Базы данных

Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии» РАН обладает уникальными базами данных.

  • База данных «Протеомика злокачественных клеток»
    Отечественная многомодульная общедоступная база данных «Протеомика злокачественных клеток» («ПЗК») в настоящее время содержит семнадцать взаимосвязанных информационных модулей, в состав каждого из которых входят протеомные и биомедицинские данные о белках соответствующих объектов исследований. Объектами исследований являются различные злокачественные клеточные линий человека (включая клетки рабдомиосаркомы RD, двух культивируемых линий рака почки 769-P, A-498 и аденокарциномы кишечника НТ-29, а также линий лейомиосаркомы SK-UT-1B и остеосаркомы U-2 OS). Данные представленные на четырех информационных уровнях. Основа модулей – синтетические двумерные карты, представляющие собой обобщенные результаты фракционирования белков методом двумерного электрофореза.
    База данных зарегистрирована в Государственном реестре баз данных 27.04.2017 (регистрационный номер 2017620475), размещена в сети Интернет (http://ef2.inbi.ras.ru).
  • База данных «Протеомика рака простаты»
    По итогам протеомных исследований образцов тканей простаты со злокачественными и доброкачественными опухолями, сформирована многоуровневая компьютерная база данных «Протеомика рака простаты» (http://ef.inbi.ras.ru/), которая зарегистрирована в Государственном реестре баз данных (регистрационный номер 2012620676 от 13.07.2012).
    База данных «Протеомика рака простаты» содержащая 302 белковые фракции. Среди идентифицированных в Институте биохимии им. А.Н.Баха белков оказалось 10 новых, для некоторых из которых зарегистрированы резкие количественные изменения, связанные с клеточной дифференцировкой, что представляется перспективным для диагностических целей.
  • База данных по олигопептидам EROP-Moscow
    База данных EROP-Moscow (Endogenous Regulatory OligoPeptides) с онлайн-доступом (http://erop.inbi.ras.ru/) о структуре и функциях природных олигопептидов.
    Природные олигопептиды, содержащие от 2 до 50 аминокислотных остатков  являются регуляторами практически всех жизненно важных процессов. К настоящему времени известна химическая структура почти 6000 олигопептидов, выделенных из живых организмов более чем 1000 биологических видов — представителей всех биологических империй/царств. Среди них нейропептиды представляют самый большой функциональный класс, насчитывающий более 1300 природных структур.
    Для формирования клиент-серверной базы данных была проведена формализация химических, биологических и других характеристик природных олигопептидов, образующихся в результате рибосомального матричного, нерибосомального матричного или ферментативного синтеза. К настоящему времени число структурах природных олигопептидов в базе данных составляет более 9000.
  • База данных по SINE повторам из генома риса
    База данных находится по адресу: http://victoria.biengi.ac.ru/sinerice/
    База данных содержит десятки тысяч новых и известных SINE повторов из 45 различных семейств. Создание базы данных стало возможным только потому, что разработан новый математический метод создания множественного выравнивания нуклеотидных последовательностей.
    Областью возможного применения является биотехнология и генетическая инженерия.
    Аналогичных баз данных для генома риса не существует. Это связано с тем, что обнаружение новых не известных ранее SINE последовательностей всеми ранее разработанными математическими алгоритмами невозможно. Создана сотрудниками группы математического анализа последовательностей ДНК и белков (Руководитель: д.б.н. Коротков Е.В.).