуклеотидов) 5. Идентифицируем полученные последовательности — BLAST 6. Для заданных клонов определяем полноразмерную последовательность. Размер амплификата — около 450 нуклеотидов. 7. Секвенируем ПЦР-фрагменты c помощью NGS. По заказу на 1 сообщество модно получить от 10 до 100 тысяч последовательностей. 8. Анализируем полученные последовательности, разбиваем на группы, определяем наиболее близкие, из известных, виды. 9. Формируем отчет. |
| 2 | Филогенетический анализ видовой принадлежности эукариотического организма | Рациональное природопользование | 1. Проводим выделение ДНК из исследуемого организма. 2. Получаем ПЦР-копию генов 18S рРНК (ядерный геном), COI (митохондриальный геном), других маркеров по запросу. 3. Секвенируем полученные ПЦР-фрагменты, определяем ближайшие последовательности из имеющихся в базах данных (BLAST-анализ) 4. По запросу заказчика строим филогенетические деревья, показывающие таксономическое положение исследованного микроорганизма. 5. По запросу заказчика депонируем полученную последовательность в базу данных GenBank. 6. По запросу заказчика формируем филогенетическое описание в публикацию. |
| 3 | Определение видовой принадлежности прокариотического организма на основе сравнения последовательностей 16S рРНК | Рациональное природопользование | 1. Проводим выделение ДНК из исследуемого организма. 2. С использованием праймеров, специфичных для 16S рРНК эубактерий или архей, амплифицируем полноразмерный ПЦР-фрагмент гена, кодирующего 16S рРНК. 3. Секвенируем полученный ПЦР-фрагмент, сравниваем полученную последовательность с последовательностями генов 16S рРНК из баз данных, определяем ближайшие виды 4. По запросу заказчика строим филогенетические деревья, показывающие таксономическое положение исследованного микроорганизма. 5. По запросу заказчика депонируем полученную последовательность в базу данных GenBank. 6. По запросу заказчика формируем филогенетическое описание в публикацию. |
| 4 | Секвенирование фрагмента ДНК | Науки о жизни | Секвенирование ПЦР-фрагмента ДНК, рестрикционного фрагмента ДНК, клонированного фрагмента ДНК в составе вектора |