Международная группа исследователей, в состав которой входят ученые ФИЦ Биотехнологии РАН, с помощью методов метагеномики обнаружила десятки тысяч новых видов организмов, которые нельзя культивировать в лабораторных условиях. Результаты самого масштабного на сегодняшний день метагеномного исследования природных экосистем представлены в журнале Nature Biotechnology.
В статье «A genomic catalog of Earth’s microbiomes» представлены результаты секвенирования более 10 тысяч метагеномов из различных экосистем, охватывающих все континенты Земли и океаны, включая микробиомы человека и животных, антропогенные экосистемы, почвы, реки и озера.
Ученые реконструировали тысячи геномов из метагенома — совокупности генов всех организмов в образце окружающей среды. Для этого они секвенировали выделенный и клонированный генетический материал. Из метагеномов было получено 52 515 геномов микроорганизмов, представляющих 12 556 новых видов-кандидатов, относящихся к 135 филумам бактерий и архей.
В составе коллектива ученых, представляющего международный консорциум IMG/M Data Consortium, проводивший данное исследование, сотрудники отдела молекулярной биологии микроорганизмов ФИЦ Биотехнологии РАН к.б.н. В.В. Кадников и д.б.н. Н.В. Равин.
Группой ученых ФИЦ Биотехнологии РАН и Лимнологического института Сибирского отделения РАН представлены данные метагеномного анализа донных осадков озера Байкал, полученные в рамках проекта Microbial Dark Matter (Phase II).
iИсточник: https://www.nature.com/articles/s41587-020-0718-6
Созданный общедоступный геномный «каталог» расширяет известное филогенетическое разнообразие бактерий и архей на 44%, он доступен для сравнительных геномных исследований и метаболического моделирования. Разработанный ресурс подчеркивает значимость геном-ориентированных подходов для характеристики некультивируемых микроорганизмов, влияющих на экосистемные процессы.
Посмотреть статью на сайте журнала: https://www.nature.com/articles/s41587-020-0718-6