Лаборатория выживаемости микроорганизмов | Федеральный исследовательский центр «Фундаментальные основы биотехнологии»

Николаев Юрий Александрович
Заведующий лабораторией
доктор биологических наук
ИНМИ, комн. 205

+7 (499) 135-12-29 доб. 706

Основное

ОПИСАНИЕ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ ЛАБОРАТОРИИ

Ключевые слова
цистоподобные покоящиеся клетки, клетки-персистеры, ауторегуляция роста и развития микроорганизмов, коммуникации между бактериями и эукариотами, биоплёнки, защитная роль матрикса биоплёнок, биоплёнки и деградация пластиков, биоплёнки кожных покровов человека, биоплёнки пищевых производств, микробная экология и микробная биогеохимия почв, почвенные микроорганизмы и парниковые газы, метанотрофы природных объектов, включая экстремофильные (гидротермы, северные моря и озера, тундровые почвы, осушенные торфяники, почвы черневой тайги, агропочвы), растительно-микробные взаимодействия, структурная и функциональная геномика симбиозов, биологически активные соединения микробного происхождения, формирование биогенных наночастиц металлов, оценка метаболической активности клеток по их способности восстанавливать катионы металлов, способы длительного хранения биопрепаратов, борьба с антибиотикорезистентностью

Исследования лаборатории направлены на изучение форм и механизмов устойчивости и адаптации к стрессовым воздействиям микроорганизмов природных и антропогенных систем и использование полученных закономерностей в биотехнологических разработках.

В состав лаборатории входят четыре группы:

ауторегуляции роста, развития и выживания микроорганизмов (руководитель — д.б.н. Эль-Регистан Г.И.)
микробных биоплёнок (руководитель — д.б.н. Плакунов В.К.)
экологии почвенных микроорганизмов (руководитель — к.б.н. Кравченко И.К.)
биогенных нанокристаллов (руководитель – д.б.н. Складнев Д.А.)

Направления исследований

Формы персистенции бактерий в природных объектах и организме хозяина
Фенотипическая гетерогенность микробных популяций как форма внутрипопуляционной изменчивости
Ультраструктурная организация анабиотических цистоподобных покоящихся клеток неспорообразующих бактерий в лабораторных и природных условиях
Роль факторов межклеточной коммуникации, алкилоксибензолов, в развитии устойчивости и сохранении жизнеспособности клеток в стрессовых условиях
Изучение механизмов взаимодействия микроорганизмов в составе моно- и мультивидовых биоплёнок, поиск анти- и пробиоплёночных агентов
Изучение состава и архитектуры внеклеточного полимерного матрикса моновидовых и мультивидовых микробных биоплёнок в связи с его функциями.
Механизмы взаимодействия мультивидовых биоплёнок микробиоты человека с гуморальными регуляторами организма — хозяина
Разработка методов управления ростом и использованием микробных биоплёнок для синтеза биологически активных соединений, ингибирования биокоррозии металлов и синтетических полимеров, ускорения деградации нано- и микропластиков, очистки природных сред (почвы и водоемов), в том числе от ксенобиотиков
Микробная экология и микробная биогеохимия почв природных и антропогенно-нарушенных экосистем
Состав и функционирование микробных комплексов, ассоциированных с растениями. Ризосферные бактерии как основа микробных биопрепаратов для экологически устойчивого земледелия
Микробное разнообразие в симбиотических системах лишайников, культивирование редких и «yet-uncultured» бактерий
Исследование коммуникации между бактериями и эукариотами;
Структурная и функциональная геномика симбиозов;
Регуляция персистенции и покоя клинически значимых бактерий и микроорганизмов-симбионтов.
Применение метода оценки метаболической активности микроорганизмов и эукариотных клеток тканей по способности образовывать нанобиокристаллы для экологии и медицины.

Основные методы исследований

Культивирование микроорганизмов различных физиологических групп на жидких и плотных средах, носителях биоценозов, в микрокосмах, оценка показателей роста и активности метаболизма.
Биохимические методы анализа клеточных компонентов и оценки ферментативной активности
Выделение чистых культур бактерий из природных объектов, характеристика и описание новых таксонов.
Анализ морфологии и ультраструктуры клеток микроорганизмов и биоплёнок методами световой и электронной (просвечивающей, сканирующей) микроскопии.
Молекулярно-биологические методы анализа культур (ПЦР-технологии рибосомальных и функциональных генов) и микробных сообществ (ПЦР-ДГГЭ, клонирование, FISH, NGS секвенирование)
Элементный микрорентгеновский анализ состава клеток и биогенных наночастиц металлов.
Исследование интенсивностей биохимических/микробных процессов in situ с применением радиоизотопов (в сотрудничестве)
Методы геномики метаболомики, транкриптомики и протеомики (в сотрудничестве)

Уникальные методы и подходы, разработанные в лаборатории:

получение и характеристики фенотипических диссоциантов бактерий
получение покоящихся форм неспорообразующих прокариот
методы перевода в культивируемое состояние «некультивируемых» клеток микробных сообществ экосистем и реактивации длительно хранящихся культур бактерий
методы регуляции ферментативной активности с применением химических шаперонов
выращивание биоплёнок на границах раздела фаз «жидкость-твёрдая поверхность» и «твёрдая поверхность-воздух» с применением специальных носителей
детекция биологических объектов по их способности формировать наночастицы металлов in situ из внесённых растворов солей
экспресс-оценка метаболической активности культур микроорганизмов и эукариотных клеток и тканей по их способности восстанавливать катионы металлов
применение для изучения биоплёнок атомно-силовой и лазерной конфокальной микроскопии, поверхностно-усиленного рамановского светорассеяние (SERS), ЯМР (при сотрудничестве).

Краткая история лаборатории
Лаборатория была создана в 1996 году как лаборатория классификации и хранения уникальных микроорганизмов. Организатором и первым руководителем лаборатории был член-корр. РАН В.Ф. Гальченко В составе лаборатории объединились исследовательская группа метанотрофии под руководством В.Ф. Гальченко, а также коллективы под руководством ведущих российских специалистов проф. Эль-Регистан Г.И (микробная ауторегуляция), проф. Кузнецова В.Д (актиномицеты) и проф. Никитина Д.И (олиготрофные бактерии, почвенная микробиология). В 2011 году лаборатория была переименована в лабораторию выживаемости микроорганизмов. С 2014 по 2018 гг. лабораторию возглавлял проф. Д.А. Складнев. С сентября 2018 г. лабораторию возглавляет д.б.н. Ю.А. Николаев. С 1 января 2019 года в лабораторию вошла группа проф. В.К. Плакунова, основным направлением работы которой является исследование микробных биоплёнок.

Достижения

ОСНОВНЫЕ ДОСТИЖЕНИЯ

Важнейшие результаты фундаментальных исследований:

Доказано существование у неспорообразующих бактерий анабиотических цистоподобных покоящихся клеток (ЦПК), обладающих длительным сохранением жизнеспособности, повышенной устойчивостью к повреждающим воздействиям, особенностями ультраструктурной организации и нестабильным генотипом. При прорастании ЦПК проявляется широкий спектр внутрипопуляционных фенотипических вариантов.
Доказана роль микробных ауторегуляторов в модификации структуры ферментных белков, модуляции их активности и расширения диапазона активного катализа, а также повышения стабильности ДНК, что приводит к адаптации микроорганизмов к изменяющимся условиям и повреждающим факторам среды.
Разработаны и апробированы новые методические приёмы обнаружения переживающих (покоящихся) форм, а также оценки биоразнообразия и физиологического состояния микроорганизмов в природных объектах на основе молекулярно-биологической диагностики и электронной микроскопии, в том числе – с использованием рентгеновского микроанализа.
Показано наличие клеток-персистеров у непатогенных бактерий, исследованы их свойства: расширено содержание понятия «персистер» на клеточные формы, устойчивые не только к антибиотикам, но и другим стрессорам (повышенная температура, рН и др.), доказана гетерогенность популяции персистеров.
Сформулирована и последовательно доказывается гипотеза о том, что персистеры являются предшественниками покоящихся форм.
Показана роль гуматов в индукции образования (повышении доли в популяции) клеток-персистеров и форм покоя.
Разработаны эффективные способы длительного хранения жизнеспособных микроорганизмов в виде биоплёнок на микрокапсулах и в составе гелей.
Обнаружено стимулирующее действие субингибиторных концентраций ряда широко применяемых антибиотиков (азитромицина, рифампицина, ванкомицина) на формирование биоплёнок сапротофными и условно патогенными бактериями, что осложняет химиотерапию инфекций.
Впервые установлено, что некоторые ауторегуляторные вещества (4-гексилрезорцин), а также традиционные лекарственные средства (сульфонамиды и салициланилиды) способны усиливать ингибиторное действие антибиотиков на микробные биоплёнки.
Обнаружены новые анти- и пробиоплёночные агенты, относящиеся к классам алкилрезорцинов (4-гексилрезорцин), салициланилидов (никлозамид), а также клиохинола, пипемидовой кислоты, азидотимидина, цефуроксима и тилоксапола.
Разработан метод выделения внеклеточного полимерного матрикса бактерий, что позволило изучить качественный и количественный состав биохимических компонентов, формирующих его архитектуру.
Установлена важная роль внеклеточного полимерного матрикса в обеспечивании устойчивости микробных биоплёнок к физико-химическим стрессорным условиям среды (тепловому, осмотическому, кислотному шоку) и биоцидам.
Изучены закономерности формирования и функционирования моновидовых и бинарных биоплёнок микробиоты кожи человека в различных физиологических условиях и под влиянием гормонов и косметических средств.
Изучены особенности формирования мультивидовых микробных биоплёнок на поверхности синтетических полимеров (в том числе микропластиков) и их роль в процессах биокоррозии.
Впервые проведены исследования процесса восстановления «метанового фильтра» почв бывших пахотных угодий Московской обл. в сукцессионном ряду различного возраста и состава растительности. Выявленные особенности состава почвенных метанотрофов предлагается использовать для агроэкологического мониторинга состояния почв.
Молекулярный анализ метанотрофов в почве лесного биоценоза выявил присутствие активных некультивируемых метанотрофов, которые, вероятно, отвечают за окислении метана атмосферы.
Впервые установлено влияние редкоземельного элемента лантана на активность и состав почвенных метанотрофных сообществ.
Проведены междисциплинарные исследования влияния температуры на микробную трансформацию органического вещества почв в лесных экосистемах.
С помощью современных подходов микробной экологии получены приоритетные данные о составе азотфиксирующих сообществ ризосферы, а также о воздействии на него однокомпонентных и комплексных бактериальных препаратов.
Впервые установлено, что ассоциативные азотфиксаторы рода Azosprillum, выделенные из почв торфяных болот, являются факультативными метилотрофами. Анализ геномов азоспирилл продемонстрировал высокую степень пластичности их метаболизма, обеспечивающую их развитие и функционирование в нетипичных местообитаниях.
Впервые проведены исследования метанотрофных сообществ северных регионов и Арктической зоны России, включая озера, моря и заболоченные почвы.
Сформирована коллекция изолятов метанокисляющих и азотфиксирующих культур из северных болот, морей и озер, а также термальных источников, лесных почв и др.
Открыт эффект специфичности бактериальных эндобионтов ряда лишайников: микробиомы лишайников, собранных в различных географических локусах, имеют сходный таксономический состав корового микробиома.
Выделены и валидированы новые роды и виды бактерий из лишайниковых симбиозов, в том числе способных к светозависимой фиксации углекислого газа.
Сформирована коллекция бактериальных, дрожжевых и грибных культур, ассоциированных с лишайниками и беспозвоночными, а также свободноживущих бактерий из переувлажненных местообитаний.
Оценены динамические параметры распространения тест-культур бактерий, дрожжей и вирусных частиц в природной среде криолитозоны (на примере участка в центральной Якутии).
Предложен подход (метод DBNG), позволяющий быстро обнаруживать микробную и вирусную контаминацию растворов, применимый также для оценки физиологического состояния клеток микроорганизмов и экспресс-диагностики злокачественных опухолей некоторых тканей человека.

Грантовая поддержка исследований в лаборатории:

РНФ (проект № 22-24-00418), 2022-2023 гг. «Влияние мультистрессовых воздействий на активность и состав почвенных метанотрофных сообществ», рук. Кравченко И.К.
РНФ Проект № 19-74-10071 «Исследование регуляторного воздействия факторов гуморальной регуляции на моновидовые и мультивидовые биоплёнки микроорганизмов-представителей микробиоты кожи человека. Рук. А.В. Ганнесен
Междисциплинарный проект РФФИ 18-29-05048 «Биологическая коррозия под воздействием структурированных микробных ассоциаций (мультивидовых биоплёнок) новых синтетических полимерных материалов, защищенных катионными биоцидами», рук.М.В.Журина.
«Междисциплинарный проект № 18-29-05009 Создание новых высокоэффективных биокомпозитных материалов на основе инкапсулирования стабилизированных форм углеводородокисляющих бактерий для ликвидации аварийных разливов нефти и очистки сточных вод», рук Ю.А.Николаев
РФФИ, 20-04-00126, 2020-2022 гг «Структура аэробного метанового фильтра в морях Российской Арктики», рук. Тихонова Е.Н.
РФФИ_ГФЕН, 19-54-53004, 2018-2020 гг «Влияние температуры на микробную трансформацию органического вещества почв в лесных экосистемах: сравнительный анализ метаболической активности, разнообразия генов и структуры микробных сообществ», рук. Кравченко И.К.
РФФИ, 18-34-00390 мол_а, 2018-2019 гг «Изучение метилотрофии как метаболической стратегии выживания бактерий рода Azospirillum в водонасыщенных местообитаниях», рук. Тихонова Е.Н.
РФФИ, 16-04-00136, 2016-2018 гг. «Структура и функционирование метанотрофных сообществ в почвах бывших сельхозугодий», рук. Кравченко И.К.
РФФИ, 19-04-00297, 2019-2021 гг. «Микробиомы лишайников как ранняя эволюционная модель симбиотических связей растения-бактерии: молекулярный и функциональный анализ», рук. Панкратов Т.А.

Кооперация и сотрудничество:
Лаборатория принимает участие в многочисленных исследовательских проектах совместно с отечественными научными организациями, включая:

Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова (биологический факультет, факультет биоинженерии и биоинформатики, химический факультет, факультет почвоведения)
Институт органической химии имени Н.Д. Зелинского РАН
Российский государственный университет нефти и газа имени И.М. Губкина
Институт биоорганической химии им. М.М. Шемякина и Ю.А. Овчинникова РАН
Институт нефтехимического синтеза имени А. В. Топчиева РАН
Сколковский институт науки и технологий
Институт биохимии и физиологии микроорганизмов им. Г.К. Скрябина РАН
Институт физико-химических и биологических проблем почвоведения РАН
Институт химической физики имени Н. Н. Семёнова РАН
Институт лесоведения РАН
Институт кристаллографии им. А.В. Шубникова РАН
Центральный научно-исследовательский институт эпидемиологии Роспотребнадзора РФ
Федеральный научный центр пищевых систем им. В.М. Горбатова РАН
Государственный научный центр прикладной микробиологии Роспотребнадзора РФ
ФГБУ «НМИЦ ГБ им. Гельмгольца» Минздрава России
Институт тонких химических технологий им. М.В. Ломоносова МИРЭА — Российского технологического университета
РХТУ им. Д.И. Менделеева
Институт радиотехники и электроники им. В.А. Котельникова РАН.

Сотрудники

СОСТАВ ЛАБОРАТОРИИ

№	ФИО	Ученая степень, звание	Должность	Место работы	Городской телефон	Внутренний телефон	E-mail
1	Николаев Юрий Александрович	д.б.н.	зав. лабораторией, г.н.с.	ИНМИ, комн. 205	(499) 135-12-29	711	nikolaevya@mail.ru
2	Галуза Олеся Александровна	-	м.н.с.	ИНМИ, комн. 205	(495) 135-12-29	706	olesya_galuza@mail.ru
3	Ганнесен Андрей Владиславович	к.б.н.	с.н.с.	ИНМИ, комн. 508	(499) 135-77-25	-	andrei.gannesen@gmail.com
4	Гогмачадзе Лиана Гуладиевна		м.н.с.
5	Демкина Елена Витальевна	к.б.н.	н.с.	ИНМИ, комн. 205	(499) 135-12-29	706	elenademkina@mail.ru
6	Дювенжи Екатерина Валерьевна	-	м.н.с.	ИНМИ, ком. 508	499-135-77-25		ekaterina.dyvenji@mail.ru
7	Журина Марина Владимировна	к.б.н.	с.н.с.	ИНМИ, комн. 508	(499) 135-77-25	-	mzhurik@gmail.com
8	Кравченко Ирина Константиновна	к.б.н.	в.н.с.	ИНМИ, комн. 515	(499) 135-75-73	-	irinakravchenko@inbox.ru
9	Логинова Надежда Александровна	-	м.н.с.	-	-	-	-
10	Мартьянов Сергей Владиславович	-	н.с.	ИНМИ, комн. 508	(499) 135-77-25	-	aegopodium102011@ gmail.com
11	Мосолова Анна Михайловна	-	м.н.с.	-	-	-	-
12	Панкратов Тимофей Анатольевич	к.б.н.	с.н.с.	ИНМИ, комн. 407	(499) 135-01-80	-	tpankratov@gmail.com
13	Плакунов Владимир Константинович	д.б.н., профессор	г.н.с.	ИНМИ, комн. 508	(499) 135-77-25	-	plakunov@inmi.ru
14	Синельников Алексей Владимирович		м.н.с.	ИНМИ
15	Складнев Дмитрий Анатольевич	д.б.н., профессор	г.н.с.	ИНМИ, комн. 407	(499) 135-01-80	-	skladda@gmail.com
16	Уланова Рузалия Владимировна	к.б.н.	н.с.	ИНМИ, комн. 407	(499) 135-01-80	-	colodovnicova@rambler.ru
17	Чеботаревский Артём Германович		м.н.с.	ИНМИ
18	Эль-Регистан Галина Ивановна	д.б.н., профессор	г.н.с.	ИНМИ, комн. 205	(499) 135-12-29	706	el-reg@yandex.ru

Разработки

ИННОВАЦИОННЫЕ РАЗРАБОТКИ

№	Статус	Наименование разработки	Дата	Где	Краткое описание
1	Планируется к внедрению	Способы получения биопрепаратов живых микроорганизмов с продленным сроком сохранения высокого титра жизнеспособных клеток путём иммобилизации в гели на основе силанольных производных гуминовых веществ или на поверхности биоразлагаемых микрокапсул	2023	Нефтедобывающие и природоохранные организации	Разработанные методы иммобилизации микроорганизмов (на примере углеводородокисляющих микроорганизмов) обеспечивают сохранение высокого титра жизнеспособных клеток (превышение над контролем до 3х порядков, в некоторых случаях сохранение исходного титра в течение 1 года) при улучшении технологических свойств биопрепаратов. Патент РФ 2757600 (2020). Патент РФ 2751360 (2021).
2	Планируется к внедрению	Способ создания комбинированных антимикробных химиопрепаратов на основе известных антибиотиков и адьювантов	2025	Учреждения здравоохранения и ветеринарии	Применение адьювантов на основе гексилерзорцина синергидно усиливает действие антибиотиков разных механизмов действия, что повышает эффективность антимикробной терапии и минимизирует (или полностью предотвращает) риск развития резистентности к применяемым антибиотикам.
3	Планируется к внедрению	Протокол экспресс-выявления нескольких типов опухолей придаточного аппарата глаза по способности таких клеток (в отличие от клеток здоровых тканей) быстро восстанавливать катионы серебра	2023	Учреждения здравоохранения	Поскольку уровень метаболизма раковых клеток выше, чем у нормальных клеток той же ткани, возможно экспресс-выявление опухолей по их способности за минуты восстанавливать катионы и формировать легко детектируемые наночастицы.
4	Планируется к внедрению	Метод детекции биологических объектов по их способности формировать наночастицы металлов in situ из внесённых растворов солей	2023	Экологический, биотехнологический и санитарный мониторинг	Биологические объекты способны восстанавливать катионы внесённых в исследуемые образцы растворов солей, что приводит к быстрому зарождению in situ и постепенному укрупнению биогенных наночастиц металлов путём их самосборки. Регистрируя размеры наночастиц можно быстро оценивать наличие биологических объектов-восстановителей в исследуемом образце даже на фоне химических восстановителей, присутствующих в полноценных ростовых средах.

Оборудование

ОБОРУДОВАНИЕ и ЛОКАЛЬНЫЕ КОЛЛЕКЦИИ

№	Название оборудования/ коллекции	Место нахождения
1	Эпифлуоресцентный микроскоп Axioplan 2 (Zeiss, ФРГ)	ИНМИ, комн.212
2	Высокопроизводительное культивирование	ИНМИ, комн. 508
3	3Д-принтер	ИНМИ, комн. 508
4	Комплект оборудования для молекулярных исследований культур и природных объектов, включая термошейкеры, ультрацентрифуги, ДНК-амплификаторы, приборы горизонтального и вертикального электрофореза, трансиллюминатор, система гель-документации	ИНМИ, комн. 516
5	Коллекция культур микроорганизмов (метанотрофы, азотфиксаторы) из почв, осадков морей и озер, ризосферы	ИНМИ, комн. 515
6	Коллекция культур бактерий, дрожжей и грибов, ассоциированных с лишайниками и мхами, культуры с гидролитическими гарактеристиками (хитинолитики, целлюлозолитики, агаролитики)	ИНМИ, комн. 407
7	Ротационный испаритель UL-2000E с комплектом стекла и ваккумным насосом KNF N 86 KT.18, аппарат Сокслета для экстракции	ИНМИ, комн. 205

РИД

РЕЗУЛЬТАТЫ ИНТЕЛЛЕКТУАЛЬНОЙ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ (патенты, полезные модели, базы данных, ноу-хау и пр.)

№	Регистрационный номер	Тип	Название	Авторы	Заявитель/ патентообладатель	Дата приоритета	Дата публикации
1	202113950	Заявка на изобретение	Нанобиотехнологический способ экспресс-диагно-стики злокачественных опухолей век и конъюнктивы	Саакян С.В. Алексеева А.П. Складнев Д.А. Сорокин В.В. Цыганков А.Ю. Безнос О.В.	ФИЦ Биотехнологии РАН Институт Гельмгольц	29 12 2021
2	2751360	Патент на изобретение РФ	Способ получения биопрепаратов живых микроорганизмов с продленным сроком сохранения высокого титра жизнеспособных клеток	Николаев Ю.А. Борзенков И.А. Близнец И.В. Лойко Н.Г. Демкина Е.В. Иванова А.Е. Канапацкий Т.А. Эль-Регистан Г.И.	ФИЦ Биотехнологии РАН	05.11.2020	13.08.2021
3	2757600	Патент на изобретение РФ	Способ получения биопрепаратов живых микроорганизмов с продленным сроком сохранения высокого титра жизнеспособных клеток путём иммобилизации в гели на основе силанольных производных гуминовых веществ	Николаев Ю.А. Борзенков И.А. Демкина Е.В. Лойко Н.Г. Канапацкий Т.А. Перминова И.В. Воликов А.Б. Хрептугова А.Н. Галуза О.А. Эль-Регистан Г.И.	ФИЦ Биотехнологии РАН	27.01.2021	19.10.2021
4	2717008	Патент на изобретение РФ	Пищевой функциональный концентрат для приготовления напитка и способ его получения	Эль-Регистан Г.И. Николаев Ю.А. Гернет М.В. Рындин А.А. Шаненко Е.Ф. Мухамеджанова Т.Г. Серых И.Н. Скородумов А.С. Сосурин В.С.	ФИЦ Биотехнологии РАН	17.04.2019	17.03.2020
5	2687375	Патент на изобретение РФ	Способ приготовления хлебобулочных изделий	Уланова Р.В. Кравченко И.К. Мотузко А.Н. Зайчик Б.Ц.	ФИЦ Биотехнологии РАН	18.04.2018	13.05.2019
6	2688458	Патент на изобретение РФ	Способ производства кондитерских мучных изделий	Уланова Р.В. Кравченко И.К. Мотузко А.Н. Зайчик Б.Ц.	ФИЦ Биотехнологии РАН	18.04.2018	21.05.2019
7	2687367	Патент на изобретение РФ	Способ производства мясных изделий	Уланова Р.В. Кравченко И.К. Мотузко А.Н. Пурмель И.В.	ФИЦ Биотехнологии РАН	18.04.2018	13.05.2019
8	2659236	Патент на изобретение РФ	Способ производства помадных конфет	Уланова Р.В. Кравченко И.К. Менько Е.В.	ФИЦ Биотехнологии РАН	29.01.2016	19.06.2018
9	2641960	Патент на изобретение РФ	Способ обнаружения микробной и вирусной контаминации растворов и биологических жидкостей	Складнев Д.А. Сорокин В.В. Кураков В.В.	авторы	18.12.2013	10.05.2016
10	2557407	Патент на изобретение РФ	Способ получения белка	Уланова Р.В. Кравченко И.К.	авторы	23.10.2013	24.06.2015
11	2557402	Патент на изобретение РФ	Способ получения заменителя молока	Уланова Р.В. Кравченко И.К. Горелова О.П. Николаева О.С.	авторы	23.10.2013	24.06.2015
12	2557404	Патент на изобретение РФ	Способ производства заменителя кисломолочного продукта	Уланова Р.В. Горелова О.П. Кравченко И.К. Николаева О.С.	авторы	23.10.2013	24.06.2015
13	2518246	Патент на изобретение РФ	Устройство для получения наноразмерных частиц металлов	Складнев Д.А. Сорокин В.В. Калёнов С.В. Гальченко В.Ф.	ФИЦ Биотехнологии РАН	23.08.2011	08.04.2014
14	2526936	Патент на изобретение РФ	Способ получения хитина	Уланова Р.В. Кравченко И.К.	авторы	27.11.2012	04.07.2014
15	2442327	Патент на изобретение РФ	Способ защиты материалов от микробного разрушения	Эль-Регистан Г.И. Николаев Ю.А. Калинин М.В. Гальченко В.Ф. Борзенков И.А. Козлова А.Н. Мулюкин А.Л. Гернет М.В. Шаненко Е.Ф. Воронина Н.А. Кочеткова А.А.	авторы	17.03.2009	20.02.2012
16	2441068	Патент на изобретение РФ	Способ направленного изменения активности ферментных белков	Эль-Регистан Г.И. Николаев Ю.А. Калинин М.В. Гальченко В.Ф. Гернет М.В. Шаненко Е.Ф. Лойко Н.Г. Дерябин Д.Г. Головлёва	авторы	11.03.2010	27.01.2012
17	2441069	Патент на изобретение РФ	Стабилизатор ферментных белков	Эль-Регистан Г.И. Николаев Ю.А. Калинин М.В. Гернет М.В. Шаненко Е.Ф. Лойко Н.Г.	авторы	11.03.2010	27.01.2012
18	2440096	Патент на изобретение РФ	Способ получения биологически активного компонента для средства, предназначенного для ухода за кожей и компонент, полученный этим способом	Николаев Ю.А. Эль-Регистан Г.И.	авторы	15.09.2009	20.01.2012
19	2430160	Патент на изобретение РФ	Способ иммобилизации ориентированных природных пурпурных мембран галобактерий на внутренней поверхности прозрачной пористой подложки трубчатой формы и формирование многослойных пакетов фоточувствительных биоструктур	Складнев Д.А.	автор	30 05 2008	27.09.2011
20	2400069	Патент на изобретение РФ	Способ защиты материалов от микробного разрушения	Эль-Регистан Г.И. Николаев Ю.А. Калинин М.В. Гальченко В.Ф. Борзенков И.А. Козлова А.Н. Мулюкин А.Л. Гернет М.В. Шаненко Е.Ф. Воронина Н.А. Кочеткова А.А. Шатилова Т.И.	авторы	11.06.2009	27.09.2010
21	92239	Патент на полезную модель	Атомно-силовой микроскоп с препаративным кантилевером	Складнев Д.А.	автор	05.06.2009	10.03.2010

Публикации

ЗНАЧИМЫЕ ПУБЛИКАЦИИ

По теме: Ауторегуляция роста, развития и выживания микроорганизмов

Шемякин И.Г., Манзенюк О.Ю., Эль-Регистан Г.И., Фирстова В.В., Комбарова Т.И., Гнеушева Т.Ю., Кязимов Э.И., Николаев Ю.А. Влияние 4-гексилрезорцина на эффективность антибиотикотерапии экспериментального сепсиса мышей, вызванного антибиотикоустойчивой Klebsiella pneumoniae // Бюллетень экспериментальной биологии и медицины. 2021. Т. 171. № 4. С. 469-472. https://doi.org/10.1007/s10517-021-05249-6.
Ю. А. Николаев, Н. Г. Лойко, Е. В. Дёмкина, И. А. Борзенков, Т. А. Канапацкий, Г. И. Эль-Регистан Высокоперсистерные штаммы углеводородокисляющих бактерий как основадля повышения количества жизнеспособных клеток при длительном хранении // Микробиология, 2021, Т. 90, № 6, С. 692-705. https://doi.org/10.31857/S0026365621060124
Yury Nikolaev, Igor Borzenkov, Elena Demkina, Natalia Loiko, Timur Kanapatsky, Irina Perminova, Alexander Volikov, Anna Khreptugova, Igor Bliznetc, Nadezhda Grigoreva, Galina El‑Registan. Immobilization of cells of hydrocarbon-oxidizing bacteria for petroleum bioremediation using new materials // International Journal of Environmental Research. Aug. 2021. https://doi.org/10.1007/s41742-021-00367-5.
Ю. А. Николаев, И. А. Борзенков, Е. В. Дёмкина, Н. Г. Лойко, Т. А. Канапацкий, И. В. Перминова, А. Н. Хрептугова, Н. В. Григорьева, И. В. Близнец, Н. А. Манучарова, В. В. Сорокин, М. А. Коваленко, Г. И. Эль-Регистан. Новые биокомпозитные материалы, включающие углеводородокисляющие микроорганизмы, и их потенциал для деградации нефтепродуктов // Микробиология, 2021, Т. 90, № 6, С. 692-705. https://doi.org/10.31857/S0026365621060112
Y. A. Nikolaev, A. V. Tutel’yan, N. G. Loiko, J. Buck, S. V. Sidorenko, I. Lazareva, V. Gostev, O. Y. Manzen’yuk, I. G. Shemyakin, R. A. Abramovich, J. Huwyler, G. I. El’-Registan The use of 4-Hexylresorcinol as antibiotic adjuvant // РLOS Published: September 22, 2020. https://doi.org/10.1371/journal.pone.023914
Николаев Ю.А., Панкратов Т.А., Ганнесен А.В., Колганова Т.В., Дёмкина Е.В., Сузина Н.Е., Эль-Регистан Г.И. Образование и свойства клеток-персистеров и покоящихся клеток бактерий, обитателей кожи человека Staphylococcus capitis и Staphylococcus epidermidis // Микробиология, Т. 4, № 4, 2020.
Soina V.S., Mulyukin A.L., Demkina E.V., Vorobyova E.A., El-Registan G.I. The structure of resting bacterial populations in soil and subsoil permafrost // Astrobiology, 2004, v.4 (3), p.348-358. https://doi.org/10.1089/ast.2004.4.345.
Anuchin A., Mulyukin A., Suzina N., Duda V., El-Registan G., Kaprelyants A. Dormant forms of Mycobacterium smegmatis with distinct morphology // Microbiology (UK). 2009, 155(4): 1071–1079. https://doi.org/10.1099/mic.0.023028-0)
El-Registan G.I., Mulyukin A.L., Nikolaev Yu.A., Stepanenko I.Yu., Kozlova A.N., Martirosova E.I., Shanenko E.F., Strakhovskaya M.G., Revina A.A. The role of microbial low-molecular-weight autoregulatory factors (alkylhydroxybenzenes) in resistance of microorganisms to radiation and heat shock // J. Adv. Space Res, 2005, 36(9): 1718-1728. https://doi.org/10.1016/j.asr.2005.02.070.

По теме: Микробные биоплёнки

Gannesen A.V., Schelkunov M.I., Geras’kina O.V., Makarova N.E., Sukhacheva M.V., Danilova N.D., … Plakunov V.K. Epinephrine affects gene expression levels and has a complex effect on biofilm formation in Micrococcus luteus strain C01 isolated from human skin //Biofilm. – 2021. – V. 3. – P. 100058.
Ovcharova M.A., Geraskina O.V., Danilova N.D., Botchkova E.A., Martyanov S.V., Feofanov A.V., … Gannesen A.V. Atrial natriuretic peptide affects skin commensal Staphylococcus epidermidis and Cutibacterium acnes dual-species biofilms //Microorganisms. – 2021. – V. 9. – №. 3. – P. 552.
Mart’yanov S.V., Botchkova E.A., Plakunov V.K., Gannesen A.V. The impact of norepinephrine on mono-species and dual-species Staphylococcal biofilms //Microorganisms. – 2021. – V. 9. – №. 4. – P. 820.
Плакунов В.К., Ганнесен А.В., Мартьянов С.В., Журина М.В. Биокоррозия синтетических пластмасс: механизмы деградации и способы защиты (обзор) // Микробиология. 2020. том 89, № 6, с. 631–645. https://doi.org/10.31857/S0026365620060142.
Teteneva N.A., Mart’yanov S.V., Esteban López M., Kahnt J., Glatter T., Netrusov A.I.,Plakunov V.K., Sourjik V. 2020. Multiple druginduced stress responses inhibit formation of Escherichia coli biofilms // Appl Environ Microbiol. 86:e01113-20. https://doi.org/10.1128/AEM.01113-20.
Плакунов В. К. , Журина М. В., Ганнесен А. В., Мартьянов С. В., Николаев Ю. А. Антибиоплёночные агенты: неоднозначность терминологии и стратегия поиска (Дискуссионная статья) // Микробиология. 2019. Т. 88. № 6. С. 705-709. https://doi.org/10.1134/S0026365619060144.
Andrei V. Gannesen, Olivier Lesouhaitier, Pierre-Jean Racine, Magalie Barreau, Alexander I. Netrusov, Vladimir K. Plakunov, Marc G. Feuilloley. Regulation of monospecies and mixed biofilms formation of skin Staphylococcus aureus and Cutibacterium acnes by human natriuretic peptides // Front. Microbiol. 2018. https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.02912.
Olivier Lesouhaitier, Thomas Clamens, Thibaut Rosay, Florie Desriac, Mélissande Louis, Sophie Rodrigues, Andrei Gannesen,Vladimir K. Plakunov, Emeline Bouffartigues, Ali Tahrioui, Alexis Bazire, Alain Dufour, Pierre Cornelis, Sylvie Chevalier, Marc G.J. Feuilloley. Review Article. Host Peptidic Hormones Affecting Bacterial Biofilm Formation and Virulence // J. Innate Immun. 2018. https://doi.org/10.1159/000493926
Gannesen A.V, Borrel V, Lefeuvre L, Netrusov A.I, Plakunov V.K, Feuilloley M.G.J. Effect of two cosmetic compounds on the growth, biofilm formation activity, and surface properties of acneic strains of Cutibacterium acnes and Staphylococcus aureus // MicrobiologyOpen. 2018. https://doi.org/10.1002/mbo3.659.
Плакунов В.К., Мартьянов С.В., Тетенева Н.А., Журина М.В. Управление формированием микробных биоплёнок: анти- и пробиоплёночные агенты (обзор) // Микробиология. 2017. Т.86. № 4. С. 402-420. DOI: 10.7868/S0026365617040127.
Zhurina M.V., Gannesen A.V., Zdorovenko E.L., Plakunov V.K. Composition and functions of the extracellular polymer matrix of bacterial biofilms (review) // Microbiology (only english version) 2014. V. 83. № 6. P. 713-722. https://doi.org/10.1134/S002626171406023X.
Плакунов В.К., Мартьянов С.В., Тетенева Н.А., Журина М.В. Универсальный метод количественной характеристики роста и метаболической активности микробных биоплёнок в статических моделях // Микробиология. 2016. Т.85. № 4. С. 484-489. https://doi.org/10.7868/S0026365616040157.
Zdorovenko E.L., Shashkov A.S., Zhurina M.V., Plakunov V.K., Knirel Y.A. Structure of the O-specific polysaccharides from planktonic and biofilm cultures of Pseudomonas chlororaphis 449 // Carbohydrate Research. 2015. V. 404. P. 93-97. https://doi.org/10.1016/j.carres.2014.10.020.
Плакунов В.К., Николаев Ю.А. Основы динамической биохимии (учебное пособие). Москва: Логос, 2010. 213 с. (Включена в список литературы, рекомендуемой для вступительных экзаменов в аспирантуру ФИЦ).
Николаев Ю.А., Плакунов В.К. Биоплёнка — «Город микробов» или аналог многоклеточного организма? // Микробиология. 2007. Т.76. № 2. С. 159-163.

По теме: Экология почвенных и озёрных микроорганизмов

Ekaterina N. Tikhonova, Denis S. Grouzdev, Alexander N. Avtukh, Irina K. Kravchenko. Methylocystis silviterrae sp. nov., a high-affinity methanotrophic bacterium isolated from the boreal forest soil // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2021. Vol. 71(12). https://doi.org/10.1099/ijsem.0.005166.
Ekaterina N. Tikhonova, Denis S. Grouzdev, Irina K. Kravchenko. .Xanthobacter oligotrophicus sp. nov., isolated from paper mill sewage // Int. J. Syst. Evol. Microbiol. 2021. Vol. 71. 004972.
Irina Kravchenko, Ekaterina Tikhonova, Vyacheslav M. Semenov. Temperature sensitivity of litter and soil organic matter decomposition: perspective of soil microbial community structure and function // In: Microbes in land use change management. Singh J.S. Tiwari S., Singh C., Singh A. K. (eds.). Elsevier, 2021. P. 1-43.
Hui Li, Shan Yang, Mikhail V. Semenov, Fei Yao, Ji Y, Rencang Bu, Ruiao Ma, Junjie Lin, Irina Kurganova, Xugao Wang, Ye Deng, Irina Kravchenko, Yong Jiang, Yakov Kuzyakov Temperature sensitivity of SOM decomposition is linked with a K-selected microbial community // Global Change Biology. 2021. V. 27(12). 2763–2779. https://doi.org/10.1111/gcb.15593.
Tikhonova E N., Kadnikov V.V., Rusanov I.I., BeletskyA.V., Zakharova E.E., Samylina O.S., Ravin N.V., Pimenov N.V. Methane-oxidizing activity and phylogenetic diversity of aerobic methanotrophs in the Laptev sea upper sediment horizons // Microbiology (Mikrobiologiya). 2021. Т. 90, №3, 314-323. https://doi.org/10.1134/S0026261721030127.
Ekaterina N. Tikhonova, Irina K. Kravchenko. Microbial communities in soils under natural reforestation // In: Microbial Services in Restoration Ecology. Editors J.S. Singh, S.R. Vimal, Elsevier, Chapter 15. 2020. P. 219-236.
Oshkin I.Yu., Belova S.E., Khokhlachev N.S., Semenova V.A., Chervyakova O.P., Chernushkin D.V., Tikhonova E.N., Mardanov A.V., Ravin N.V., Popov V.O., Pimenov N.V., Dedysh S.N. Molecular analysis of the microbial community developing in continuous culture of Methylococcus sp. Concept-8 on natural gas // Microbiology (Mikrobiologiya). 2020. Т. 89. №С. 556-565. https://doi.org/10.31857/S0026365620050171
Kravchenko I.K., Tikhonova E.N., Ulanova R.V., Menko E.V., Sukhacheva M.V. Effect of temperature on litter decomposition, soil microbial community structure and biomass in a mixed-wood forest in European Russia // Current Science. 2019. Vol. 116(5). P. 765-772. https://doi.org/10.18520/cs/v116/i5/765-772.
Ekaterina N. Tikhonova, Denis S. Grouzdev and Irina K. Kravchenko. Azospirillum palustre sp. nov., a methylotrophic nitrogen-fixing species isolated from raised bog // IJSEM. 2019. 69:2787–2793. https://doi.org/10.1099/ijsem.0.003560.
Denis S. Grouzdev, Ekaterina N. Tikhonova, Irina K. Kravchenko. Genome sequences of novel Azospirillum sp. strains B21 and Sh1, isolated from raised Sphagnum bogs, and type strains Azospirillum lipoferum 59b and Azospirillum oryzae COC8 // Microbiol Resour Announc. 2019. 8:e01174-19. https://doi.org/10.1128/MRA.01174-19.
Тихонова Е.Н., Менько Е. В., Уланова Р. В., Ли Х., Кравченко И. К. Влияние температуры на таксономическую структуру бактериальных сообществ почв при разложении лесного опада // Микробиология. 2019. Т.88, № 6. С.744-748. https://doi.org/10.1134/S0026261719060195.
Tikhonova, E.N., Kravchenko, I.K. Activity and diversity of aerobic methanotrophs in thermal springs of the Russian Far East // New and Future Developments in Microbial Biotechnology and Bioengineering: Microbial Biotechnology in Agro-environmental Sustainability. Chapter 1 Editors: J.S. Singh, D.P. Singh. Elsevier, 2019. P. 1-30. https://doi.org/10.1016/B978-0-444-64191-5.00001-8
Tikhonova, E.N., Menko, E.V., Kravchenko, I.K. Bacterial fertilizers for soybean plants: current status and future prospects // In New and Future Developments in Microbial Biotechnology and Bioengineering: Microbes in Soil, Crop and Environmental Sustainability. Chapter 1. Editors J.S. Singh. Elsevier, 2019, P. 1-20. https://doi.org/10.1016/B978-0-12-818258-1.00001-7.
Тихонова Е.Н., , Е.В. Менько, Р.В. Уланова, Х. Ли, И.К. Кравченко. Влияние температуры на таксономическую структуру бактериальных сообществ почв при разложении лесного опада // Микробиология. 2019. Т. 88, № 6. С. 744–748.
Менько Е.В., Е.Н. Тиxонова, P.В. Уланова, М.В. Cуxачева, Т.В. Кузнецова, C.Н. Удальцов, И.К. Кpавченко. Температурная чувствительность процессов начального этапа микробной деструкции древесного опада в лесной почве // Биофизика. 2018. Т. 63(5). С. 963–974. https://doi.org/10.1134/S0006302918050150.
I.K. Kravchenko, E.V. Menko, E.N. Tikhonova, M.V. Sukhacheva, T.V. Kuznetsova. Methane oxidation and biogeochemical parameters of gray forest soil as influences by follow-to-wood succession // Journal of Agriculture and Environment. 2018. V. 4(8). P. 1-6.
Denis S. Grouzdev, Ekaterina N. Tikhonova, Maria S. Krutkina, Irina K. Kravchenko. Genome sequence of methylotrophic Azospirillum sp. strain B2, isolated from a raised Sphagnum bog // Genome Announc. 2018. V. 6(23):6:e00492-18. https://doi.org/10.1128/genomeA.00492-18.
I.K. Kravchenko, E.V. Menko, E.N. Tikhonova, M.V. Sukhacheva, T.V. Kuznetsova Methane oxidation and biogeochemical parameters of gray forest soil as influences by follow-to-wood succession // Journal of Agriculture and Environment. 2018. V.4(8): P. 1-6. https://doi.org/10.23649/jae.2018.4.8.2.
Kravchenko Irina, Sukhacheva Marina. Methane oxidation and diversity of aerobic methanotrophs in forest and agricultural soddy-podzolic soils // Appl Soil Ecol. 2017. V. 119: 267-274. https://doi.org/10/1016/j.apsoil.2017.06.034.
Kravchenko I. Microbial oxidation of the atmospheric methane in natural and agricultural upland soils. In: .S. Singh, G. Seneviratne (Eds.) Agro-Environmental Sustainability Volume 2: Managing Environmental Pollution. Springer, 2017. P. 183-213 https://doi.org/10.1007/978-3-319-49727-3_10
Д.А. Складнев, А.Л. Мулюкин, С.Н. Филиппова, Е.Е. Куликов, М.А. Летарова, Е.А. Юзбашева, Э.А. Карнышева, А.В. Брушков, В.Ф. Гальченко. Моделирование процесса распространения клеток микроорганизмов и фаговых частиц из мест вытаивания мерзлотных слоев. Микробиология, 2016, том 85, № 5, с. 580–587.
Kalenov S.V., Baurina M.M., Skladnev D.A., Kuznetsov A.Y. High-effective cultivation of Halobacterium salinarum providing with bacteriorhodopsin production under controlled stres // Journal of Biotechnology. 2016. V.233. N10. P.211-218.
Kalenov S.V., Gordienko M.G., Murzina E.D., Poberezhniy D.Y., Baurin D.V., Suzina N.E., Morozov A.N., Yakubovich L.M., Belov A.A., Panfilov V.I., Yarovaya O.V., Il’in M.M., Sorokin V.V., Skladnev D.A. Halobacterium salinarum storage and rehydration after spray drying and optimization of the processes for preservation of carotenoids. // Extremophiles. 2018, V.22.N3. 511-523.
Tyupa D. V., Kalenov S. V., Baurina M. M., Kabanov O. V., Skladnev D. A., Kuznetsov A. Ye. Optimization of silver biosorption by fungi forming granules from aqueous solutions of silver nitrate. // Clean Technologies and Environmental Policy. 2017. V.19. N.1 P.53-62.
Anisimkin V.I., Kuznetsova I.E., Kolesov V.V., Sorokin V.V., Skladnev D.A., Caliendo C., Verona E. Detection of small amounts of yeasts, bacteria and phages particles as biological objects in agarose gel samples using uncoated plate acoustic wave sensor // Procedia Technology. 2017. N.27. 268-270.
Tyupa D.V., Kalenov S.V., Baurina M.M., Panfilov V.I., Kuznetsov A.Yе., Skladnev D.A. A facile method for formation of synthetic activated sludgegranules with high resistance to salts of toxic metals. // Journal of Chemical Technology and Biotechnology. 2016. V.91. N.2. P.532-538.

По теме: Микробиология лишайниковых симбиозов

Панкратов Т.А., Никитин П.А., Патутина Е.О. Анализ геномов двух бактериобионтов лишайников, Lichenibacterium ramalinae и Lichenibacterium minor: токсин-антитоксин системы и белки секреции // Микробиология, 2022, Т. 91, № 2.
Kachalkin A.V., Tomashevskaya M.A., Pankratov T.A. Teunia lichenophila, sp. nov. : Persoonia — Molecular Phylogeny and Evolution of Fungi, Volume 46, July 2021, pp. 313-528 (Fungal Planet description sheets: 1182–1283). https://doi.org/10.3767/persoonia.2021.46.11.
Kachalkin A.V., Tomashevskaya M.A., Pankratov T.A. Heterocephalacria septentrionalis, sp. nov.: Persoonia — Molecular Phylogeny and Evolution of Fungi, Volume 44, July 2020, pp. 291-473 (183 Fungal Planet XXX 2020. https://doi.org/10.3767/persoonia.2020.44.11.
Pankratov T.A., Grouzdev D.S., Patutina E.O., Kolganova T.V., Berestovskaya J.J., Ashikhmin A.A. Lichenicoccus roseus gen. nov., sp. nov., the first bacteriochlorophyll a-containing, psychrophilic and acidophilic Acetobacteraceae bacteriobiont of lichen Cladonia species // IJSEM, 2020. V. 70, p. 4591-4601. https://doi.org/10.1099/ijsem.0.004318
Pankratov, T.A., Grouzdev, D.S., Patutina, E.O., Kolganova, T.V., Suzina, N.E., Berestovskaya, J.J. Lichenibacterium ramalinae gen. nov, sp. nov., Lichenibacterium minor sp. nov., the first endophytic, beta-carotene producing bacterial representatives from lichen thalli and the proposal of the new family Lichenibacteriaceae within the order Rhizobiales // Antonie van Leeuwenhoek 113, 2020. Pp. 477–489. https://doi.org/10.1007%2Fs10482-019-01357-6.
Belova S.E., Ravin N.V, Pankratov T.A., Rakitin A.L., Ivanova A.A., Beletsky A.V., Mardanov A.V., Damsté J.S.S., Dedysh S.N. Hydrolytic capabilities as a key to environmental success: chitinolytic and cellulolytic acidobacteria from acidic sub-arctic soils and boreal peatlands // Frontiers in Microbiology, 2018. V. 9, AN 2775. P. 1-14. https://doi.org/10.3389/fmicb.2018.02775.
Панкратов Т.А. Бактериальные комплексы лишайников Хибин на примере Cladonia uncialis, C. portentosa, Alectoria ochroleuca, и Nephroma arcticum // Микробиология, 2018. Т. 87, № 1.
Панкратов Т.А., Качалкин А.В., Корчиков Е.C., Добровольская Т.Г. Микробные сообщества лишайников (обзор) // Микробиология. 2017. Т. 86, № 3, с. 265-283.

По теме: Биогенные нанокристаллы

Skladnev D.A., Vasilyeva L.V., Berestovskaya Yu.Yu., Kotsyurbenko O.R., Kalenov S.V., Sorokin V.V. (2020). Detection of microorganisms in low-temperature water environments by in situ generation of biogenic nanoparticles // Front.Astron.Space Sci. 2020. V7:59. https://doi.org/10.3389/fspas.2020.00059.
Sorokin V.V., Pshenichnikova A.B., Kalenov S.V., Kalenov N.A., Skladnev D.A. Comparison of the wild-type obligate methylotrophic bacterium Methylophilus quaylei and its isogenic streptomycin-resistant mutant via metal nanoparticle generation // Biological Trace Element Research. 2020. V. 193. P. 564–573. https://doi.org/10.1007/s12011-019-01740-4.
Mohamed, A.M.H.A., Sorokin, V.V., Skladnev, D.A. Shevlyagina N.V., Zhukhovitsky V.G., Pshenichnikova A.B. Biosynthesis of Silver Nanoparticles by Methylophilus quaylei, Characterization and Its Impact on Established Biofilms. BioNanoSci. 10(4), 885–898 (2020). https://doi.org/10.1007/s12668-020-00780-8
Gordienko M.G., Palchikova V.V., Kalenov S.V., Belov A.A., Lyasnikova V.N., Poberezhniy D.Y., Chibisova A.V., Sorokin V.V., Skladnev D.A. Antimicrobial activity of silver salt and silver nanoparticles in different forms against microorganisms of different taxonomic groups. Journal of Hazardous Materials, Available online 13 June 2019, 120754, https://doi.org/10.1016/j.jhazmat.2019.120754
Складнев Д.А., Сорокин В.В., Гальченко В.Ф. Формирование наночастиц серебра в водных пробах из антарктического озера Унтерзее // Микробиология. 2017. Т.86. №3. C.326-334.
Tyupa D. V., Kalenov S. V., Baurina M. M., Kabanov O. V., Skladnev D. A., Kuznetsov A. Ye. Optimization of silver biosorption by fungi forming granules from aqueous solutions of silver nitrate. Clean Techn. Environ. Policy, 2016 DOI 10.1007/s10098-016-1187-y
Tyupa D.V., Kalenov S.V., Skladnev D.A., Khokhlachev N.S., Baurina M.M., Kuznetsov A.Yе. Toxic influence of silver and uranium salts on activated sludge of wastewater treatment plants and synthetic activated sludge associates modeled on its pure cultures // Bioprocess and Biosystems Engineering. 2015. V.38. N.1. P.125-135.
Tyupa D.V., Kalenov S.V., Baurina M.M., Kuznetsov A.Ye., Sorokin V.V., Skladnev D.A. The most effective bio-producers of silver nanoparticles, and the types of the formed silver-particles as a possible approach for additional microbial identification. Industrial Microbiology & Biotechnology (JIMB). – 2014 (article online).

Международные проекты

МЕЖДУНАРОДНОЕ СОТРУДНИЧЕСТВО

№	Фонд/ программа	Акроним	Наименование проекта на английском языке	Наименование проекта на русском языке	Период проведения работ	Страны-участницы	Сайт проекта
1	РФФИ-ГФЕН № 18-54-53004		Effects of temperature on microbial transformation of soil organic matter in forest ecosystems: comparing metabolic activity, microbial genes diversity and community structure	Влияние температуры на микробную трансформацию органического вещества почв в лесных экосистемах: сравнительный анализ метаболической активности, разнообразия генов и структуры микробных сообществ	2018-2019	Россия, Китай	https://kias.rfbr.ru/
2	РФФИ-УКР_ф_а 13-04-90442			Филогенетическое разнообразие и активность микробных сообществ корневой зоны сои при формировании эффективных симбиотических систем	2013-2014	Россия, Украина	https://kias.rfbr.ru/
3	Tawani Foundation		International Schirmacher Oasis/Lake Untersee Tawani Foundation Antarctica Expeditions	Участие в Международных Антарктических экспедициях фонда Тавани по изучению оазиса Шимахера и озера Унтерзее	2011-2012	США, Россия
4	MENESR (Ministère de l’Éducation Nationale, de l’Enseignement Supérieur et de la Recherche)	ERCA- 2011	European Research Course on Atmospheres	Европейский исследовательский проект по изучению атмосферы	2011	Франция	http://erca-school.eu/
5	РФФИ-ГФЕН № 08-04-92218		Activity and diversity of methanotrophic bacteria in agricultural soils	Активность и разнообразие метанотрофных бактерий в сельскохозяйственных почвах	2009-2010	Россия, Китай	https://kias.rfbr.ru/
6	NATO Collaborative Linkage Grant. Project coordinator from partner country – Irina Kravchenko. Май 2003- май 2006	EST.GLG 979858	Mitigation of CH4 and N2О emission from irrigated rice fields	Уменьшение воздействия на природную среду эмиссии CH4 и N2О из рисовых почв	2003-2005	США, Бельгия, Россия

Лаборатория принимает участие в исследовательских проектах совместно с международными партнерами, включая:

Department of Systems and Synthetic Microbiology Max Plank Institute for Terrestrial Microbiology, Marburg (проф.В. Суржик)
Normandy University, Laboratory of Microbiology Signals and Microenvironment
University of Rouen Normandy, Evreux, France (проф. М. Фейоле)
Институт прикладной экологии Академии наук КНР, г. Шеньянг (Institute of Applied Ecology, Chinese Academy of Sciences), проф. Х. Ли
Гентский Университет, г. Гент, Бельгия (Ghent University), проф. О. Ван Климпут (O.Van Cleemput), проф. П. Букс (P. Boeckx)
Университет Жироны, Испания (Girona University), проф. Мария Гисперт (M. Gispert).

Диссертации

ЗАЩИЩЕННЫЕ ДИССЕРТАЦИИ

№	Диссертант	Диссертация	Тема работы	Научный руководитель/ консультант	Год защиты
1	Мартьянов С.В.	кандидатская	Возможности управления формированием и функционированием микробных биоплёнок на примере хемогетеротрофных бактерий из разных экотопов	Плакунов В.К.	2021
2	Ганнесен А.В.	кандидатская	Structure and composition of mono- and multispecies biofilms of cutaneous and environmental bacteria: effects of cosmetics and some other biologically active compounds	Плакунов В.К.	2019
3	Стрелкова Е.А.	кандидатская	Действие стрессовых факторов на бактериальные биоплёнки с дефектом структуры внеклеточного полимерного матрикса	Плакунов В.К.	2013
4	Тихонова Е.Н.	кандидатская	Метанотрофы источников кальдеры вулкана Узон, Камчатка	Гальченко В.Ф.	2013
5	Кряжевских Н.А.	кандидатская	Реактивация гетеротрофных бактерий микробных сообществ мерзлых подпочвенных отложений и погребенных почв	Эль-Регистан Г.И.	2013
6	Петровский А.С.	кандидатская	Структурная модификация ферментных белков для изменения эффективности катализируемых реакций	Эль-Регистан Г.И.	2012
7	Николаев Ю.А.	докторская	Ауторегуляция стрессового ответа микроорганизмов	Эль-Регистан Г.И.	2011
8	Мулюкин А.Л.	докторская	Покоящиеся формы неспорообразующих бактерий: свойства, разнообразие, диагностика	Эль-Регистан Г.И.	2010
9	Симон (Голод) Н. А.	кандидатская	Биотехнологические аспекты внутрипопуляционной вариабельности молочнокислых бактерий	Эль-Регистан Г.И.	2009
10	Журина М.В.	кандидатская	Взаимодействие нефтеокисляющих микроорганизмов с хемоорганотрофными бактериями-спутниками, неспособными к окислению углеводородов, в структурированных микробных сообществах (биоплёнках)	Плакунов В.К.	2009
11	Баринова Е.С.	кандидатская	Исследование структурно-функционального состояния бактерий в микробных сообществах методами электронной микроскопии	Гальченко В.Ф.	2008
12	Сорокин И.Д.	кандидатская	Диазотрофы содовых солончаков	Кравченко И.К.	2008
13	Шелемех О.В.	кандидатская	Ответные реакции микроорганизмов на одновременное воздействие нескольких стрессорных факторов: гипо- и гиперосмотических условий, гипоксии, неблагоприятных значений рН	Плакунов В.К.	2008
14	Мартиросова Е.И.	кандидатская	Изучение роли алкилоксибензолов в стабилизации и модуляции активности ферментных белков	Эль-Регистан Г.И.	2007

Услуги

КОНТРАКТНЫЕ УСЛУГИ (которые лаборатория готова оказать на хоздоговорной основе)

Определение антимикробных и стрессопротекторных свойств веществ.
Определение микробной обсеменённости природных и антропогенных материалов.
Создание новых антимикробных химиопрепаратов на основе алкилрезорцинов – аналогов природных микробных ауторегуляторов и антибиотиков
Молекулярный анализ микробных сообществ почв, ризосферы, филосферы сельскохозяйственных культур.
Детекция in situ живых клеток микроорганизмов на основе анализа биогенных наночастиц металлов для использования в медицине, при производстве фармпрепаратов, в бионанотехнологии и экологии.
Стабилизация целевых (от заказчика) биопрепаратов с целью продления жизнеспособности и улучшения их технологических свойств.
Изучение формирования микробных биоплёнок в различных условиях и воздействия на них физико-химических факторов и биоцидов.
Проверка различных соединений на анти- и пробиоплёночную активность.
Выделение биологически активных соединений из растительного и микробного сырья с использованием методов экстракции полярными и неполярными растворителями.
Выделение новых культур психроактивных продуцентов биологически активных соединений.

Награды

НАГРАДЫ, ПРЕМИИ, ОТЛИЧИЯ, БЛАГОДАРНОСТИ (за научную и научно-организационную деятельность)

№	Сотрудники	Вид премии/ награды	Наименование премии/ награды	Год присуждения
1	Плакунов Владимир Константинович	Правительственная награда	Медаль «За вклад в реализацию государственной политики в области научно-технического развития»	2021
2	Эль-Регистан Галина Ивановна	Правительственная награда	Медаль «За безупречный труд и отличие» III степени	2021
3	Демкина Елена Витальевна	Премия МАИК «Наука/Интерпериодика»	За цикл статей «Микробные сообщества палеопочв археологических памятников степей юга России»	2011
4	Плакунов Владимир Константинович	Правительственная награда	Заслуженный деятель науки Российской Федерации	2004