Лаборатория экологии и геохимической деятельности

хижняк1 Хижняк Татьяна Владимировна
Заведующая лабораторией
доктор биологических наук
ИНМИ, комн. 405
Телефон +7 (499)135-10-21
E-Mail tanya_khijniak@mail.ru

Основное

ОПИСАНИЕ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ ЛАБОРАТОРИИ

Ключевые слова
экология микроорганизмов, аноксигенные фототрофные бактерии, алкалофильные бактерии и археи, переменно-валентные элементы, тяжелые металлы и радионуклиды, филогенетическое разнообразие экстемофильных микроорганизмов, применение экстремофилов в биотехнологии, содовые озера и почвы, минеральные источники, цикл серы, азота, железа

Направления исследований

  • Биоразнообразие и условия существования микроорганизмов, участвующих в превращении неорганических соединений серы, переменно-валентных металлов и других элементов в естественных и искусственных водоемах
  • Экология, физиолого-биохимические особенности и филогения микроорганизмов
  • Бактериальное восстановление тяжелых металлов и радионуклидов
  • Применение бактерий в биотехнологии
  • Экология и разнообразие фотосинтезирующих организмов, палеомикробиология, астробиология
  • Фракционирование изотопов железа
  • Участие микроорганизмов в круговороте серы, азота, железа
  • Трансформация и иммобилизация тяжелых металлов и радионуклидов

Основные методы исследований
Традиционные методы микробиологии и экологии. Электронная микроскопия. Применение методов молекулярной диагностики для идентификации гетеро-, авто- и фототрофных бактерий в культурах и в природных экосистемах. Совместно с сотрудниками Института биоинженерии разработка оригинальных праймеров (на функциональные гены и 16S РНК) для избирательной идентификации отдельных групп гетеро- и фототрофов.

Краткая история лаборатории
Лаборатория Геологическая деятельность микроорганизмов была создана по инициативе академика Исаченко Бориса Лаврентьевича. Первым руководителем лаборатории был член-корреспондент Кузнецов Сергей Иванович. Он возглавлял лабораторию с 1942 по 1987 году. В составе лаборатории в разное время работали такие выдающиеся ученые, как академик Иванов М. В., член корреспондент АН СССР Каравайко Г.И., д.б.н. Ляликова Н.Н. д.б.н. Сорокин Ю.И., д.б.н. Горюнова С.В. Затем лаборатория была переименована в лабораторию Экологии и геохимической деятельности микроорганизмов. С 1987 по 2013 год ее возглавлял академик РАЕН, д.б.н., профессор Горленко Владимир Михайлович. В настоящее время лабораторией руководит д.б.н. Хижняк Татьяна Владимировна.

Достижения

ОСНОВНЫЕ ДОСТИЖЕНИЯ

В коллективе ведутся исследования условий биоразнообразия и функциональной роли микроорганизмов, участвующих в превращениях переменно-валентных элементов (сера, азот, металлы) в естественных и искусственных местообитаниях. Это направление, с акцентом на изучение экофизиологии основных групп микроорганизмов с необычными свойствами, более 15 лет успешно развиваются в коллективе.  Выявлены основные закономерности функционирования аноксигенных фототрофных сообществ, в т.ч. в экстремальных экосистемах; дана количественная оценка роли фототрофных и некоторых хемотрофных бактерий в процессах круговорота углерода и серы в современных водоемах (1980-2003 гг). Создана коллекция чистых  культур  хемотрофных и фотосинтезирующих бактерий (около 400 штаммов), которая  служит базой для фундаментальных исследований и использования в биотехнологиях. Членами коллектива внесен крупный вклад в совершенствование  систематики и таксономии группы фототрофных, сероокисляющих, железо- марганецокисляющих бактерий, бактерий, использующих переменновалентные элементы. Открыт новый тип хемосинтеза, выделены и изучены бактерии, получающие энергию от окисления сурьмы.

Научная группа Горленко В.М.:
С использованием современных методов молекулярной экологии исследовано распространение и биоразнообразие аноксигенных фототрофных бактерий (АФБ) в умеренных и экстремальных экосистемах (меромиктических пресных и соленых водоемах, в содовых и гиперсоленых озерах, в термальных источниках Кавказа, Камчатки, Южной Сибири, Монголии). В работах В.М. Горленко с соавторами впервые были  описаны пресноводные и морские мезофильные нитчатые зеленые бактерии филума Chloroflexi. На основе молекулярно-биологических и физиолого-биохимических исследований было обосновано  создание нового семейства  Oscillochloridaceae .  Большая заслуга В.М.Горленко в изучении биологии зеленых бактерий.  Проведенные им работы внесли весомый вклад в представление о зеленых серобактериях, как об узкоспециализированной группе анаэробных фотолитоавтотрофов. Впервые  был исследован серный и углеродный метаболизм новой группы пресноводных у аэробных бактериохлорофилл-а содержащих бактерий (АБХБ). Впервые показана  способность  к использованию серных соединений в световом и темновом метаболизме у гелиобактерий,  которые принадлежат к особой грамположительной эволюционной ветви фототрофов. За последние годы описан целый ряд новых таксонов алкалофильных фототрофных бактерий, выделенных из содовых степных озер и термальных источников.  Всего открыто одно новое семейство, 17 новых родов и 44 новых вида пурпурных и зеленых бактерий, гелиобактерий и АБХБ.

Научная группа Дубининой Г.А.:
Раскрыт перекисный механизм процессов окисления соединений серы, железа и марганца у бесцветных серобактерий и железобактерий, не связанный напрямую с получением энергии в метаболизме. Впервые показано участие свободноживущих спирохет в геохимическом цикле серы в морских и океанических условиях. Раскрыта симбиотическая природа бактерий рода ”Thiodendron”, состоящего, в действительности, из анаэробных аэротолерантных галофильных спирохет и сульфидогенов. В результате полевых и лабораторных работ обоснована ведущая роль микроорганизмов в образовании железо-марганцевых руд в континентальных и морских водоемах, включая районы гидротермальной активности. Исследованы механизмы устойчивости бесцветных бактерий к окислительному стрессу. Из пресноводных изолятов способность к литоавтотрофии и литогетеротрофии обнаружена впервые у нового вида Beggiatoa leptomitiformis. Исследованы механизмы регуляции энергетического и конструктивного метаболизма у литотрофных видов B. leptomitiformis, Leucothrix mucor и L. thiophila. Показано, что переход от лито- к гетеротрофии у данных видов осуществляется за счет структурно-функциональной перестройки ключевого фермента углеродного метаболизма – образования димерных или тетрамерных форм малатдегидрогеназы.  С использованием метода анализа стабильных изотопов железа 56/54Fe показана доминирующая роль бактериального фракционирования железа в железистых теплых источниках. Дано таксономическое описание одному новому роду и двум новым видам железобактерий, анаэробно окисляющих соли железа в процессе нитратредукции

Всего открыто и описано 3 новых рода и 31 новый вид серо и железобактерий.

Научная группа Сорокина Д.Ю.:
Значительно расширено представление о функциональном разнообразии прокариот, обитающих в содовых и соленых озерах:

  • Открыта и досконально исследована новая группа экстремально галофильных хемолитоавтотрофных серокоисляющих бактерий. Расшифрована стратегия развития и адаптации галоалкалофильных сероокисляющих бактерий содовых озер.
  • Впервые показана возможность микробной литоавтотрофной сульфатредукции и диспропорционирования серных соединений в насыщенных содовых рассолах при рН до 10.5. Описан новый род бактерий, ответственных за этот процесс.
  • Открыты неизвестные ранее функциональные группы сульфидогенных бактерий, активных в гиперсоленых содовых озерах, новый род сероредукторов и гетеротрофные сульфатредукторы, использующие жирные кислоты в качестве доноров электронов.
  • В гиперсоленых содовых озерах обнаружен новый род сульфатредукторов Desulfonatronospira способных к хемолитоавтотрофному росту в насыщенном содовом рассоле за счет дисмутации сульфита и тиосульфата помимо традиционного сульфатного дыхания.
  • Изучены механизмы клеточной адаптации литоавтотрофных сульфид-окисляющих бактерий к галоалкалофильным условиям. Доказана принципиальная разница между натроно (содо)-филами и галофилами в стратегии осмоадаптации.
  • Открыт процесс анаэробного окисления тиоцианата в щелочных условиях новой бактерией Thioalkalivibrio thiocyanodenitrificans.
  •  впервые открыта возможность утилизации пектин-содержащих субстратов в экстремально щелочных, соленых условиях.
  • Открыта возможность бактериального использования хитина в экстремально галоалкалофильных условиях, осуществляемая 2 новыми филами анаэробных бактерий.
  • Открыта возможность микробной деградации нитрилов в экстремально галоалкалофильных условиях и описан новый порядок (впоследствии класс) актинобактерий, ответственных за этот процесс.
  • В 2008 г. завершен геномный секвенс 2 штаммов рода Thioalkalivibrio. Первые данные свидетельствуют о наличие элементов содовой биоэнергетики и механизме окисления серных соединений сходном с фототрофными серными бактериями.
  • В цикле углерода в гиперсоленых системах изучены и продолжают изучаться метаногенез и гидролитический блок. Работа по метаногенезу в гиперсоленых содовых озерах Кулундинской степи позволила установить их фундаментальное отличие от хлоридных озер, в частности наличием литотрофного и ацетокластического метаногенеза. При этом кроме известных таксонов, найдена и совершенно новая группа умеренно термофильных и экстремально галоалкалофильных миксотрофных метаногенов, представляющих новый класс эвриархей, которая более родственна галоархеям, нежели остальным метаногенам.

Описано более 80 новых видов, 35 новых родов, 1 новое семейство и 1 новый порядок — новые таксоны хемолитоавтотрофов (сероокисляющие и нитрифицирующие бактерии, и газотрофы: метано-, карбоксидо- и гидрогено-трофы).

Группа Хижняк Т.В.:

  • Выделены и изучены новые факультативно-анаэробные бактерии, восстанавливающие ванадат. Открыт новый тип нитратредуктазы, содержащей в активном центре ванадий вместо молибдена. Обнаружено микробное восстановление технеция, плутония, нептуния как в нейтральных, так и в щелочных условиях гетеротрофными бактериями. Описан новый вид галоалкалофильных бактерий, восстанавливащий хромат в щелочных условиях..
  •  В лаборатории постоянно ведется работа с молодежью и проводится работа по подготовке молодых специалистов. За время существования Лаборатории по тематике исследований были защищены докторские (Горленко В.М., Дубинина Г.А., Ляликова Н.Н., Сорокин Д.Ю., Хижняк Т.В.) и более 25 кандидатских диссертаций.

Сотрудники

СОСТАВ ЛАБОРАТОРИИ

ФИО Ученая степень, звание Должность Место работы Городской телефон Внутренний телефон E-mail
1Хижняк
Татьяна Владимировна
д.б.н.зав. лабораторией, г.н.с.ИНМИ, комн. 405(499) 135-10-21-tanya_khijniak@mail.ru
2Брянцева
Ирина Андреевна
к.б.н.н.с.ИНМИ, комн. 404(499) 135-10-49-bryantseva@mail.ru
3Бурганская
Екатерина Игоревна
-м.н.с.ИНБ, комн. 311(499) 135-12-40139moldiag@biengi.ac.ru
4Горленко
Владимир Михайлович
д.б.н., профессорг.н.с.ИНМИ, комн. 404(499) 135-10-49-vgorlenko@mail.ru
5Куликова
Вера Федоровна
-инженерИНМИ, комн. 406(499) 135-01-09-syabukova@mail.ru
6Сорокин
Дмитрий Юрьевич
д.б.н.И.о. г.н.с.ИНМИ, комн. 406(499) 135-01-09-soroc@inmi.ru
7Сорокина
Анна Юрьевна
к.б.н.н.с.ИНМИ, комн. 406(499) 135-01-09-asorokina83@mail.ru
8Сябукова
Татьяна Борисовна
-инженерИНМИ, комн. 406(499) 135-01-09-syabukova@mail.ru

 

Оборудование

УНИКАЛЬНОЕ ОБОРУДОВАНИЕ


Название оборудования/ коллекции Место нахождения
1 Коллекции уникальных бактерий: Новые таксоны фототрофов группы Горленко В.М. ( 1 – семейство, 19 родов, 41 видов) + 5 видов хемотрофов); Группа Сорокина Д.Ю. — Новые таксоны хемолитоавтотрофов (сероокисляющие и нитрифицирующие бактерии, и газотрофы: метано-, карбоксидо- и гидрогено-трофы) — описано более 80 новых видов, 35 новых родов, 1 новое семейство и 1 новый порядок. В группе Дубининой Г.А. — 3 новых рода и 31 новый вид серо и железобактерий ИНМИ, комн. 404 — 406, Международные коллекции DSMZ, ATCC и др.

 

Публикации

ЗНАЧИМЫЕ ПУБЛИКАЦИИ

2018
1.   BurganskayaE.I., BryantsevaI.A.,GaisinV.A., GrouzdevD.S., RysinaM.S., BarkhutovaD.D., BaslerovR.V., GorlenkoV.M.,KuznetsovB.B. BenthicphototrophiccommunityfromKiransodalake, south-easternSiberia.  Extremophiles. 2018. 22(2): 211-220. doi: 10.1007/s00792-017-0989-0
2.   Ferrer M., Sorokin D.Y.,Wolf Y.I., Ciordia S., Mena M.C., Bargiela R., Koonin E.V., Makarova K.S. Proteomic analysis of Methanonatronarchaeum thermophilum AMET1,  a representative of a putative new class of Euryarchaeota, “Methanonatronarchaeia”. Genes. 2018. 9(2). pii: E28;   doi:10.3390/genes9020028
3.   Namsaraev Z., Samylina O., Sukhacheva M., Borisenko G., Sorokin D.Y., Tourova T. Effect of salinity on diazotrophic activity and microbial composition of phototrophic communities from Bitter-1 soda lake (Kulunda Steppe, Russia). Extremophiles. 2018. 22:  651-663.
4.   Osipov E.M., Lilina A.V., Tsallagov S.I., Safonova T.N., Sorokin D.Y.,Tikhonova T.V., Popov V.O. Structure of flavocytochrome c sulfide dehydrogenase associated with copper binding protein CopC from the periplasm of haloalkaliphilic chemolithoautotrophic sulfur-oxidizing gammaproteobac terium Thioalkalivibrio paradoxusARh1. Acta Crystallographica. 2018.  D74: 632-642.
5.   Sorokin D.Y., Khijniak T.V., Kostrikina N.A., Elcheninov A.G., Toshchakov S.V., Bale N.J.,Sinninghe DamstéJ.S.,Kublanov I.V. Natronobiforma cellulotrophagen. nov., sp. nov., a novel haloalkaliphilic member of the family Natrialbaceae(class Halobacteria) from hypersaline alkaline lakes.Syst Appl Microbiol. 2018.  41(4): 355-362 https://doi.org/10.1016/j.syapm.2018.04.002
6.   Sorokin D.Y., Merkel A.Y., Abbas B., Makarova K., Wolf Y., Rijpstra W.I.C., Koenen M., Sinninghe Damsté J.S., Galinski E.A., Koonin E.V., van Loosdrecht M.C.M. Methanonatronarchaeum thermophilumgen. nov., sp. nov, and ‘Candidatus Methanohalarchaeum thermophilum’ — extremely halo(natrono)philic methyl-reducing methanogens from hypersaline lakes representing a novel euryarchaeal class Methanonatronarchaeiaclassis nov.Int J Syst Evol Microbiol 2018. 68: 2199-2208
7.   Vavourakis C.D., Andrei A.-S., Mehrshad M., Ghai R., Sorokin D.Y., Muyzer G. A metagenomics roadmap to the uncultured genome diversity in hypersaline soda lake sediments. Microbiome. 2018. 6: 168 https://doi.org/10.1186/s40168-018-0548-7

 

2017
1.     Ahn A.-C., Meier-Kolthoff J.P., Overmars L., Richter M., Woyke T., Sorokin D.Y., Muyzer G. Genomic diversity within the haloalkaliphilic genus Thioalkalivibrio. PLoS ONE. 2017. 12(3): e0173517. doi:10.1371/journal.pone.0173517
2.     Berben T., Balkema C., Sorokin D.Y.,Muyzer G. Transcriptomic analysis of the genes involved in thiocyanate oxidation during growth in continuous culture of haloalkaliphilic sulfur-oxidizing bacterium Thioalkalivibrio thiocyanoxidansARh 2T. mSystems. 2017. 2(6): e00102-17.  doi: 10.1128/mSystems.00102-17
3.     Berben T., Overman L.,Sorokin D.Y., Muyzer G. Comparative genome analysis of three thiocyanate oxidizing Thioalkalivibriospecies isolated from soda lakes. Front Microbiol. 2017. 8: article 254.
4.     Dubinina G.,Savvichev A.S., Orlova M.V., Gavrish E., Verbarg S., Grabovich M.Y. Beggiatoa leptomitoformis sp. Nov., the first freshwater member of the genus capable of chemolithoautotrophic growth. IJSEM. 2017. 67: 197–204 DOI 10.1099/ijsem.0.001584
5.     Gaisin V.A., Kalashnikov A.M., Grouzdev D.S., Sukhacheva M.V., Kuznetsov B.B., Gorlenko V.M.Chloroflexus islandicussp. nov., a thermophilic filamentous anoxygenic phototrophic bacterium from a geyser. IJSEM. 2017. 67(5): 1381-1386. doi: 10.1099/ijsem.0.001820
6.    Kopejtka K., Tomasch J., ZengY., Tichý M., Sorokin D.Y., Koblížek M. Genome analysis suggests a regressive evolution of phototrophy among haloalkaliphilic Rhodobacterales. Gen Biol Evol. 2017. 9: 1950-1962.
7.     Melton E.D., Sorokin D.Y., Overmars L., Lapidus A.L., Pillay M., Ivanova N., Glavina del Rio T., Kyrpides N.C., Woyke T., Muyzer G. Draft genome sequence of Dethiobacter alkaliphilusstrain AHT1T, a gram-positive sulfidogenic polyextremophile. Standards in Genomic Sciences. 2017. 12: article57
8.     Savvichev A.S., Kokryatskaya N.M., Zabelina S.A., Rusanov I.I., Zakharova E.E., Veslopolova E.F., Lunina O.N., Patutina E.O., Bumazhkin B.K., Gruzdev D.S., Sigalevich P.A., Pimenov N.N., Kuznetsov B.B., Gorlenko V.M.Microbial processes of the carbon and sulfur cycles in an ice-covered, iron-rich meromictic lake Svetloe (Arkhangelsk region, Russia). Environ Microbiol. 2017. 19(2): 659-672.  doi: 10.1111/1462-2920.13591
9.     Sorokin D.Y., Cherhyh N.A. Desulfonatronospira sulfatiphilasp. nov., and Desulfitispora elongatasp. nov., the two novel haloalkaliphilic sulfidogenic bacteria from soda lakes.Int J Syst Evol Microbiol. 2017. 67: 396-401.
10.  Sorokin D.Y., Khijniak T.V., Galinski E.A., Kublanov I.V. Natronotalea proteinilyticagen. nov., sp. nov, and Longimonas haloalkaliphiliasp. nov., extremely salt-tolerant alkaliphilic members of the phylum Rhodothermaeotaisolated from hypersaline soda lakes. Int J Syst Evol Microbiol. 2017.67: 4161–4167.
11.  Sorokin D.Y., Kolganova T.V., Khijniak T.V.,Jones B.E., Kublanov I.V. Culturable diversity of aerobic polyhydrolytic haloalkaliphilic bacteria in saline alkaline soils. Peer J. 2017.  5:e3796.
12.  Sorokin D.Y., Kublanov I.V., Khijniak T.V.Natronospira proteinivoragen. nov., sp. nov., an extremely salt tolerant alkaliphilic protein-utilizing gammaproteobacterium from hypersaline soda lakes. Int J Syst Evol Microbiol. 2017.67: 2604-2608.
13.  Sorokin D.Y., Makarova K.S, Abbas B., Ferrer M., Golyshin P.N., Galinski E.A., Ciordia S., Mena M.C., Merkel A.Y., Wolf Y.I., van Loosdrecht M.C.M., Koonin E.V. Discovery of extremely halophilic, methyl-reducing euryarchaea provides insights into the evolutionary origin of methanogenesis. Nature Microbiol. 2017. 2(8): article 17081. doi: 10.1038/nmicrobiol.2017.81
14.  Sorokin D.Y., Messina E., Smedile F., Roman P., Sinninghe Damste J.S., Ciordia S., del Carmen Mena M., Ferrer M., Golyshin P.N., Kublanov I.V., Samarov N.I., Toshchakov S.V., La Cono V.,Yakimov M.M. Discovery of the anaerobic lithoheterotrophic haloarchaea, ubiquitous in hypersaline habitats. The ISME Journal. 2017. 11:1245–1260.
15.  Welles L., Abbas B., Sorokin D.Y., Lopez-Vazquez C.M., Hooijmans C.M., van Loosdrecht M.C.M., Brdjanovic D. Metabolic response of ‘CandidatusAccumulibacter phosphatis’ clade II C to changes in influent P/C ratio. Front Microbiol. 2017. 7: article 2121.

 

2016
1.     Daelman M.R.J., Sorokin D.,Kruse O., van Loosdrecht M.C.M., Strous M.  Haloalkaline bioconversions for methane production from microalgae grown on sunlight.Trends Biotechnol.2016. 34(6): 450-457. doi: 10.1016/j.tibtech.2016.02.008
2.     Dziuba M., Koziaeva V., Grouzdev D.,Burganskaya E.,Baslerov R., Kolganova T., Chernyadyev A., Osipov G., Andrianova E., Gorlenko V., Kuznetsov B. Magnetospirillum caucaseumsp. nov., Magnetospirillum marisnigrisp. nov. and Magnetospirillum moscoviensesp. nov., freshwater magnetotactic bacteria isolated from three distinct geographical locations in European Russia. IJSEM. 2016. 66(5): 2069-2077. doi: 10.1099/ijsem.0.000994
3.     Fomenkov A., Vincze T., Grabovich M., Anton B.P., Dubinina G., Orlova M., Belousova E., Roberts R.J.  Complete genome sequence of a strain of Azospirillum thiophilumisolated from a sulfide spring. Genome Announc. 2016. 4(1). pii: e01521-15. doi: 10.1128/genomeA.01521-15
4.    Gaisin V.A., Grouzdev D.S, Namsaraev Z.B., Sukhacheva M.V., Gorlenko V.M.,Kuznetsov B.B. Biogeography of thermophilic phototrophic bacteria belonging to Roseiflexus genus. FEMS Microbiol Ecol.2016. 92(3). pii: fiw012. doi: 10.1093/femsec/fiw012
5.    Gaisin V.A., Ivanov T.M., Kuznetsov B.B.,Gorlenko V.M., Grouzdev D.S. Draft genome sequence of Chloroflexus sp. strain isl-2, a thermophilic filamentous anoxygenic phototrophic bacterium isolated from the Strokkur geyser, Iceland. Genome Announc. 2016. 4(4):e00714-16. doi:10.1128/genome A.00714-16
6.    Melton E.D., Sorokin D.Y., Overmars L., Chertkov O., Clum A., Pillay M., Ivanova N., Shapiro N., Kyrpides N.C., Woyke T., Lapidus A.L., Muyzer G. Complete genome sequence of Desulfurivibrio alkaliphilusstrain AHT2(T), a haloalkaliphilic sulfidogen from Egyptian hypersaline alkaline lakes.  Stand. Genomic Sci. 2016. 11: 67. doi: 10.1186/s40793-016-0184-4
7.    Messina E.,Sorokin D.Y., Kublanov I.V., Toshchakov S., Lopatina A., Arcadi E., Smedile F., La Spada G., La Cono V., Yakimov M.M. Complete genome sequence of ‘Halanaeroarcha-eum sulfurireducens’ M27-SA2, a sulfur-reducing and acetate-oxidizing haloarchaeon from the deep-sea hypersaline anoxic lake Medee.Stand. Genomic Sci. 2016. 11:35. doi: 10.1186/s40793-016-0155-9
8.    Obbels D., Verleyen E., Mano M.J.,Namsaraev Z., Sweetlove M., Tytgat B., Fernandez-Carazo R., De Wever A., D’hondt S., Ertz D., Elster J., Sabbe K., Willems A., Wilmotte A., Vyverman W. Bacterial and eukaryotic biodiversity patterns in terrestrial and aquatic habitats in the Sør Rondane Mountains, Dronning Maud Land, East Antarctica. FEMS Microbiol Ecol. 2016. 92(6): fiw041. doi: 10.1093/femsec/fiw041
9.    Orlova M.V.,Tarlachkov S.V.,Dubinina G.A.,Belousova E.V.,Tutukina M.N.,Grabovich M.Y. Genomic insights into metabolic versatility of a lithotrophic sulfur-oxidizing diazotrophic AlphaproteobacteriumAzospirillum thiophilum. FEMS Microbiol. Ecol. 2016.  92(12): fiw199  doi:dx.doi.org/10.1093/femsec/fiw199
10.  Poser A., Vogt C., Knöller K., Sorokin D.Y., Finster K.W., Richnow H.-H. Sulfur and oxygen isotope fractionation during bacterial sulfur disproportionation under anaerobic haloalkaline conditions. Geomicrobiology Journal. 2016.33(10): 934-941. doi: 10.1080/01490451.2015.1128993
11.  Roman P., Klok J., Sousa J., Broman E., Dopson M., van Zessen E., Bijmans M.,Sorokin D.Y., Janssen A. Selection and application of sulfideoxidizing microorganisms able to withstand thiols in gasbiodesulfurization systems. Environ Sci Technol. 2016. 50: 12808−12815.
12.  Roman P., Lipińska J., Bijmans M.F., Sorokin D.Y.,Keesman K.J., Janssen A.J.  Inhibition of a biological sulfide oxidation under haloalkaline conditions by thiols and diorgano polysulfanes.  Water Res. 2016. 101: 448-456. doi: 10.1016/j.watres.2016.06.003
13.  Sharko F.S., Shapovalova A.A., Tsygankova S.V., Komova A.V., Boulygina E.S., Teslyuk A.B., Gotovtsev P.M., Namsaraev Z.B., Khijniak T.V.,Nedoluzhko A.V., Vasilov R.G. Draft genome sequence of «Halomonas chromatireducens» strain AGD 8-3, a haloalkaliphilic chromate- and selenite-reducing Gammaproteobacterium. Genome Announc. 2016.  4(2). pii: e00160-16. doi: 10.1128/genomeA.00160-16
14.  Soler-Jofra A., Stevens B., Hoekstra M., Picioreanu C., Sorokin D.Y., van Loosdrecht M.C.M., PérezJ.Importance of abiotic hydroxylamine conversion on nitrous oxide emissions during nitritation of reject water. Chem Engineer J. 2016. 287: 720-726.
15.  Sorokin D.Y.,Abbas B., Geleijnse M., Kolganova T.V., Kleerebezem R., van Loosdrecht M.C.  Syntrophic associations from hypersaline soda lakes converting organic acids and alcohols to methane at extremely haloalkaline conditions.  Environ Microbiol., 2016; 18(9): 3189-3202. doi: 10.1111/1462-2920.13448
16.   Sorokin D.Y., Chernyh N.A. ‘Candidatus Desulfonatronobulbus propionicus’: a first haloalkaliphilic member of the order Syntrophobacterales from soda lakes. Extremophiles. 2016. 20(6): 895-901.
17. Sorokin D.Y.,Kublanov I.V., Gavrilov S.N., Rojo D., Roman P., Golyshin P.N., Slepak V.Z., Smedile F., Ferrer M., Messina E., La Cono V., Yakimov M.M. Elemental sulfur and acetate can support life of a novel strictly anaerobic haloarchaeon. ISME Journal. 2016. 10(1): 240-252   doi: 10.1038/ismej.2015.79
18. Sorokin D.Y.,Kublanov I.V., Yakimov M.M., Rijpstra W.I., Sinninghe Damsté J.S.   Halanaeroarchaeum sulfurireducensgen. nov., sp. nov., the first obligately anaerobic sulfur-respiring haloarchaeon, isolated from a hypersaline lake.  Int J Syst. Evol. Microbiol. 2016. 66(6): 2377-2381. doi: 10.1099/ijsem.0.001041
19. Sorokin D.Y.,Rakitin A.L., Gumerov V.M., Beletsky A.V., Sinninghe Damsté J.S., Mardanov A.V., Ravin N.V.  Phenotypic and genomic properties of Chitinispirillum alkaliphilum gen. nov., sp. nov., a haloalkaliphilic anaerobic chitinolytic bacterium representing a novel class in the Phylum Fibrobacteres.  Front Microbiol. 2016. 7: 407. doi: 10.3389/fmicb.2016.00407
20. Tytgat B., Verleyen E., Sweetlove M., D’hondt S., Clercx P., Van Ranst E., Peeters K., Roberts S.,Namsaraev Z., Wilmotte A., Vyverman W., Willems A. Bacterial community composition in relation to bedrock type and macrobiota in soils from the Sør Rondane Mountains, East Antarctica. FEMS Microbiol Ecol. 2016. 92(9). pii: fiw126. doi: 10.1093/femsec/fiw126
21.  Vavourakis C.D., Ghai R., Rodriguez-Valera F., Sorokin D.Y.,Tringe S.G., Hugenholtz P., Muyzer G. Metagenomic insights into the uncultured diversity and physiology of microbes in four hypersaline soda lake brines. Front Microbiol. 2016. 7: 211. doi: 10.3389/fmicb.2016.00211
22.  Антипов А.Н., Хижняк Т.В. Восстановление ванадата в щелочных условиях галоалкалофильными штаммами рода Halomonas. Микробиология. 2016. 85(6): 635-642.
23.  Кашкак Е.С, Белькова Н.Л., Данилова Э.В., Дагурова О.П., Намсараев Б. Б. , ГорленкоB.M.Филогенетическое и функциональное разнообразие прокариот мезотермального источника Хойто- гол. Микробиология. 2016. 85(5): 555-567.
24.  Кашкак Е.С., Гайсин В.А.,Дагурова О.П., Брянцева И.А.,Данилова Э.В. Формирование и функционирование микробных матов минерального источника Хойто-Гол (Восточный Саян). Известия Самарского научного центра РАН. 2016. 18.(2(2)): 397-402.
25.  ЛунинаО.Н., Саввичев А.С., Краснова Е.Д., Коктятская Н.М., Веслополова Е.Ф., Кузнецов Б.Б.,Горленко В.М.Сукцессионная динамика развития сообщества  аноксигенных фототрофных бактерий в озере Кисло-Сладкое (Кандалашский залив Белого моря). Микробиология. 2016. Т. 85. № 5. С. 531-544.
26.  Нуянзина-Болдарева Е.Н.,Акимов В.Н., Такаичи С., Горленко В.М. Новые штаммы аэробной аноксигенной фототрофной бактерии Porphyrobacterdonghaensis, выделенные из термального источника и слабоминерализованного озера Сибири. Микробиология. 2016. 85(1): 56-65.

 

2015
1.    Berben T., Sorokin D.Y., Ivanova N., Pati A., Kyrpides N., Goodwin L.A., Woyke T., Muyzer G. Partial genome sequence of the haloalkaliphilic soda lake bacterium Thioalkalivibrio thiocyanoxidans ARh 2T. Standards in Genomic Sciences. 2015. 10: 85.
2.    Berben T., Sorokin D.Y., Ivanova N., Pati A., Kyrpides N., Goodwin L.A., Woyke T., Muyzer G. Partial genome sequence of Thioalkalivibrio thiocyanodenitrificansARhD1(T), a chemolithoautotrophic haloalkaliphilic sulfur-oxidizing bacterium capable of complete denitrification. Standards in Genomic Sciences. 2015. 10: 84.
3.    Berben T., Sorokin D.Y., Ivanova N., Pati A., Kyrpides N., Goodwin L.A., Woyke T., Muyzer G. Complete genome sequence of Thioalkalivibrio paradoxus type strain ARh1(T), an obligatelychemolithoautotrophic haloalkaliphilic sulfur-oxidizing bacterium isolated from a Kenyan soda lake.Standards in Genomic Sciences. 2015. 10: 105.
4.     Dubinina G.,Grabovich M., Gronow S., Gavrich E., Akimov V. Spirochaeta sinaicasp. nov., a halophilic spirochaete isolated from a cyanobacterial mat. IJSEM. 2015. 65(11): 3872-3877  doi: 10.1099/ijsem.0.000506.
5.    Fomenkov A., Vinze T., Grabovich M., Dubinina G.,Brian A., Orlova M., Belonsove E., Roberts R. Complete genome sequence of the freshwater colorless sulfur bacterium Beggiatoa leptomitiformis neotype strain D-402T. Genome Announcement, 2015, 3(6): pii: e01436-15. doi: 10.1128/genomeA.01436-1
6.    Gaisin V.A.,Kalashnikov A.M., Sukhacheva M.V., Namsaraev Z.B.,Barhutova D.D., Gorlenko V.M.,& Kuznetsov B.B. Filamentous anoxygenic phototrophic bacteria from cyanobacterial mats of Alla hot springs (Barguzin Valley, Russia). Extremophiles.2015. 19(6): 1067-1076.
7.    Muntyan M.S., Cherepanov D.A., Malinen A.M., Bloch D.A., Sorokin D.Y., Severina I.I., Ivashina T.V., Lahti R., Muyzer G., Skulachev V.P. Cytochromecbb3of Thioalkalivibriois a Na+-pumping cytochrome oxidase.Proc Nat Ac Sci  USA (PNAS). 2015.112: 7695–7700
8.    Namsaraev Z.B.Ecological niches of Antarctic phototrophic communities during global glaciation. Microbiology. 2015. 84(2): 125-129.
9.    Namsaraev Z.B.,Zaitseva S.V., Gorlenko V.M.,Kozyreva L.P.,Namsaraev B.B.  Microbial processes and factors controlling their activities in alkaline lakes of the Mongolian plateau. Chinese Journal of Oceanology and Limnology. 2015. 33 (6): 1391-1401.
10.  Sorokin D.Y., Abbas B., Geleijnse M., Pimenov N.V., Sukhacheva M.V., van Loosdrecht M.C.M. Methanogenesis at extremely haloalkaline conditions in soda lakes of Kulunda Steppe (Altai, Russia). FEMS Microbiol Ecol. 2015. 91(4): pii: fiv016. doi: 10.1093/femsec/fiv016.
11.  Sorokin D.Y., Abbas B.A., Sinninghe Damsté J.S.,Sukhacheva M.V., van Loosdrecht M.C. Methanocalculus alkaliphilussp. nov., and Methanosalsum natronophilussp. nov., novel haloalkaliphilic methanogens from hypersaline soda lakes.IJSEM. 2015. 65: 3739-3745.
12.  Sorokin D.Y., Banciu H.A., Muyzer G. Functional microbiology of soda lakes. Curr Opin Microbiol. 2015. 25: 88-96.
13.  Sorokin D.Y., Chernyh N.A., Poroshina M.N. Desulfonatronobacter acetioxydans sp. nov., — a first acetate-oxidizing extremely salt-tolerant alkaliphilic sulfate-reducing bacterium from a hypersaline soda lake. Extremophiles. 2015.19: 899-907.
14.  Sorokin D.Y., Kublanov I.V., Toschakov S.V., Kolganova T.V. Halo(natrono)archae isolated from hypersaline lakes utilize cellulose and chitin as growth substrates.Front Microbiol 2015. 6: article 942. doi: 10.3389/fmicb.2015.00942
15.  Sousa J.A.B., Sorokin D.Y.,Bijmans M.F.M., Plugge C.M., Stams A.J.M. Ecology and application of haloalkaliphilic microbial communities. Appl Microbiol Biotechnol. 2015. 99: 9331–9336.
16.  Tammis J., Sorokin D.Y., Jiang Y., van Loosdrecht M.C.M., Kleerbazem R. Lipid recovery from a vegetable oil emulsion using microbial enrichment culture. Biotechnology for Biofuels. 2015. 8:39.  doi: 10.1186/s13068-015-0228-9
17.  Watts M.P., Khijniak T.V.,Boothman C., Lloyd J.R. Treatment of alkaline Cr(VI)-contaminated leachate with an alkaliphilic metal-reducing bacterium. Appl. Environ. Microbiol., 2015. 81(16): 5511-5518. doi: 10.1128/AEM.00853-15
18.  Zakharyuk A.G., Kozyreva L.P., Khijniak T.V.,Namsaraev B.B.,Shcherbakova V.A. Desulfonatronum zhilinaesp. nov., a novel haloalkaliphilic sulfate-reducing bacterium from soda Lake Alginskoe, Trans-Baikal Region, Russia. Extremophiles. 2015. 19(3): 673-80. doi: 10.1007/s00792-015-0747-0
19.  БрянцеваИ.А.,ГайсинВ.А., ГорленкоВ.М. НоваяалкалофильнаянесернаяпурпурнаябактерияRhodobaculum claviformegen. nov., sp. nov.. Микробиология. 2015. 84(2): 225–235.
20.  ГорленкоВ.М., БрянцеваИ.А.,ЛунинаО.Н., ТуроваТ.П. ФилогенетическоеположениепурпурнойсеробактерииLamprobacter modestohalophilusна основании исследования новых штаммов вида. Микробиология, 2015, 84(1): 68-77.

 

2014 и ранее
1. Bryantseva I.A., Gorlenko V.M.,Kompantseva E.I., L. Achenbach аnd M.T. Madigan. Heliorestis daurensis, gen, nov. sp. nov., an alkaliphilic rod-to-coiled- shaped phototrophic heliobacterium from a Siberian soda lake. — Arch. Microbiol., 1999, 172: 167-174.
2. GorlenkoV.M., I.A. Bryantseva, A.M. Kalashnikov, V.A. Gaisin, M.V. Sukhacheva, D.S. Gruzdev, andB.B. Kuznetsov. Candidatus ‘Chloroploca asiatica’ gen. nov., sp. nov., a new mesophilic filamentous anoxygenic phototrophic bacterium. — Microbiology, 2014, 83(6): 838–848.
3. Keppen O.I., Tourova T.P., Kuznetsov B.B., Ivanovsky R.N., Gorlenko V.M. Proposal of Oscillochloridaceae fam.nov. on the basis of a phylogenetic analysis of the filamentous anoxygenic phototrophic bacteria, and emended description of Oscillochlorisand Oscillochloris trichoidesin comparison with further new isolates. — IJSEM, 2000, 50: 1529-1537.
4. Khijniak T.V., Medvedeva-Lyalikova N.N., Simonoff M. Reduction of pertechnetate by haloalkaliphilic strains of Halomonas. — FEMS Microbiol. Ecol., 2003, 44(1): 109-115 (DOI: 10.1016/S0168-6496(03)00018-7).
5. Lloyd J.R., Ridley J., Khizniak T.V., Lyalikova N.N., Macaskie L.E. Reduction of technetium by Desulfovibrio desulfuricans: biocatalyst characterization and use in flow-through bioreactor. — Applied and Environmental Microbiology, 1999, 65(6): 2691-2696.
6. Sorokin D.Y., and Kuenen J.G. Haloalkaliphilic sulfur-oxidizing bacteria in soda lakes. — FEMS Microbiology Reviews, 2005, 29 (4): 685-702 (DOI: 10.1016/j.femsre.2004.10.005)
7. Sorokin D.Y., Janssen A.J.H. and Muyzer G. Biodegradation potential of halo(alkali)philic prokaryotes. — Critical Reviews in Environmental Science and Technology, 2012, 42(8): 811-856 (DOI: 10.1080/10643389.2010.534037).
8. Sorokin D.Y., van Pelt S., Tourova T.P., Evtushenko L.I. Nitriliruptor alkaliphilusgen. nov., sp. nov., a deep lineage haloalkaliphilic actinobacterium from soda lakes capable of growth on aliphatic nitriles and proposal of Nitriliruptoraceae fam. nov. and Nitriliruptorales ord. nov. — IJSEM, 2009, 59: 248-253 (DOI: 10.1099/ijs.0.002204-0).
9. Surkov A.V., Dubinina G.A., Lysenko A.M., Glockner F.O., Kuever J. Dethiosulfovibrio russensissp.nov., Dethiosulfovibrio marinussp. nov. and Dethiosulfovibrio acidaminovoranssp. nov., novel anaerobic, thiosulfate- and sulfur- reducing bacteria isolated from ‘Thiodendron’ sulfur mats in different saline environments. — IJSEM, 2001, 51: 327 – 337.
10. Suzuki S., Kuenen J.G., Schipper K., van der Velde S., Ishii S., Wu A., Sorokin D.Y., Tenney A., Ying M.X., Morrill P.L., Kamagata Y., Muyzer G., Nealson K.H. Life in the ultrabasic: study of novel hydrogen-utilizing Betaproteobacteria from a continental serpentinization site. — Nature Communications, 2014, 5: article 3900  (DOI: 10.1038/ncomms4900).

Диссертации

ЗАЩИЩЕННЫЕ ДИССЕРТАЦИИ
Диссертант Диссертация Тема работы Научный руководитель/ консультант
Год защиты
1 Сорокин Д.Ю. докторская Биология морских гетеротрофных и алкалофильных сероокисляющих бактерий 2000
 2 Хижняк Т.В. докторская Бактериальная трансформация и иммобилизация тяжелых металлов и радионуклидов 2013
3 Брянцева И.А. кандидатская Аноксигенные фототрофные бактерии содовых озер Юго-Восточного Забайкалья Горленко В.М. 2000
 4 Сурков А.З. кандидатская Новые сульфидогенные бактерии из солоноводных сообществ «Thiodendron»: таксономия, физиология, экология Дубинина Г.А. 2001
 5 Патрицкая В.Ю. кандидатская Регуляция углеродного и серного метаболизма у нитчатых скользящих серобактерий родов Beggiatoa и Leucothrix Дубинина Г.А. 2001
 6 Намсараев З.Б. кандидатская Микробные сообщества щелочных гидротерм Горленко В.М. 2003
 7 Подкопаева Д.А. кандидатская Физиологическая гетерогенность серных спирилл и физиология микроаэрофильных представителей Дубинина Г.А. 2005
 8 Болдарева Е.Н. кандидатская Аэробные аноксигенные фототрофные бактерии щелочных местообитаний Горленко В.М. 2008
 9 Сорокина А.Ю. кандидатская Новые нейтрофильные литотрофные железобактерии и их участие в окислении железа в водных экосистемах Дубинина Г.А. 2012

 

Награды

НАГРАДЫ, ПРЕМИИ, ОТЛИЧИЯ, БЛАГОДАРНОСТИ (за научную и научно-организационную деятельность)
Сотрудники Вид премии/ награды Наименование премии/ награды Год присуждения
1 Сорокин Д.Ю. Премия имени С.Н. Виноградского 2018 года Российской академии наук за цикл работ «Функциональная микробиология гиперсоленых хлоридных и содовых озер» 2018
2 Горленко В.М., Нуянзина-Болдарева Е.Н., Брянцева И.А. Главная премия МАИК Наука/Интерпериодика за 2014 г в разделе Биология За цикл статей «Новые аноксигенные фототрофные бактерии, обитающие в экстремальных экосистемах Восточной Сибири (в термальных источниках и содовых озерах)», опубликованный в журнале Микробиология 2014
3 Дубинина Г.А., Сорокина А.Ю. Премия МАИК Наука/Интерпериодика за 2012 г в разделе Биология За цикл статей «Роль железоокисляющих бактерий в фракционировании стабильных изотопов железа в минеральных железистых источниках различного генезиса Европейского района России», опубликованный в журнале Микробиология 2012
4 Горленко В.М. Премия МАИК Наука/Интерпериодика за 2011 г в разделе Биология Статья «MAGNETOSPIRILLUM ABERRANTIS SP. NOV. – новая пресноводная бактерия с магнитными включениями», посвященная изучению разнообразия магнитотактических бактерий природного водоема (река Ольховка, Северный Кавказ) с использованием методов молекулярной экологии, опубликованная в журнале Микробиология 2011