ЦКП «Биоинженерия»

Основное

ОПИСАНИЕ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ ЦКП «БИОИНЖЕНЕРИЯ»

Центр коллективного пользования «Биоинженерия» организован в 2003 году, как структурное подразделение Центра «Биоинженерия» РАН. В настоящее время ЦКП функционирует на базе ФИЦ Биотехнологии РАН.

Основная задача ЦКП «Биоинженерия» — обеспечение современным научным оборудованием исследований  в области высокопроизводительной геномики, молекулярной диагностики и биоинженерии: секвенирование геномной ДНК, ПЦР-фрагментов, молекулярно-экологический анализ природных и антропогенных сообществ прокариот на основе филогенетического анализа последовательностей 16S рРНК, а также генов, кодирующих разнообразные функциональные гены бактерий и архей (cbbL, nifH, pufLM, fmoA и т.п.), разработка ПЦР-маркеров для идентификации различных генетических мишеней, в том числе ГМО.

ЦКП оснащен комплексом современного высокопроизводительного уникального научного оборудования – блоком автоматических секвенаторов ДНК (капиллярные ABI3100-3730, пиросеквенатор Roche 454 FLX, полупроводниковый IonTorrent), амплификаторами ДНК, масс-спектрометром, атомно-силовым микроскопом. Методы секвенирования обеспечены метрологической поддержкой. На оборудовании ЦКП выполнены проекты по секвенированию XII хромосомы картофеля, 12 геномов бактерий и архей, диатомовой водоросли и митохондриального генома возбудителя описторхоза Opistorchis felineus. АЦКП «Биоинженерия» предоставляет возможность проведения исследований на имеющемся уникальном оборудовании внешним организациям. За время существования в ЦКП его услугами воспользовались более чем 100 организаций России, стран СНГ и зарубежья.

Спектр предлагаемых услуг ЦКП включает:

  • секвенирование ДНК, полногеномное секвенирование;
  • определение таксономического статуса неизвестного микроорганизма на основе филогенетического анализа 16S рРНК;
  • анализ видового разнообразия микробных и архейных сообществ;
  • исследование аллельного полиморфизма локусов геномной ДНК;
  • разработка методов идентификации заданных генетических мишеней;
  • стажировка специалистов из других научных учреждений.

Направления научных исследований:

  • высокопроизводительная геномика, секвенирование геномной ДНК и ПЦР-фрагментов;
  • молекулярно-экологический анализ природных и антропогенных сообществ прокариот на основе филогенетического анализа последовательностей 16S рРНК, а также генов, кодирующих разнообразные функциональные гены бактерий и архей (cbbL, nifH, pufLM, fmoA и т.п.);
  • разработка ПЦР-маркеров для идентификации различных генетических мишеней;
  • поиск и описание новых видов аноксигенных нитчатых фототрофных бактерий (АНФБ), секвенирование и анализ их геномов, реконструкция эволюции АНФБ на ранних этапах развития жизни на Земле;
  • в сотрудничестве с Институтом Питания — разработка и валидирование методов идентификации и количественного анализа ГМО в продуктах питания.

Высококвалифицированные специалисты с большим опытом работы окажут помощь в проведении исследований, обучении новым методикам. Все работы осуществляются на высокоточном современном научном оборудовании с применением новейших методик и качественных расходных материалов.

Краткая информация:

Наименование ЦКП: ЦКП «Биоинженерия»
Базовая организация: Федеральное государственное учреждение «Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии» Российской академии наук»
Фактический адрес размещения ЦКП: 117312 Российская Федерация, Москва, пр-т 60-летия Октября д.7, корп.1
Год создания ЦКП: 2003
Сайт ЦКП: http://www.fbras.ru/services/ckp/ckp-bioinzheneriya
ЦКП на сайте «Научно-технологическая инфраструктура Российской Федерации»: http://ckp-rf.ru/ckp/2933/?sphrase_id=3505281


Контакты:

Руководитель ЦКП «Биоинженерия»
Колганова Татьяна Владимировна, к.т.н.

Telefone +7 (499) 135-12-40
Fax +7 (499) 135-05-71
Envel moldiag@biengi.ac.ru

Документы

Сотрудники

СОСТАВ ЛАБОРАТОРИИ

ФИО Ученая степень, звание Должность Место работы Городской телефон Внутренний телефон E-mail
1Колганова
Татьяна Владимировна
к.т.н.с.н.с., руководитель ЦКП «Биоинженерия»ИНБ, комн. 311(499) 135-12-40-moldiag@biengi.ac.ru
2Баслеров
Роман Валерьевич
-м.н.с.ИНБ, комн. 311(499) 135-12-40-moldiag@biengi.ac.ru
3Дзюба
Марина Владимировна
к.б.н.н.с.ИНБ, комн. 312(499) 135-12-40-moldiag@biengi.ac.ru
4Козяева
Вероника Валерьевна
к.б.н.н.с.ИНБ, комн. 308(499) 135-12-40-moldiag@biengi.ac.ru
5Патутина
Екатерина Олеговна
-м.н.с.ИНБ, комн. 310(499) 135-12-40-patutina@bk.ru
6Сухачева
Марина Владимировна
к.б.н.н.с.ИНБ, комн. 312(499) 135-12-40-moldiag@biengi.ac.ru
7Узун
Мария Михайловна
-м.н.с.ИНБ, комн. 308(499) 135-12-40-uzunmasha@gmail.com

 

Оборудование

ОБОРУДОВАНИЕ ЦКП «БИОИНЖЕНЕРИЯ»

 

Наименование Страна Фирма-изготовитель Год Краткие технические характеристики
1 Автоматический капиллярный секвенатор

3730DNA Analyzer (Applied Biosystems)

Соединённые Штаты Америки Applied Biosystems Inc 2004 Длина капилляров – 360 или 500 мм

Количество капилляров – 48

Вместимость – до 16 планшетов (96-луночных)

Используемый полимер – POP7

Максимальная длина прочтения – 700 п.н.

Пропускная способность – высокая

2 Система анализа последовательностей молекул ДНК IonTorrent (Illumina) Соединённые Штаты Америки Illumina Inc. 2012 Продолжительность запуска, часов – 4-55;

максимальная производительность, Гб – 15;

число прочтений за запуск, млн – 1-25;

максимальная длина прочтения – 2×300 п.н.

3 Фрагментатор ДНК Hydroshear (Genomic Solutions Inc.) Соединённые Штаты Америки Genomic Solutions Inc. 2007 Прибор для фрагментации ДНК.

Номинальный ток предохранителя: 3 А

Номинальное напряжение предохранителя: 250 В.

Напряжение: 100–250 В переменного тока.

Частотный диапазон: 47-100 Гц.

4 Пиросеквенатор ДНК 454 GS FLX (Roche) Швейцария Roche 2006 Геномный секвенатор является уникальной высокопроизводительной системой для параллельного анализа более миллиона фрагментов, при средней длине анализируемого фрагмента в 800 нуклеотидов. Область применения:

  • секвенирование de novo
  • геномика
  • метагеномика
  • транскриптомика
  • полногеномный мутационный скрининг (SNP, перестройки)
  • количественный анализ представленных последовательностей
  • ресеквенирование (частичное или полное)
5 Счетчик частиц Z1 (Beckman) Соединённые Штаты Америки Beckman Coulter 2007 Анализатор размера частиц Coulter Counter Z1 (счетчик клеток) позволяет задать два пороговых значения для точного автоматического подсчета однородных частиц и клеток в диапазоне от 1 до 120 мкм. Принцип измерения: изменение электрических импульсов, возникающих при прохождении клеток через апертуру счетного элемента.
6 Система для проведения пульс-электрофореза ДНК CHEF DR III Chiller (BioRad) Соединённые Штаты Америки BioRad 2007 Полуавтоматическая система пульс-электрофореза Chef-DR III Variable Angle System от Bio-Rad. Предназначена для разделения больших фрагментов ДНК
7 Генетический анализатор

4300 DNA Analyzer

(Li-Cor)

Соединённые Штаты Америки Li-Cor 2007 Проведение фрагментного анализа образцов ДНК  путем детекции при электрофорезе в полиакриламидном геле фрагментов ДНК, меченных инфракрасным красителем (IRD700 и IRD800)
8 Система сбора данных BioDocAnalyser II (Biometra) Германия Biometra 2003 Документирование гель-электрофорезов в видимом и ультрафиолетовом спектре
9 Компьютерный кластер Victoria Россия н.д. 2003 Предназначен для проведения высоко производительных расчетов. 16 units Pentium-III, сервер с сетевым хранилищем для информации, сетевой hub на 16 портов, бесперебойный источник питания.
10 Лабораторная установка повышенной степени чистоты Россия н.д. 2003 Класс чистоты помещения – 1ИСО
11 Лаборатория для исследования физических свойств объектов со сверхвысоким разрешением Интегра Прима (НТ-МДТ) Россия НТ-МДТ 2010 Сканирующий зондовый микроскоп на базе АСМ с системой видеонаблюдения.

Разрешение позиционирования – 5 мкм,
Оптическое разрешение – 1мкм

12 ДНК-амплификаторы Tetrad-2 (BioRad) Соединённые Штаты Америки BioRad 2006 Амплифицирующих модулей –  4

Модуль рассчитан на 96 пробирок объёмом до 200 мкл или 1 96-луночный планшет.

Объём отдельной пробы от10 до 100 мкл.

Функция градиентной ПЦР.

 

13 Система проведения ПЦР в реальном времени  CFX96 Real-Time System (BioRad) Соединённые Штаты Америки BioRad 2010 Амплифицирующий модуль рассчитан на 96 пробирок объёмом до 200 мкл или 1 96-луночный планшет. Объём отдельной пробы 10-50 мкл.
14 ДНК-амплификатор Eppendorf Mastercycler Gradient (Eppendorf) Германия Eppendorf 2010 Амплифицирующих модулей –  1.

Модуль рассчитан на 96 пробирок объёмом до 200 мкл или 1 96-луночный планшет.

Объём отдельной пробы от10 до 100 мкл.

Функция градиентной ПЦР.

15 Электропоратор  Eppendorf Multiporator (Eppendorf) Германия Eppendorf 2006 Для транзитной или стабильной электропорации эукариотических клеток, трансфекции бактерий, дрожжей и других микроорганизмов, электрослияния клеток млекопитающих, растений и ооцитов.

Модуль для эукариотических клеток:

импульсное напряжение, В:

20 100, шаг 1

100 1000, шаг 10

1000 1200, шаг 100

интервал между импульсами, мин 1

длительность импульса в сек. (микросекундный диапазон), от 15х10-6 до 500х10-6 с шагом 5 мкс
форма импульса экспоненциально убывающий, с электронным управлением

многократная пульсация (1-99).

Модуль для прокариотических клеток:

импульсное напряжение, В:

200-1000, шаг 10

1000-2500, шаг 100

длительность импульса для прокариот в сек. номинально 5х10-3

16 Центрифуги Eppendorf 5804 (Eppendorf) Германия Eppendorf 2006 В зависимости от типа ротора максимальная скорость от 4000 до14000 об./мин.
17 Центрифуга Eppendorf 5804R (Eppendorf) Германия Eppendorf 2006 В зависимости от типа ротора максимальная скорость от 4000 до14000 об./мин.

Режим охлаждения до и во время центрифугирования

18 Центрифуга Eppendorf 5810R (Eppendorf) Германия Eppendorf 2006 В зависимости от типа ротора максимальная скорость от 4000 до14000 об./мин.

Режим охлаждения до и во время центрифугирования

19 Лабораторная система очистки воды Milli-Q Simplicity (Millipore) Франция Millipore 2006 Качество очищенной воды —  R = 18.2 Mom

Разовая порция очищенной воды – до 5л.

20 Ультразвуковой дезинтегратор Bandelin Sonopuls UW 2070 Германия Bandelin electronic 2011 Рабочий объем: от 0,1 мл до 50 мл

ультразвуковая частота: 20 кГц ± 500 Гц

настройки времени: 00:01 – 99:59 [мм:СС] или непрерывной работы
ультразвуковой режим работы: пульсирующий или непрерывный
диапазон регулировки Амплитуды: 10 — 100 с шагом 1%

21 Ламинарный бокс LamSystems LS410 Россия ТехноПрогресс 2010 Бокс микробиологической безопасности

класс II тип A2.

Методики

ПЕРЕЧЕНЬ МЕТОДИК, ИСПОЛЬЗУЕМЫХ ЦКП «БИОИНЖЕНЕРИЯ»

Наименование методики Наименование организации, аттестовавшей методику Дата аттестации
1 Методика секвенирования ПЦР-фрагмента ДНК ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям 03.10.2011
2 Методика секвенирования клональной вставки ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям 03.10.2011
3 Методика секвенирования геномной ДНК исследуемого организма ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям 03.10.2011
4 Методика определения содержания трансгенной кукурузы Т25 в продуктах питания ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека 05.02.2006
5 Методика определения содержания трансгенной кукурузы MON801 в продуктах питания ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека 05.02.2006
6 Методика определения содержания трансгенной кукурузы GA21 в продуктах питания ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека 05.02.2006
7 Методика определения содержания трансгенной кукурузы NK603 в продуктах питания ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека 05.02.2006
8 Методика определения содержания трансгенной сои RR40-3-2 в продуктах питания ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека 05.02.2006

Услуги

УСЛУГИ, ПРЕДОСТАВЛЯЕМЫЕ ЦКП «БИОИНЖЕНЕРИЯ»

 Приказ ФИЦ Биотехнологии РАН № 82-Д от 14.05.2021 «Об индексации цен на услуги Центров коллективного пользования ФИЦ Биотехнологии РАН»

 Обновленные цены на услуги ЦКП «Биоинженерия»
(Приложение 2 к Приказу ФИЦ Биотехнологии РАН № 82-Д от 14.05.2021)

 

ПЕРЕЧЕНЬ УСЛУГ

Наименование Приоритетное направление Описание услуги
1 Секвенирование по Сэнгеру  на генетическом анализаторе 3730/3500XL (ABI) Науки о жизни Секвенирование ПЦР-фрагмента ДНК, рестрикционного фрагмента ДНК, клонированного фрагмента ДНК в составе вектора
2 Идентификация чистой культуры микроорганизма по генам 16S рРНК Рациональное природопользование Выделение ДНК. PCR c использованием универсальных праймеров 16S рРНК эубактерий или архей. Секвенирование по Сэнгеру полноразмерной копии рРНК . Сборка нуклеотидной последовательности и ее BLAST-анализ
3 Идентификация чистой культуры микроорганизма по генам 18 S рРНК (грибы, дрожжи и др.) Рациональное природопользование Выделение ДНК. PCR  с использованием праймеров на консервативную часть гена 18S и участок межгенной области.. Секвенирование по Сэнгеру . Сборка нуклеотидных последовательности и их  BLAST-анализ
 4 RT-PCR Науки о жизни Проведение RT PCR  на CFX-96, обработка результатов
5 End point PCR Науки о жизни Постановка PCR  с визуализацией в агарозном геле
6 Определение штаммовой принадлежности микроорганизма методом RAPD-PCR Науки о жизни Выделение ДНК. Постановка PCR  с визуализацией в агарозном геле. Референсный контроль предоставляет Заказчик
 7 Выделение ДНК Науки о жизни Выделяем ДНК из бактерий , архей, дрожжей, сложных образцов (почвы, илы, биопленки, пищевые продукты) и др.
 8 Анализ сообщества микроорганизмов  по v3-v4 региону 16S (Miseq, Illumina) Рациональное природопользование Выделение ДНК, постановка ПЦР (v3-v4), генерация не менее 10000 последовательностей на иллюмине MiSeq в формате 2 х 300 нт., первичная биоинформационная обработка данных
9 Анализ ампликонов (MiSeq, Illumina) Рациональное природопользование Выделение ДНК, постановка ПЦР с праймерами заказчика, генерация не менее 10000 последовательностей на иллюмине MiSeq в формате 2 х 300 нт.
10 Полногеномное секвенирование чистой культуры (бактерии, археи, дрожжи) – драфт геном Рациональное природопользование Подготовка библиотеки, сиквенс на секвенаторе Illumina (не менее чем 50-кратное покрытие генома), первичная биоинформационная обработка (сборка контигов)
11 Полногеномное секвенирование чистой культуры (бактерии, археи, дрожжи) – полный геном Рациональное природопользование Выделение ДНК, подготовка геномных библиотек, секвенирование на платформах Illumina и Oxford Nanopore, первичная биоинформационная обработка (сборка полной геномной последовательности)
 12 Сиквенс метагенома на платформах Illumina и Nanopore Рациональное природопользование Выделение ДНК, подготовка библиотек, сиквенс на секвенаторе Illumina и Oxford Nanopore, первичная биоинформационная обработка полученных данных