В четверг, 18 апреля 2019 года в 15-00 в Институте микробиологии им. С.Н. Виноградского ФИЦ Биотехнологии РАН состоится VIII чтение имени Сергея Николаевича Виноградского.
Докладчик
Щёголев Сергей Юрьевич
доктор химических наук, профессор
Институт биохимии и физиологии растений и микроорганизмов РАН
«АКТУАЛЬНЫЕ ПРОБЛЕМЫ, БИОИНФОРМАТИЧЕСКИЕ РЕСУРСЫ И ДОСТИЖЕНИЯ В ТАКСОНОМИЧЕСКИХ ИССЛЕДОВАНИЯХ ПРОКАРИОТОВ»
Положение дел в видовой идентификации прокариотов отличается сложностью в связи с известными ограничениями традиционных молекулярно-филогенетических методов в парадигме «один ген–один маркер» (16S рРНК, ITS1 и т.п.), а также трудно учитываемыми эффектами горизонтального переноса генов, широко распространенного среди бактерий и архей.
В докладе констатируется, что современные технологии с использованием филогенетических маркеров из базовой (наследуемой) части пангенома, в том числе основанные на результатах полногеномного секвенирования ДНК (ANI, AAI, GGDC, MLSA, GTDB), не отражают в полной мере эволюционную историю микроорганизмов, что зачастую приводит к противоречиям с результатами на основе полифазного подхода. В качестве примеров достижений в таксономических исследованиях прокариот представлены основные характеристики веб-ресурсов, реализующих методы ANI, AAI, GGDC и GTDB (а также проекта Микробиом Земли – EMP), анонсированные в ряде публикаций в ведущих мировых изданиях 2017‒2018 гг. Обращается внимание на то, что в рамках наиболее развитой в количественном отношении технологии GTDB (более 120 тысяч принятых для рассмотрения геномов) для устранения противоречий в полифилетических группах и нормализации таксонов выявлена необходимость внесения существенных классификационных изменений, затрагивающих 58% проанализированных объектов.
Актуальность такой переклассификации проиллюстрирована автором на примере бактерий рода Azospirillum с применением тестов ANI, AAI и GGDC, предоставляющих (в отличие от MLSA и GTDB) количественные критерии для отнесения микробиологических объектов к конкретным таксономическим рангам (видам, подвидам, родам, семействам).
ЩЁГОЛЕВ СЕРГЕЙ ЮРЬЕВИЧ ‒ доктор химических наук, профессор, зав. лабораторией иммунохимии Института биохимии и физиологии растений и микроорганизмов Российской академии наук (ИБФРМ РАН). С 2008 по 2017 гг. ‒ директор Института. Автор и соавтор более 400 публикаций, 10-ти авторских свидетельств и патентов, 4-х монографий, 10-ти учебно-методических работ. Ведущий специалист в области физиологии и биохимии растений и микроорганизмов, иммунохимии, биоинформатики, нанотехнологий, в т.ч. получения биоспецифических маркеров – коньюгатов золотых наночастиц с разнообразными биоспецифическими молекулами-зондами. С.Ю. Щёголев награжден медалью ордена «За заслуги перед Отечеством» II степени.
Приглашаются все желающие!
Адрес проведения мероприятия:
Москва, Проспект 60-летия Октября, д. 7, корп. 2, ИНМИ РАН