 |
Фролов Евгений Николаевич Заведующий лабораторией кандидат биологических наук ИНМИ, комн. 106 |
|
 +7 (499) 135-12-29 доб. 732 evgenii_frolov_89@mail.ru |
Основное
ОПИСАНИЕ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ ЛАБОРАТОРИИ
Ключевые слова
экстремофильные прокариоты, протеолитические ферменты, карбоксидотрофия, железоредукция, МТЭЛ
Направления исследований
1. Выделение и характеристика новых таксонов экстремофильных прокариот.
2. Микробная экология термальных мест обитания (наземные, шельфовые и глубоководные гидротермы, подземная биосфера и др.)
3. Исследование некультивируемых микроорганизмов (т.н. microbial dark matter) с применением разнообразных подходов, как включающих стадию культивирования (накопительные и чистые культуры), так и без нее (мета-омики).
4. Новые катаболические процессы/пути у микроорганизмов:
- Новые доноры, акцепторы электронов, пары донор/акцептор в т.ч. биополимеры и нерастворимые акцепторы электронов, обмен электронами с электродами (МТЭЛы).
- Новые метаболические пути.
5. Экстремофильные микроорганизмы-гидролитики.
6. Экстремофильные карбоксидотрофные микроорганизмы (использующие СО как источник энергии).
7. Экстремофильные микроорганизмы, синтезирующие биогаз и биотопливо (H2, метан, этанол и др.)
8. Экстремозимы – ферменты экстремофильных микроорганизмов:
- представляющие новые семейства
- участвующие в новых метаболических процессах
- биотехнологически ценные.
Основные методы исследований
Культивирование экстремофильных микроорганизмов и общемикробиологические методы:
- приготовление аэробных и анаэробных синтетических сред, периодическое и непрерывное культивирование при Т до 100С, высокой минерализации, низких и высоких значениях рН, малоисследованных акцепторах электронов и т.д.
- морфология клеток и мониторинг роста – световая фазово-контрастная микроскопия, флюоресцентная микроскопия, электронная микроскопия (ЦКП ФИЦ Биотехнологии РАН)
- характеристика метаболизма – ВЭЖХ, газо-жидкостная хроматография, спектрофотометрия
- приготовление образцов для полногеномного секвенирования микроорганизмов
Методы характеристики микробных сообществ:
- выделение ДНК и РНК из природных сообществ и накопительных культур
- ПЦР-ДГГЭ генов 16S рРНК и функциональных генов
- приготовление библиотек для высокопроизводительного секвенирования
- приготовление образцов для транскриптомного анализа (все стадии до секвенирования), RT-PCR
- флуоресцентная гибридизация in situ (FISH, CARD-FISH)
- исследования минеральных фаз методами сканирующей электронной микроскопии, рентгеноспектрального анализа, инфракрасной спектроскопии, Мёссбауэровской спектроскопии
Биоинформатические методы:
- определение филогенетического положения новых изолятов
- анализ распределения таксонов в микробных сообществах природных мест обитания, микробных консорциумов и накопительных культур
- методы сравнительной геномики для in silico реконструкции метаболизма новых экстремофильных микроорганизмов в чистых культурах и сообществах
- разработка и применение ПЦР-праймеров и зондов различной таксон-специфичности для анализа микробных сообществ
Работа с белками:
- клонирование и экспрессия функциональных генов в E. coli (Arctic RP, Arctic RIL, BL21)
- очистка рекомбинантных белков с использованием никель-афинной хроматографии, ионообменной и др. типов жидкостной хроматографии
- определение ферментативных активностей с помощью качественных (ПААГ электрофорез зимография, чашки Петри/планшеты с различными носителями и субстратами) и количественных (спектрофотометрия) методов
Краткая история лаборатории
Лаборатория была создана в феврале 2017 года после структурного преобразования Лаборатории гипертермофильных микробных сообществ в Отдел биологии экстремофилов (руководитель член-корр. РАН, д.б.н. Е.А. Бонч-Осмоловская). Руководителем лаборатории стал к.б.н. Кубланов Илья Валерьевич. В состав лаборатории на момент её создания входили один доктор наук, 11 кандидатов наук, включая руководителя, 3 аспиранта. Средний возраст лаборатории на 2017 г. составлял 37 лет, средний индекс h для сотрудников был равен 11. В 2023 году руководителем лаборатории стал к.б.н. Фролов Евгений Николаевич.
Сотрудники
СОСТАВ ЛАБОРАТОРИИ
| № | ФИО | Ученая степень, звание | Должность | Место работы | Городской телефон | Внутренний телефон | |
| 1 | Фролов Евгений Николаевич | к.б.н. | зав. лабораторией | ИНМИ, комн. 106 | (499) 135-12-29 | 732 | evgenii_frolov_89@mail.ru |
| 2 | Гаврилов Сергей Николаевич | к.б.н. | с.н.с. | ИНМИ, комн. 113а | (499) 135-12-29 | 729 | sngavrilov@gmail.com |
| 3 | Гололобова Александра Вадимовна | - | м.н.с. | ИНМИ, комн. 106 | (499) 135-12-29 | 732 | sasha.gololobova@yandex.ru |
| 4 | Ельченинов Александр Геннадиевич | к.б.н. | н.с. | ИНМИ, комн. 113а | (499) 135-12-29 | 729 | el.alexander92@yandex.ru |
| 5 | Заварзина Дарья Георгиевна | д.б.н., к.г-м.н. | с.н.с. | ИНМИ, комн. 206 | (499) 135-12-29 | 709 | zavarzinatwo@mail.ru |
| 6 | Заюлина Ксения Сергеевна | к.б.н. | н.с. | ИНМИ, комн. 113а | (499) 135-12-29 | 729 | zauylinakc@yandex.ru |
| 7 | Карасёва Алина Игоревна | м.н.с. | ИНМИ, ком. 414 | (499) 135-12-29 | 709 | karasyova.alina98@mail.ru | |
| 8 | Клюкина (Попова) Александра Антоновна | к.б.н. | с.н.с. | ИНМИ, комн. 106 | (499) 135-12-29 | 732 | alexandra.a.popov@ gmail.com |
| 9 | Клюшин Георгий Сергеевич | м.н.с. | ИНМИ, ком. 113а | (499) 135-12-29 | 729 | klyushin1999@list.ru | |
| 10 | Кочеткова Татьяна Вячеславовна | к.б.н. | с.н.с. | ИНМИ, комн. 414 | (499) 135-12-29 | 709 | slepysh@gmail.com |
| 11 | Лебединский Александр Владимирович | к.б.н. | в.н.с. | ИНМИ, комн. 206 | (499) 135-12-29 | 709 | a.lebedinsky@mail.ru |
| 12 | Малеванник Валерия Романовна | м.н.с. | (499) 135-12-29 | ||||
| 13 | Мальцева Анастасия Игоревна | - | м.н.с. | ИНМИ, комн. 106 | (499) 135-12-29 | 732 | an.malts@mail.ru |
| 14 | Пихтерева Валерия Александровна | - | м.н.с. | ИНМИ, корп. 2, комн. 206 | - | - | pikhtereva.valeria@gmail.com |
| 15 | Подосокорская Ольга Андреевна | к.б.н. | с.н.с. | ИНМИ, комн. 113а | (499) 135-12-29 | 729 | podosokorskaya@gmail.com |
| 16 | Прокофьева Мария Игоревна | к.б.н. | н.с. | ИНМИ, комн. 206 | (499) 135-12-29 | 709 | prokofeva@gmail.com |
| 17 | Соколова Татьяна Геннадиевна | д.б.н. | с.н.с. | ИНМИ, комн. 206 | (499) 135-12-29 | 709 | tatso2204@gmail.com |
| 18 | Туленков Адольф Сергеевич | м.н.с. | ИНМИ, ком. 113а | (499) 135-12-29 | 729 | tulenkov.as@phystech.edu |
Публикации
ЗНАЧИМЫЕ ПУБЛИКАЦИИ
2023
- Frolov EN, Elcheninov AG, Gololobova AV, Toshchakov SV, Novikov AA, Lebedinsky AV, Kublanov IV. Obligate autotrophy at the thermodynamic limit of life in a new acetogenic bacterium. Front Microbiol. 2023 May 12;14:1185739. doi: 10.3389/fmicb.2023.1185739.
- Elcheninov AG, Ugolkov YA, Elizarov IM, Klyukina AA, Kublanov IV, Sorokin DY. Cellulose metabolism in halo(natrono)archaea: a comparative genomics study. Front Microbiol. 2023 Jun 1;14:1112247. doi: 10.3389/fmicb.2023.1112247.
- Zavarzina DG, Merkel AY, Klyukina AA, Elizarov IM, Pikhtereva VA, Rusakov VS, Chistyakova NI, Ziganshin RH, Maslov AA, Gavrilov SN. Iron or sulfur respiration-an adaptive choice determining the fitness of a natronophilic bacterium Dethiobacter alkaliphilus in geochemically contrasting environments. Front Microbiol. 2023 Jul 14;14:1108245. doi: 10.3389/fmicb.2023.1108245.
- Frolov EN, Lebedinsky AV, Elcheninov AG, Kublanov IV. Taxonomic proposal for a deep branching bacterial phylogenetic lineage: transfer of the family Thermodesulfobiaceae to Thermodesulfobiales ord. nov., Thermodesulfobiia classis nov. and Thermodesulfobiota phyl. nov. Syst Appl Microbiol. 2023 Jan;46(1):126388. doi: 10.1016/j.syapm.2022.126388.
- Podosokorskaya OA, Elcheninov AG, Novikov AA, Merkel AY, Kublanov IV. Fontisphaera persica gen. nov., sp. nov., a thermophilic hydrolytic bacterium from a hot spring of Baikal lake region, and proposal of Fontisphaeraceae fam. nov., and Limisphaeraceae fam. nov. within the Limisphaerales ord. nov. (Verrucomicrobiota). Syst Appl Microbiol. 2023 Jul;46(4):126438. doi: 10.1016/j.syapm.2023.126438.
- Podosokorskaya OA, Elcheninov AG, Gavrilov SN, Petrova NF, Klyukina AA, Zavarzina DG, Merkel AY. New Representatives of the Class Ignavibacteria Inhabiting Subsurface Aquifers of Yessentuki Mineral Water Deposit. Water. 2023; 15(19):3451. https://doi.org/10.3390/w15193451.
- Maltseva AI, Klyukina AA, Elcheninov AG, Pimenov NV, Rusanov II, Kublanov IV, Kochetkova TV, Frolov EN. Water and Sediments of an Acidic Hot Spring—Distinct Differentiation with Regard to the Microbial Community Composition and Functions. Water. 2023; 15(19):3415. https://doi.org/10.3390/w15193415.
- Kochetkova TV, Grabarnik IP, Klyukina AA, Zayulina KS, Gavirova LA, Shcherbakova PA, Kachmazov GS, Shestakov AI, Kublanov IV, Elcheninov AG. The Bacterial Microbiota of Artisanal Cheeses from the Northern Caucasus. Fermentation. 2023; 9(8):719. https://doi.org/10.3390/fermentation9080719.
- Elcheninov AG, Zayulina KS, Klyukina AA, Kremneva MK, Kublanov IV, Kochetkova TV. Metagenomic Insights into the Taxonomic and Functional Features of Traditional Fermented Milk Products from Russia. Microorganisms. 2024; 12(1):16. https://doi.org/10.3390/microorganisms12010016.
2022
- Podosokorskaya OA, Elcheninov AG, Novikov AA, Kublanov IV. Fontivita pretiosa gen. nov., sp. nov., a thermophilic planctomycete of the order Tepidisphaerales from a hot spring of Baikal lake region. Syst Appl Microbiol. 2022 Nov;45(6):126375. doi: 10.1016/j.syapm.2022.126375.
- Khomyakova MA, Zavarzina DG, Merkel AY, Klyukina AA, Pikhtereva VA, Gavrilov SN, Slobodkin AI. The first cultivated representatives of the actinobacterial lineage OPB41 isolated from subsurface environments constitute a novel order Anaerosomatales. Front Microbiol. 2022 Nov 10;13:1047580. doi: 10.3389/fmicb.2022.1047580.
- Shulga N, Abramov S, Klyukina A, Ryazantsev K, Gavrilov S. Fast-growing Arctic Fe-Mn deposits from the Kara Sea as the refuges for cosmopolitan marine microorganisms. Sci Rep. 2022 Dec 20;12(1):21967. doi: 10.1038/s41598-022-23449-6.
- Kochetkova, T.V., Podosokorskaya, O.A., Elcheninov, A.G. et al. Diversity of Thermophilic Prokaryotes Inhabiting Russian Natural Hot Springs. Microbiology. 2022 91:1–27. doi: 10.1134/S0026261722010064.
- Gavrilov, S.N., Potapov, E.G., Prokof’eva, M.I. et al. Diversity of Novel Uncultured Prokaryotes in Microbial Communities of the Yessentukskoye Underground Mineral Water Deposit. Microbiology. 2022 91:28–44. doi: 10.1134/S0026261722010039.
- Kochetkova TV, Grabarnik IP, Klyukina AA, Zayulina KS, Elizarov IM, Shestakova OO, Gavirova LA, Malysheva AD, Shcherbakova PA, Barkhutova DD, Karnachuk OV, Shestakov AI, Elcheninov AG, Kublanov IV. Microbial Communities of Artisanal Fermented Milk Products from Russia. Microorganisms. 2022 Oct 29;10(11):2140. doi: 10.3390/microorganisms10112140.
2021
- Gavrilov S.N., Zavarzina D.G., Elizarov I.M., Tikhonova T.V., Dergousova N.I., Popov V.O., Lloyd J.R., Knight D., El-Naggar M.Y., Pirbadian S., Leung K.M., Robb F.T., Zakhartsev M.V., Bretschger O., Bonch-Osmolovskaya E.A. Novel Extracellular Electron Transfer Channels in a Gram-Positive Thermophilic Bacterium. Front Microbiol. 2021 11:597818. doi: 10.3389/fmicb.2020.597818.
- Elcheninov AG, Podosokorskaya OA, Kovaleva OL, Novikov AA, Toshchakov SV, Bonch-Osmolovskaya EA, Kublanov IV. Thermogemmata fonticola gen. nov., sp. nov., the first thermophilic planctomycete of the order Gemmatales from a Kamchatka hot spring. Syst Appl Microbiol. 2021 Jan;44(1):126157. doi: 10.1016/j.syapm.2020.126157.
- Zayulina, Kseniya S; Elcheninov, Alexander G; Toshchakov, Stepan V; Kochetkova, Tatiana V; Novikov, Andrei A; Blamey, Jenny M; Kublanov, Ilya V; Novel hyperthermophilic crenarchaeon Infirmifilum lucidum gen. nov. sp. nov., reclassification of Thermofilum uzonense as Infirmifilum uzonense comb. nov. and assignment of the family Thermofilaceae to the order Thermofilales ord. nov. Systematic and applied microbiology, 2021, 44, 4, 126230.
- Frolov EN, Gololobova AV, Klyukina AA, Bonch-Osmolovskaya EA, Pimenov NV, Chernyh NA, Merkel AY. Diversity and Activity of Sulfate-Reducing Prokaryotes in Kamchatka Hot Springs. Microorganisms. 2021 Oct 1;9(10):2072. doi: 10.3390/microorganisms9102072.
- Karaseva, A.I., Elcheninov, A.G., Perevalova, A.A. et al. Fervidicoccus fontis Strain 3639Fd, the First Crenarchaeon Capable of Growth on Lipids. Microbiology 2021 90:435–442. doi: 10.1134/S002626172104007X
2020 и ранее
- Zavarzina DG, Gavrilov SN, Chistyakova NI, Antonova AV, Gracheva MA, Merkel AY, Perevalova AA, Chernov MS, Zhilina TN, Bychkov AY, Bonch-Osmolovskaya EA. Syntrophic growth of alkaliphilic anaerobes controlled by ferric and ferrous minerals transformation coupled to acetogenesis. ISME J. 2020 Feb;14(2):425-436. doi: 10.1038/s41396-019-0527-4.
- Chernyh NA, Neukirchen S, Frolov EN, Sousa FL, Miroshnichenko ML, Merkel AY, Pimenov NV, Sorokin DY, Ciordia S, Mena MC, Ferrer M, Golyshin PN, Lebedinsky AV, Cardoso Pereira IA, Bonch-Osmolovskaya EA. Dissimilatory sulfate reduction in the archaeon ‘Candidatus Vulcanisaeta moutnovskia’ sheds light on the evolution of sulfur metabolism. Nat Microbiol. 2020 Nov;5(11):1428-1438. doi: 10.1038/s41564-020-0776-z.
- Kochetkova TV, Mardanov AV, Sokolova TG, Bonch-Osmolovskaya EA, Kublanov IV, Kevbrin VV, Beletsky AV, Ravin NV, Lebedinsky AV. The first crenarchaeon capable of growth by anaerobic carbon monoxide oxidation coupled with H2 production. Syst Appl Microbiol. 2020 Mar;43(2):126064. doi: 10.1016/j.syapm.2020.126064.
- Podosokorskaya OA, Kochetkova TV, Novikov AA, Toshchakov SV, Elcheninov AG, Kublanov IV. Tenuifilum thalassicum gen. nov., sp. nov., a novel moderate thermophilic anaerobic bacterium from a Kunashir Island shallow hot spring representing a new family Tenuifilaceae fam. nov. in the class Bacteroidia. Syst Appl Microbiol. 2020 Sep;43(5):126126. doi: 10.1016/j.syapm.2020.126126.
- Kochetkova TV, Zayulina KS, Zhigarkov VS, Minaev NV, Chichkov BN, Novikov AA, Toshchakov SV, Elcheninov AG, Kublanov IV. Tepidiforma bonchosmolovskayae gen. nov., sp. nov., a moderately thermophilic Chloroflexi bacterium from a Chukotka hot spring (Arctic, Russia), representing a novel class, Tepidiformia, which includes the previously uncultivated lineage OLB14. Int J Syst Evol Microbiol. 2020 Feb;70(2):1192-1202. doi: 10.1099/ijsem.0.003902.
- Zayulina KS, Kochetkova TV, Piunova UE, Ziganshin RH, Podosokorskaya OA., Kublanov IV. Novel Hyperthermophilic Crenarchaeon Thermofilum adornatum sp. nov. Uses GH1, GH3, and Two Novel Glycosidases for Cellulose Hydrolysis. Front. microbiol. 2020. 10, 2972.
- Kochetkova, T.V.; Toshchakov, S.V.; Zayulina, K.S.; Elcheninov, A.G.; Zavarzina, D.G.; Lavrushin, V.Y.; Bonch-Osmolovskaya, E.A.; Kublanov, I.V. Hot in Cold: Microbial Life in the Hottest Springs in Permafrost. Microorganisms 2020, 8, 1308.
- Zavarzina D.G., Kochetkova T.V., Chistyakova N.I., Gracheva M.A., Antonova A.V., Merkel A.Y., Perevalova A.A., Chernov M.S., Koksharov Y.A., Bonch-Osmolovskaya E.A., Gavrilov S.N., Bychkov A.Y. Siderite-based anaerobic iron cycle driven by autotrophic thermophilic microbial consortium. Sci Rep. 2020 10(1):21661. doi: 10.1038/s41598-020-78605-7.
- Frolov EN, Kublanov IV, Toshchakov SV, Lunev EA, Pimenov NV, Bonch-Osmolovskaya EA, Lebedinsky AV, Chernyh NA. Form III RubisCO-mediated transaldolase variant of the Calvin cycle in a chemolithoautotrophic bacterium. Proc Natl Acad Sci U S A. 2019 Sep 10;116(37):18638-18646. doi: 10.1073/pnas.1904225116
- Gavrilov SN, Korzhenkov AA, Kublanov IV, Bargiela R, Zamana LV, Popova AA, Toshchakov SV, Golyshin PN, Golyshina OV. Microbial Communities of Polymetallic Deposits’ Acidic Ecosystems of Continental Climatic Zone With High Temperature Contrasts. Front Microbiol. 2019 Jul 17;10:1573. doi: 10.3389/fmicb.2019.01573
- Toshchakov SV, Lebedinsky AV, Sokolova TG, Zavarzina DG, Korzhenkov AA, Teplyuk AV, Chistyakova NI, Rusakov VS, Bonch-Osmolovskaya EA, Kublanov IV, Gavrilov SN. Genomic Insights Into Energy Metabolism of Carboxydocella thermautotrophicaCoupling Hydrogenogenic CO Oxidation With the Reduction of Fe(III) Minerals. Front Microbiol. 2018 Aug 3;9:1759. doi: 10.3389/fmicb.2018.01759.
- Frolov EN, Zayulina KS, Kopitsyn DS, Kublanov IV, Bonch-Osmolovskaya EA, Chernyh NA. Desulfothermobacter acidiphilus gen. nov., sp. nov., a thermoacidophilic sulfate-reducing bacterium isolated from a terrestrial hot spring. Int J Syst Evol Microbiol. 2018 Mar;68(3):871-875. doi: 10.1099/ijsem.0.002599.
- Kublanov IV, Sigalova OM, Gavrilov SN, Lebedinsky AV, Rinke C, Kovaleva O, Chernyh NA, Ivanova N, Daum C, Reddy TB, Klenk HP, Spring S, Göker M, Reva ON, Miroshnichenko ML, Kyrpides NC, Woyke T, Gelfand MS, Bonch-Osmolovskaya EA. Genomic Analysis of Caldithrix abyssi, the Thermophilic Anaerobic Bacterium of the Novel Bacterial Phylum Calditrichaeota. Front Microbiol. 2017 Feb 20;8:195. doi: 10.3389/fmicb.2017.00195.
- Kompantseva EI, Kublanov IV, Perevalova AA, Chernyh NA, Toshchakov SV, Litti YV, Antipov AN, Bonch-Osmolovskaya EA, Miroshnichenko ML. Calorithrix insularis gen. nov., sp. nov., a novel representative of the phylum Calditrichaeota. Int J Syst Evol Microbiol. 2017 May;67(5):1486-1490. doi: 10.1099/ijsem.0.001744.
- Frolov EN, Kublanov IV, Toshchakov SV, Samarov NI, Novikov AA, Lebedinsky AV, Bonch-Osmolovskaya EA, Chernyh NA. Thermodesulfobium acidiphilum sp. nov., a thermoacidophilic, sulfate-reducing, chemoautotrophic bacterium from a thermal site. Int J Syst Evol Microbiol. 2017 May;67(5):1482-1485. doi: 10.1099/ijsem.0.001745.
- Gavrilov S, Podosokorskaya O, Alexeev D, Merkel A, Khomyakova M, Muntyan M, Altukhov I, Butenko I, Bonch-Osmolovskaya E, Govorun V, Kublanov I. Respiratory Pathways Reconstructed by Multi-Omics Analysis in Melioribacter roseus, Residing in a Deep Thermal Aquifer of the West-Siberian Megabasin. Front Microbiol. 2017 Jun 30;8:1228. doi: 10.3389/fmicb.2017.01228.
- Elcheninov AG, Menzel P, Gudbergsdottir SR, Slesarev AI, Kadnikov VV, Krogh A, Bonch-Osmolovskaya EA, Peng X, Kublanov IV. Sugar Metabolism of the First Thermophilic Planctomycete Thermogutta terrifontis: Comparative Genomic and Transcriptomic Approaches. Front Microbiol. 2017 Nov 2;8:2140. doi: 10.3389/fmicb.2017.02140.
- Gavrilov SN, Stracke C, Jensen K, Menzel P, Kallnik V, Slesarev A, Sokolova T, Zayulina K, Bräsen C, Bonch-Osmolovskaya EA, Peng X, Kublanov IV, Siebers B. Isolation and Characterization of the First Xylanolytic Hyperthermophilic Euryarchaeon Thermococcus sp. Strain 2319×1 and Its Unusual Multidomain Glycosidase. Front Microbiol. 2016 May 3;7:552. doi: 10.3389/fmicb.2016.00552.
- Zavarzina D.G., Chistyakova N.I., Shapkin A.V., Savenko A.V., Zhilina T.N., Kevbrin V.V., Alekseeva T.V., Mardanov A.V., Gavrilov S.N., Bychkov A.Yu. 2016. Oxidative biotransformation of biotite and glauconite by alkaliphilic anaerobes: The effect of Fe oxidation on the weathering of phyllosilicates. Chem. Geol. 439:98-109.
- Frank YA, Kadnikov VV, Gavrilov SN, Banks D, Gerasimchuk AL, Podosokorskaya OA, Merkel AY, Chernyh NA, Mardanov AV, Ravin NV, Karnachuk OV, Bonch-Osmolovskaya EA. Stable and Variable Parts of Microbial Community in Siberian Deep Subsurface Thermal Aquifer System Revealed in a Long-Term Monitoring Study. Front Microbiol. 2016 Dec 27;7:2101. doi: 10.3389/fmicb.2016.02101.
- Sorokin DY, Toshchakov SV, Kolganova TV, Kublanov IV. Halo(natrono)archaea isolated from hypersaline lakes utilize cellulose and chitin as growth substrates. Front Microbiol. 2015 Sep 15;6:942. doi: 10.3389/fmicb.2015.00942.
- Podosokorskaya OA, Bonch-Osmolovskaya EA, Beskorovaynyy AV, Toshchakov SV, Kolganova TV, Kublanov IV. Mobilitalea sibirica gen. nov., sp. nov., a halotolerant polysaccharide-degrading bacterium. Int J Syst Evol Microbiol. 2014 Aug;64(Pt 8):2657-2661. doi: 10.1099/ijs.0.057109-0.
- Podosokorskaya OA, Kadnikov VV, Gavrilov SN, Mardanov AV, Merkel AY, Karnachuk OV, Ravin NV, Bonch-Osmolovskaya EA, Kublanov IV. Characterization of Melioribacter roseus gen. nov., sp. nov., a novel facultatively anaerobic thermophilic cellulolytic bacterium from the class Ignavibacteria, and a proposal of a novel bacterial phylum Ignavibacteriae. Environ Microbiol. 2013 Jun;15(6):1759-71. doi: 10.1111/1462-2920.12067.
- Lebedinsky AV, Mardanov AV, Kublanov IV, Gumerov VM, Beletsky AV, Perevalova AA, Bidzhieva SKh, Bonch-Osmolovskaya EA, Skryabin KG, Ravin NV. Analysis of the complete genome of Fervidococcus fontis confirms the distinct phylogenetic position of the order Fervidicoccales and suggests its environmental function. Extremophiles. 2014 Mar;18(2):295-309. doi: 10.1007/s00792-013-0616-7.
- Podosokorskaya OA, Bonch-Osmolovskaya EA, Novikov AA, Kolganova TV, Kublanov IV. Ornatilinea apprima gen. nov., sp. nov., a cellulolytic representative of the class Anaerolineae. Int J Syst Evol Microbiol. 2013 Jan;63(Pt 1):86-92. doi: 10.1099/ijs.0.041012-0.
- Kim YJ, Lee HS, Kim ES, Bae SS, Lim JK, Matsumi R, Lebedinsky AV, Sokolova TG, Kozhevnikova DA, Cha SS, Kim SJ, Kwon KK, Imanaka T, Atomi H, Bonch-Osmolovskaya EA, Lee JH, Kang SG. Formate-driven growth coupled with H(2) production. Nature. 2010 Sep 16;467(7313):352-5. doi: 10.1038/nature09375.
Сотрудничество
СОТРУДНИЧЕСТВО
Лаборатория сотрудничает с рядом российских и зарубежных лабораторий, работающих во всех сферах исследования экстремофильных (термофильных, ацидофильных и галофильных) микроорганизмов.
Среди них можно выделить:
БФУ им. И. Канта, Калининград, Россия
МГУ им. М.В. Ломоносова: кафедра геохимии, кафедра общей физики, кафедра инженерной геологии, НИИ ФХБ им. А.Н.Белозерского
Институт Общей и Экспериментальной Биологии СО РАН, Улан-Удэ, Россия
РГУ Нефти и Газа им. И.М. Губкина, Москва, Россия
САФУ имени М. В. Ломоносова, Архангельск, Россия
Institute for Marine Coastal Environments, CNR, Italy
Bangor University, UK
University of Duisburg-Essen, Germany
University of the Free State, Bloemfontein, South Africa
University of Heidelberg, Germany
INRA, Nantes, France
University of Lyon, France
University of Münster, Germany
Международные проекты
МЕЖДУНАРОДНЫЕ ПРОЕКТЫ
| № | Фонд/ программа | Акроним | Наименование проекта на английском языке | Наименование проекта на русском языке | Период проведения работ | Страны-участницы |
| 1 | Российский научный фонд и Немецкое научно-исследовательское общество (Deutsche Forschungsgemeinschaft) | RSF-DFG | Exploration of carbohydrate metabolism in hyperthermophilic archaea: novel approaches, enzymes and metabolic pathways | Метаболизм углеводов у гипертермофильных архей: новые подходы, ферменты и метаболические пути | 2018-2020 | Россия, Германия |
| 2 | Российский Фонд Фундаментальных Исследований и Немецкое научно-исследовательское общество (Deutsche Forschungsgemeinschaft) | ННИО_а | Exploring the diversity of pathways of autotrophic carbon assimilation in thermophilic prokaryotes | Изучение разнообразия путей автотрофной ассимиляции углерода у термофильных прокариот | 2020-2022 | Россия, Германия |
| 3 | Российский Фонд Фундаментальных Исследований и Лондонское королевское общество (Royal Society of London for Improving Natural Knowledge) | КО_а | Discovery of novel thermostable hydrolases from archaea of the Kuril-Kamchatka Region | Новые термостабильные гидролазы архей Курило-Камчатского региона | 2021-2022 | Россия, Великобритания |
Аспирантура
АСПИРАНТЫ
| № | ФИО | Год поступления | Тема диссертации | Руководитель |
| 1 | Гололобова Александра Вадимовна | 2022 | Новые ацетогенные прокариоты: таксономия, метаболизм, эволюция | Фролов Евгений Николаевич |
| 2 | Клюшин Георгий Сергеевич | 2023 | Роль экстремофильных электроактивных микроорганизмов в процессе биоминерализации железа | Гаврилов Сергей Николаевич |
| 3 | Пихтерева Валерия Александровна | 2024 | Особенности дыхательного метаболизма прокариот, трансформирующих минералы железа | Заварзина Дарья Георгиевна |
Диссертации
ДИССЕРТАЦИИ
| № | Диссертант | Диссертация | Тема работы | Научный руководитель/ консультант | Год защиты |
| 1 | Фролов Е.Н. | кандидатская | Сульфатредуцирующие прокариоты кислых термальных источников полуострова Камчатка | Черных Н.А. | 2017 |
| 2 | Заюлина К.С. | кандидатская | Гипертермофильные археи как источник новых термостабильных и термоактивных гликозидаз | Кубланов И.В. | 2022 |
| 3 | Ельченинов А.Г. | кандидатская | Метаболизм представителей филума Planctomycetes, обитающих в термальных экосистемах | Кубланов И.В. | 2022 |
| 4 | Заварзина Д.Г. | докторская | Трансформация минералов железа анаэробными бактериями содовых озёр | Бонч-Осмоловская Е.А. | 2023 |
Оборудование
ОБОРУДОВАНИЕ
| № | Название оборудования/ коллекции | Место нахождения |
| 1 | Хроматограф высокого давления с системой автоматического ввода образцов Agilent 1260 Infinity II | ИНМИ, комн. 208 |
| 2 | Хроматографическая система низкого давления AKTA start для разделения и очистки небольших количеств белков и коллектор фракций Frac30 | ИНМИ, комн. 207 |
| 3 | Ферментёр Labfors 4 (Швейцария, Infors HT) для культивирования строгих анаэробов и гипертермофилов, в том числе, с газовым питанием СО и Н2, с возможностью режима «редокс-стат», рабочие температуры до 90 C, рабочий объём до 2,5 л, возможно удалённое управление с ПО Eve Core | ИНМИ, комн. 207 |
| 4 | Ферментёр Applikon (Голландия) для культивирования строгих анаэробов и термофилов (рабочие температуры не выше 80 С), с возможностью каскадного культивирования в двух последовательно соединённых сосудах (рабочий объём каждого — 1 л) | ИНМИ, комн. 207 |
| 5 | Потенциостат/гальваностат 8-миканальный P-20X8 (Electrochemical Instruments, ФИЦ ПХФ и МХ, Черноголовка, Россия) и комплект лабораторных стеклянных ячеек для биоэлектрохимических исследований (объём 300 мл, Adams & Chittenden, Berkley, USA) | ИНМИ, комн. 207 |
| 6 | Бокс анаэробный с возможностью термостатирования до 50 С (культивирование умеренно термофильных анаэробов на чашках) и стерилизации рабочего объёма УФ, Microflow anaerobic system (Nunc GmbH, Германия) | ИНМИ, комн. 207 |
| 7 | Бокс микробиологический БМБ-II-«Ламинар-С» NEOTERIC, Lamsystems | ИНМИ, комн. 208 |
| 8 | Шкаф вытяжной «Ламинар-С»-1,5, Lamsystems | ИНМИ, комн. 208 |
| 9 | ПЦР-бокс, DNA/RNA UV-cleaner UVT-S, Biosan | ИНМИ, комн. 208 |
| 10 | Амплификатор StepOnePlus Real-Time PCR System, Applied Biosystems | ИНМИ, комн. 208 |
| 11 | Амплификатор T100 Thermal Cycler, Bio-Rad | ИНМИ, комн. 208 |
| 12 | Электропоратор Eporator®, Eppendorf | ИНМИ, комн. 208 |
| 13 | Флуориметр настольный Qubit 2.0 Invitrogen/Life Technologies USA | ИНМИ, комн. 208 |
| 14 | Термостатическая баня баня IKA IC basic | ИНМИ, комн. 207 |
| 15 | Световые микроскопы Olympus CX43, ZEISS Axio Scope A и Leica DM500 | ИНМИ, комн. 206 |
| 16 | Планшетный спектрофотометр SPECTROstar Nano (BMG LABTECH) | ИНМИ, комн. 207 |
| 17 | Установка для анаэробного приготовления среды, в том числе с газообразными субстратами | ИНМИ, комн. 206 |
| 18 | Термостаты Memmert и Binder | ИНМИ, комн. 206, 207 |
| 19 | Коллекция термофильных прокариот (собственные изоляты, в основном представляющие новые таксоны) | ИНМИ, комн. 206 |