ЦКП «Биоинженерия»

Основное

ОПИСАНИЕ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ ЦКП «БИОИНЖЕНЕРИЯ»

Центр коллективного пользования «Биоинженерия» организован в 2003 году, как структурное подразделение Центра «Биоинженерия» РАН. В настоящее время ЦКП функционирует на базе ФИЦ Биотехнологии РАН.

Основная задача ЦКП «Биоинженерия» — обеспечение современным научным оборудованием исследований  в области высокопроизводительной геномики, молекулярной диагностики и биоинженерии: секвенирование геномной ДНК, ПЦР-фрагментов, молекулярно-экологический анализ природных и антропогенных сообществ прокариот на основе филогенетического анализа последовательностей 16S рРНК, а также генов, кодирующих разнообразные функциональные гены бактерий и архей (cbbL, nifH, pufLM, fmoA и т.п.), разработка ПЦР-маркеров для идентификации различных генетических мишеней, в том числе ГМО.

ЦКП оснащен комплексом современного высокопроизводительного уникального научного оборудования – блоком автоматических секвенаторов ДНК (капиллярные ABI3100-3730, пиросеквенатор Roche 454 FLX, полупроводниковый IonTorrent), амплификаторами ДНК, масс-спектрометром, атомно-силовым микроскопом. Методы секвенирования обеспечены метрологической поддержкой. На оборудовании ЦКП выполнены проекты по секвенированию XII хромосомы картофеля, 12 геномов бактерий и архей, диатомовой водоросли и митохондриального генома возбудителя описторхоза Opistorchis felineus. АЦКП «Биоинженерия» предоставляет возможность проведения исследований на имеющемся уникальном оборудовании внешним организациям. За время существования в ЦКП его услугами воспользовались более чем 100 организаций России, стран СНГ и зарубежья.

Спектр предлагаемых услуг ЦКП включает:

  • секвенирование ДНК, полногеномное секвенирование;
  • определение таксономического статуса неизвестного микроорганизма на основе филогенетического анализа 16S рРНК;
  • анализ видового разнообразия микробных и архейных сообществ;
  • исследование аллельного полиморфизма локусов геномной ДНК;
  • разработка методов идентификации заданных генетических мишеней;
  • стажировка специалистов из других научных учреждений.

Направления научных исследований:

  • высокопроизводительная геномика, секвенирование геномной ДНК и ПЦР-фрагментов;
  • молекулярно-экологический анализ природных и антропогенных сообществ прокариот на основе филогенетического анализа последовательностей 16S рРНК, а также генов, кодирующих разнообразные функциональные гены бактерий и архей (cbbL, nifH, pufLM, fmoA и т.п.);
  • разработка ПЦР-маркеров для идентификации различных генетических мишеней;
  • поиск и описание новых видов аноксигенных нитчатых фототрофных бактерий (АНФБ), секвенирование и анализ их геномов, реконструкция эволюции АНФБ на ранних этапах развития жизни на Земле;
  • в сотрудничестве с Институтом Питания — разработка и валидирование методов идентификации и количественного анализа ГМО в продуктах питания.

Высококвалифицированные специалисты с большим опытом работы окажут помощь в проведении исследований, обучении новым методикам. Все работы осуществляются на высокоточном современном научном оборудовании с применением новейших методик и качественных расходных материалов.

ЦКП «Биоинженерия» на сайте «Современная исследовательская инфраструктура Российской Федерации» — http://ckp-rf.ru/ckp/2933/?sphrase_id=3505281


Контакты:

117312 Россия, Москва,
пр-т 60-летия Октября д.7, корп.1
Telefone +7 499 135 12 40
Fax +7 499 135 05 71
Envel ackp@biengi.ac.ru

Документы

Оборудование

ОБОРУДОВАНИЕ ЦКП «БИОИНЖЕНЕРИЯ»

Наименование Страна Фирма-изготовитель Марка Год
1 Автоматический капиллярный секвенатор ДНК ABI 3730 (Applied Biosystems) Соединённые Штаты Америки Applied Biosystems Inc ABI 3730 2006
2 Система анализа последовательностей молекул ДНК IonTorrent (Illumina) Соединённые Штаты Америки Illumina Inc. IonTorrent 2012
3 Масс-спектрометр Ultraflex III MALDI-TOF/TOF (Bruker) Германия Bruker Corporation Ultraflex III 2015
4 Фрагментатор ДНК Hydroshear (Genomic Solutions Inc.) Соединённые Штаты Америки Genomic Solutions Inc. Hydroshear 2007
5 Пиросеквенатор ДНК 454 GS FLX (Roche) Швейцария Roche 454 GS FLX 2006
6 Счетчик частиц Z1 (Beckman) Соединённые Штаты Америки Beckman Coulter Z1 2007
7 Система для проведения пульс-электрофореза ДНК CHEF DR III Chiller (BioRad) Соединённые Штаты Америки BioRad CHEF DR III Chiller 2007
8 Генетический анализатор 4300 (Li-Cor) Соединённые Штаты Америки Li-Cor 4300 2007
9 Система сбора данных BioDocAnalyser II (Biometra) Германия Biometra BioDocAnalyser II 2003
10 Компьютерный кластер Россия 2003
11 Генетический анализатор AVANT 3100 (ABI) Соединённые Штаты Америки ABI AVANT 3100 2002
12 Система подготовки нуклеиновых кислот ABI PRISM 6100 Соединённые Штаты Америки ABI ABI PRISM 6100 2004
13 ДНК амплификатор в комплекте 350 (Parallab) Швейцария Parallab 350 2006
14 Робот для раскапывания реакционных смесей Biomek 2 (Bekmann Coultier) Германия Bekmann Coultier Biomek 2 2006
15 Лабораторная установка повышенной степени чистоты Россия 2003
16 Лаборатория для исследования физических свойств объектов со сверхвысоким разрешением Интегра Прима (НТ-МДТ) Россия НТ-МДТ Интегра Прима 2010
17 Анализатор однонуклеотидных полиморфизмов ДНК Illumina5 Соединённые Штаты Америки Illumina Illumina5 2006
18 ДНК-амплификатор Tetrad (MJR) Соединённые Штаты Америки MJR Tetrad 2006

 

Методики

ПЕРЕЧЕНЬ МЕТОДИК, ИСПОЛЬЗУЕМЫХ ЦКП «БИОИНЖЕНЕРИЯ»

Наименование методики Наименование организации, аттестовавшей методику Дата аттестации
1 Методика секвенирования ПЦР-фрагмента ДНК ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям 03.10.2011
2 Методика секвенирования клональной вставки ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям 03.10.2011
3 Методика секвенирования геномной ДНК исследуемого организма ФГУП ВНИИМС Федерального Агентства по метрологии и измерениям 03.10.2011
4 Методика определения содержания трансгенной кукурузы Т25 в продуктах питания ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека 05.02.2006
5 Методика определения содержания трансгенной кукурузы MON801 в продуктах питания ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека 05.02.2006
6 Методика определения содержания трансгенной кукурузы GA21 в продуктах питания ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека 05.02.2006
7 Методика определения содержания трансгенной кукурузы NK603 в продуктах питания ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека 05.02.2006
8 Методика определения содержания трансгенной сои RR40-3-2 в продуктах питания ФГУЗ «Федеральный центр гигиены и эпидемиологии «Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителей и благополучия человека 05.02.2006

Услуги

УСЛУГИ, ПРЕДОСТАВЛЯЕМЫЕ ЦКП «БИОИНЖЕНЕРИЯ»

Наименование Приоритетное направление Описание услуги
1 Определение видового состава микробного сообщества на основании сравнения последовательностей генов, кодирующих 16S рРНК Рациональное природопользование 1. Выделяем тотальную ДНК микробного сообщества.
2. Получаем ПЦР-фрагменты генов, кодирующих 16S рРНК (эубактерии, археи). Возможно получение ПЦР-амплификата, специфичного для заданных функциональных генов (RuBisCo, nifH, pmoA, другие гены). Размер амплификата зависит от варианта исследования.
3. Получаем клональную библиотеку ПЦР-фрагментов. Как правило, используются полноразмерные амплификаты, к примеру, для 16S рРНК — около 1450 нуклеотидов.
4. Вариант 1.2. Секвенируем заданное число клонов — 25 для сообщества из 2-3 видов, 50 — для 4-7 видов, 100 — для 15-20 видов. На этом этапе получаем частичные последовательности клонированных ПЦР-фрагментов (около 600-700 нуклеотидов)
5. Идентифицируем полученные последовательности — BLAST 6. Для заданных клонов определяем полноразмерную последовательность.
Размер амплификата — около 450 нуклеотидов.
7. Секвенируем ПЦР-фрагменты c помощью NGS. По заказу на 1 сообщество модно получить от 10 до 100 тысяч последовательностей.
8. Анализируем полученные последовательности, разбиваем на группы, определяем наиболее близкие, из известных, виды.
9. Формируем отчет.
2 Филогенетический анализ видовой принадлежности эукариотического организма Рациональное природопользование 1. Проводим выделение ДНК из исследуемого организма.
2. Получаем ПЦР-копию генов 18S рРНК (ядерный геном), COI (митохондриальный геном), других маркеров по запросу.
3. Секвенируем полученные ПЦР-фрагменты, определяем ближайшие последовательности из имеющихся в базах данных (BLAST-анализ)
4. По запросу заказчика строим филогенетические деревья, показывающие таксономическое положение исследованного микроорганизма.
5. По запросу заказчика депонируем полученную последовательность в базу данных GenBank.
6. По запросу заказчика формируем филогенетическое описание в публикацию.
3 Определение видовой принадлежности прокариотического организма на основе сравнения последовательностей 16S рРНК Рациональное природопользование 1. Проводим выделение ДНК из исследуемого организма.
2. С использованием праймеров, специфичных для 16S рРНК эубактерий или архей, амплифицируем полноразмерный ПЦР-фрагмент гена, кодирующего 16S рРНК.
3. Секвенируем полученный ПЦР-фрагмент, сравниваем полученную последовательность с последовательностями генов 16S рРНК из баз данных, определяем ближайшие виды
4. По запросу заказчика строим филогенетические деревья, показывающие таксономическое положение исследованного микроорганизма.
5. По запросу заказчика депонируем полученную последовательность в базу данных GenBank.
6. По запросу заказчика формируем филогенетическое описание в публикацию.
 4 Секвенирование фрагмента ДНК Науки о жизни Секвенирование ПЦР-фрагмента ДНК, рестрикционного фрагмента ДНК, клонированного фрагмента ДНК в составе вектора