Основное
Центр коллективного пользования «Биоинженерия» организован в 2003 году, как структурное подразделение Центра «Биоинженерия» РАН. В настоящее время ЦКП функционирует на базе ФИЦ Биотехнологии РАН.
Основная задача ЦКП «Биоинженерия» — обеспечение современным научным оборудованием исследований в области высокопроизводительной геномики, молекулярной диагностики и биоинженерии: секвенирование геномной ДНК, ПЦР-фрагментов, молекулярно-экологический анализ природных и антропогенных сообществ прокариот на основе филогенетического анализа последовательностей 16S рРНК, а также генов, кодирующих разнообразные функциональные гены бактерий и архей (cbbL, nifH, pufLM, fmoA и т.п.), разработка ПЦР-маркеров для идентификации различных генетических мишеней, в том числе ГМО.
ЦКП оснащен комплексом современного высокопроизводительного уникального научного оборудования – блоком автоматических секвенаторов ДНК (капиллярные ABI3100-3730, пиросеквенатор Roche 454 FLX, полупроводниковый IonTorrent), амплификаторами ДНК, масс-спектрометром, атомно-силовым микроскопом. Методы секвенирования обеспечены метрологической поддержкой. На оборудовании ЦКП выполнены проекты по секвенированию XII хромосомы картофеля, 12 геномов бактерий и архей, диатомовой водоросли и митохондриального генома возбудителя описторхоза Opistorchis felineus. АЦКП «Биоинженерия» предоставляет возможность проведения исследований на имеющемся уникальном оборудовании внешним организациям. За время существования в ЦКП его услугами воспользовались более чем 100 организаций России, стран СНГ и зарубежья.
Спектр предлагаемых услуг ЦКП включает:
- секвенирование ДНК, полногеномное секвенирование;
- определение таксономического статуса неизвестного микроорганизма на основе филогенетического анализа 16S рРНК;
- анализ видового разнообразия микробных и архейных сообществ;
- исследование аллельного полиморфизма локусов геномной ДНК;
- разработка методов идентификации заданных генетических мишеней;
- стажировка специалистов из других научных учреждений.
Направления научных исследований:
- высокопроизводительная геномика, секвенирование геномной ДНК и ПЦР-фрагментов;
- молекулярно-экологический анализ природных и антропогенных сообществ прокариот на основе филогенетического анализа последовательностей 16S рРНК, а также генов, кодирующих разнообразные функциональные гены бактерий и архей (cbbL, nifH, pufLM, fmoA и т.п.);
- разработка ПЦР-маркеров для идентификации различных генетических мишеней;
- поиск и описание новых видов аноксигенных нитчатых фототрофных бактерий (АНФБ), секвенирование и анализ их геномов, реконструкция эволюции АНФБ на ранних этапах развития жизни на Земле;
- в сотрудничестве с Институтом Питания — разработка и валидирование методов идентификации и количественного анализа ГМО в продуктах питания.
Высококвалифицированные специалисты с большим опытом работы окажут помощь в проведении исследований, обучении новым методикам. Все работы осуществляются на высокоточном современном научном оборудовании с применением новейших методик и качественных расходных материалов.
Краткая информация:
| Наименование ЦКП: | ЦКП «Биоинженерия» |
| Базовая организация: | Федеральное государственное учреждение «Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии» Российской академии наук» |
| Фактический адрес размещения ЦКП: | 117312 Российская Федерация, Москва, пр-т 60-летия Октября д.7, корп.1 |
| Год создания ЦКП: | 2003 |
| Сайт ЦКП: | http://www.fbras.ru/services/ckp/ckp-bioinzheneriya |
| ЦКП на сайте «Научно-технологическая инфраструктура Российской Федерации»: | http://ckp-rf.ru/ckp/2933/?sphrase_id=3505281 |
Контакты:
Руководитель ЦКП «Биоинженерия»
Колганова Татьяна Владимировна, к.т.н.
+7 (499) 135-12-40
+7 (499) 135-05-71
moldiag@biengi.ac.ru
Документы
ДОКУМЕНТЫ ЦКП «БИОИНЖЕНЕРИЯ»
ПРИКАЗ о создании ЦКП «Биоинженерия»
ПОЛОЖЕНИЕ о ЦКП «Биоинженерия» и ЦКП «Промышленные биотехнологии»
ПОРЯДОК предоставления услуг ЦКП «Биоинженерия»
РЕГЛАМЕНТ предоставления услуг ЦКП «Биоинженерия»
ПРИКАЗ о дорогостоящем научном оборудовании, закрепленным за ЦКП «Биоинженерия»
Проект типового договора на предоставление услуг ЦКП «Биоинженерия»
Календарная загрузка оборудования ЦКП “Биоинженерия” на 2022 год
План работы ЦКП “ Биоинженерия” 2022 год
Сотрудники
СОСТАВ ЛАБОРАТОРИИ
| № | ФИО | Ученая степень, звание | Должность | Место работы | Городской телефон | Внутренний телефон | |
| 1 | Колганова Татьяна Владимировна | к.т.н. | с.н.с., руководитель ЦКП «Биоинженерия» | ИНБ, комн. 311 | (499) 135-12-40 | - | moldiag@biengi.ac.ru |
| 2 | Баслеров Роман Валерьевич | - | м.н.с. | ИНБ, комн. 311 | (499) 135-12-40 | - | moldiag@biengi.ac.ru |
| 3 | Дзюба Марина Владимировна | к.б.н. | н.с. | ИНБ, комн. 312 | (499) 135-12-40 | - | moldiag@biengi.ac.ru |
| 4 | Козяева Вероника Валерьевна | к.б.н. | н.с. | ИНБ, комн. 308 | (499) 135-12-40 | - | moldiag@biengi.ac.ru |
| 5 | Патутина Екатерина Олеговна | - | м.н.с. | ИНБ, комн. 310 | (499) 135-12-40 | - | patutina@bk.ru |
| 6 | Сухачева Марина Владимировна | к.б.н. | н.с. | ИНБ, комн. 312 | (499) 135-12-40 | - | moldiag@biengi.ac.ru |
| 7 | Узун Мария Михайловна | - | м.н.с. | ИНБ, комн. 308 | (499) 135-12-40 | - | uzunmasha@gmail.com |
Оборудование
ОБОРУДОВАНИЕ ЦКП «БИОИНЖЕНЕРИЯ»
| № | Наименование | Страна | Фирма-изготовитель | Год | Краткие технические характеристики |
| 1 | Автоматический капиллярный секвенатор
3730DNA Analyzer (Applied Biosystems) |
Соединённые Штаты Америки | Applied Biosystems Inc | 2004 | Длина капилляров – 360 или 500 мм
Количество капилляров – 48 Вместимость – до 16 планшетов (96-луночных) Используемый полимер – POP7 Максимальная длина прочтения – 700 п.н. Пропускная способность – высокая |
| 2 | Система анализа последовательностей молекул ДНК IonTorrent (Illumina) | Соединённые Штаты Америки | Illumina Inc. | 2012 | Продолжительность запуска, часов – 4-55;
максимальная производительность, Гб – 15; число прочтений за запуск, млн – 1-25; максимальная длина прочтения – 2×300 п.н. |
| 3 | Фрагментатор ДНК Hydroshear (Genomic Solutions Inc.) | Соединённые Штаты Америки | Genomic Solutions Inc. | 2007 | Прибор для фрагментации ДНК.
Номинальный ток предохранителя: 3 А Номинальное напряжение предохранителя: 250 В. Напряжение: 100–250 В переменного тока. Частотный диапазон: 47-100 Гц. |
| 4 | Пиросеквенатор ДНК 454 GS FLX (Roche) | Швейцария | Roche | 2006 | Геномный секвенатор является уникальной высокопроизводительной системой для параллельного анализа более миллиона фрагментов, при средней длине анализируемого фрагмента в 800 нуклеотидов. Область применения:
|
| 5 | Счетчик частиц Z1 (Beckman) | Соединённые Штаты Америки | Beckman Coulter | 2007 | Анализатор размера частиц Coulter Counter Z1 (счетчик клеток) позволяет задать два пороговых значения для точного автоматического подсчета однородных частиц и клеток в диапазоне от 1 до 120 мкм. Принцип измерения: изменение электрических импульсов, возникающих при прохождении клеток через апертуру счетного элемента. |
| 6 | Система для проведения пульс-электрофореза ДНК CHEF DR III Chiller (BioRad) | Соединённые Штаты Америки | BioRad | 2007 | Полуавтоматическая система пульс-электрофореза Chef-DR III Variable Angle System от Bio-Rad. Предназначена для разделения больших фрагментов ДНК |
| 7 | Генетический анализатор
4300 DNA Analyzer (Li-Cor) |
Соединённые Штаты Америки | Li-Cor | 2007 | Проведение фрагментного анализа образцов ДНК путем детекции при электрофорезе в полиакриламидном геле фрагментов ДНК, меченных инфракрасным красителем (IRD700 и IRD800) |
| 8 | Система сбора данных BioDocAnalyser II (Biometra) | Германия | Biometra | 2003 | Документирование гель-электрофорезов в видимом и ультрафиолетовом спектре |
| 9 | Компьютерный кластер Victoria | Россия | н.д. | 2003 | Предназначен для проведения высоко производительных расчетов. 16 units Pentium-III, сервер с сетевым хранилищем для информации, сетевой hub на 16 портов, бесперебойный источник питания. |
| 10 | Лабораторная установка повышенной степени чистоты | Россия | н.д. | 2003 | Класс чистоты помещения – 1ИСО |
| 11 | Лаборатория для исследования физических свойств объектов со сверхвысоким разрешением Интегра Прима (НТ-МДТ) | Россия | НТ-МДТ | 2010 | Сканирующий зондовый микроскоп на базе АСМ с системой видеонаблюдения.
Разрешение позиционирования – 5 мкм, |
| 12 | ДНК-амплификаторы Tetrad-2 (BioRad) | Соединённые Штаты Америки | BioRad | 2006 | Амплифицирующих модулей – 4
Модуль рассчитан на 96 пробирок объёмом до 200 мкл или 1 96-луночный планшет. Объём отдельной пробы от10 до 100 мкл. Функция градиентной ПЦР.
|
| 13 | Система проведения ПЦР в реальном времени CFX96 Real-Time System (BioRad) | Соединённые Штаты Америки | BioRad | 2010 | Амплифицирующий модуль рассчитан на 96 пробирок объёмом до 200 мкл или 1 96-луночный планшет. Объём отдельной пробы 10-50 мкл. |
| 14 | ДНК-амплификатор Eppendorf Mastercycler Gradient (Eppendorf) | Германия | Eppendorf | 2010 | Амплифицирующих модулей – 1.
Модуль рассчитан на 96 пробирок объёмом до 200 мкл или 1 96-луночный планшет. Объём отдельной пробы от10 до 100 мкл. Функция градиентной ПЦР. |
| 15 | Электропоратор Eppendorf Multiporator (Eppendorf) | Германия | Eppendorf | 2006 | Для транзитной или стабильной электропорации эукариотических клеток, трансфекции бактерий, дрожжей и других микроорганизмов, электрослияния клеток млекопитающих, растений и ооцитов.
Модуль для эукариотических клеток: импульсное напряжение, В: 20 100, шаг 1 100 1000, шаг 10 1000 1200, шаг 100 интервал между импульсами, мин 1 длительность импульса в сек. (микросекундный диапазон), от 15х10-6 до 500х10-6 с шагом 5 мкс многократная пульсация (1-99). Модуль для прокариотических клеток: импульсное напряжение, В: 200-1000, шаг 10 1000-2500, шаг 100 длительность импульса для прокариот в сек. номинально 5х10-3 |
| 16 | Центрифуги Eppendorf 5804 (Eppendorf) | Германия | Eppendorf | 2006 | В зависимости от типа ротора максимальная скорость от 4000 до14000 об./мин. |
| 17 | Центрифуга Eppendorf 5804R (Eppendorf) | Германия | Eppendorf | 2006 | В зависимости от типа ротора максимальная скорость от 4000 до14000 об./мин.
Режим охлаждения до и во время центрифугирования |
| 18 | Центрифуга Eppendorf 5810R (Eppendorf) | Германия | Eppendorf | 2006 | В зависимости от типа ротора максимальная скорость от 4000 до14000 об./мин.
Режим охлаждения до и во время центрифугирования |
| 19 | Лабораторная система очистки воды Milli-Q Simplicity (Millipore) | Франция | Millipore | 2006 | Качество очищенной воды — R = 18.2 Mom
Разовая порция очищенной воды – до 5л. |
| 20 | Ультразвуковой дезинтегратор Bandelin Sonopuls UW 2070 | Германия | Bandelin electronic | 2011 | Рабочий объем: от 0,1 мл до 50 мл
ультразвуковая частота: 20 кГц ± 500 Гц настройки времени: 00:01 – 99:59 [мм:СС] или непрерывной работы |
| 21 | Ламинарный бокс LamSystems LS410 | Россия | ТехноПрогресс | 2010 | Бокс микробиологической безопасности
класс II тип A2. |
Методики
ПЕРЕЧЕНЬ МЕТОДИК, ИСПОЛЬЗУЕМЫХ ЦКП «БИОИНЖЕНЕРИЯ»
| № | Наименование методики | Наименование организации, аттестовавшей методику | Дата аттестации |
| 1 | Методика секвенирования ПЦР-фрагмента ДНК | ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям | 03.10.2011 |
| 2 | Методика секвенирования клональной вставки | ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям | 03.10.2011 |
| 3 | Методика секвенирования геномной ДНК исследуемого организма | ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям | 03.10.2011 |
| 4 | Методика определения содержания трансгенной кукурузы Т25 в продуктах питания | ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | 05.02.2006 |
| 5 | Методика определения содержания трансгенной кукурузы MON801 в продуктах питания | ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | 05.02.2006 |
| 6 | Методика определения содержания трансгенной кукурузы GA21 в продуктах питания | ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | 05.02.2006 |
| 7 | Методика определения содержания трансгенной кукурузы NK603 в продуктах питания | ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | 05.02.2006 |
| 8 | Методика определения содержания трансгенной сои RR40-3-2 в продуктах питания | ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека | 05.02.2006 |
Услуги
УСЛУГИ, ПРЕДОСТАВЛЯЕМЫЕ ЦКП «БИОИНЖЕНЕРИЯ»
Обновленные цены на услуги ЦКП «Биоинженерия»
(Приложение 2 к Приказу ФИЦ Биотехнологии РАН № 82-Д от 14.05.2021)
ПЕРЕЧЕНЬ УСЛУГ
| № | Наименование | Приоритетное направление | Описание услуги |
| 1 | Секвенирование по Сэнгеру на генетическом анализаторе 3730/3500XL (ABI) | Науки о жизни | Секвенирование ПЦР-фрагмента ДНК, рестрикционного фрагмента ДНК, клонированного фрагмента ДНК в составе вектора |
| 2 | Идентификация чистой культуры микроорганизма по генам 16S рРНК | Рациональное природопользование | Выделение ДНК. PCR c использованием универсальных праймеров 16S рРНК эубактерий или архей. Секвенирование по Сэнгеру полноразмерной копии рРНК . Сборка нуклеотидной последовательности и ее BLAST-анализ |
| 3 | Идентификация чистой культуры микроорганизма по генам 18 S рРНК (грибы, дрожжи и др.) | Рациональное природопользование | Выделение ДНК. PCR с использованием праймеров на консервативную часть гена 18S и участок межгенной области.. Секвенирование по Сэнгеру . Сборка нуклеотидных последовательности и их BLAST-анализ |
| 4 | RT-PCR | Науки о жизни | Проведение RT PCR на CFX-96, обработка результатов |
| 5 | End point PCR | Науки о жизни | Постановка PCR с визуализацией в агарозном геле |
| 6 | Определение штаммовой принадлежности микроорганизма методом RAPD-PCR | Науки о жизни | Выделение ДНК. Постановка PCR с визуализацией в агарозном геле. Референсный контроль предоставляет Заказчик |
| 7 | Выделение ДНК | Науки о жизни | Выделяем ДНК из бактерий , архей, дрожжей, сложных образцов (почвы, илы, биопленки, пищевые продукты) и др. |
| 8 | Анализ сообщества микроорганизмов по v3-v4 региону 16S (Miseq, Illumina) | Рациональное природопользование | Выделение ДНК, постановка ПЦР (v3-v4), генерация не менее 10000 последовательностей на иллюмине MiSeq в формате 2 х 300 нт., первичная биоинформационная обработка данных |
| 9 | Анализ ампликонов (MiSeq, Illumina) | Рациональное природопользование | Выделение ДНК, постановка ПЦР с праймерами заказчика, генерация не менее 10000 последовательностей на иллюмине MiSeq в формате 2 х 300 нт. |
| 10 | Полногеномное секвенирование чистой культуры (бактерии, археи, дрожжи) – драфт геном | Рациональное природопользование | Подготовка библиотеки, сиквенс на секвенаторе Illumina (не менее чем 50-кратное покрытие генома), первичная биоинформационная обработка (сборка контигов) |
| 11 | Полногеномное секвенирование чистой культуры (бактерии, археи, дрожжи) – полный геном | Рациональное природопользование | Выделение ДНК, подготовка геномных библиотек, секвенирование на платформах Illumina и Oxford Nanopore, первичная биоинформационная обработка (сборка полной геномной последовательности) |
| 12 | Сиквенс метагенома на платформах Illumina и Nanopore | Рациональное природопользование | Выделение ДНК, подготовка библиотек, сиквенс на секвенаторе Illumina и Oxford Nanopore, первичная биоинформационная обработка полученных данных |