Группа редактирования геномов микроорганизмов

Гончаренко Анна Владимировна
Руководитель группы
кандидат биологических наук
ИНБИ, корп.2, комн. 207
Telefone+7 (495) 954-40-47 доб. 138
E-Mail pylaevanna@gmail.com

Основное

ОПИСАНИЕ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ ГРУППЫ

Ключевые слова
редактирование геномов, CRISPR/Cas системы, гомологичная рекомбинация, NHEJ репарация, микобактерии, латентный туберкулез, персистенция, токсин-антитоксиновые локусы, БЦЖ, живые рекомбинантные вакцины

Направления исследований

  • CRISPR/Cas для редактирования геномов микобактерий
  • CRISPR/Cas интерференция
  • Токсин-антитоксиновые системы микобактерий как регуляторы персистообразования и перехода микобактерий в состояние метаболического покоя
  • Создание рекомбинантных штаммов БЦЖ с улучшенными протективными свойствами

Основные методы исследований

Молекулярное клонирование, получение генных нокаутов методом аллельного обмена, CRISPR-редактирование бактериальных геномов, создание штаммов, гиперэкспрессирующих целевые гены, и конструкций для гетерологичной экспрессии рекомбинантных белков, сайт-направленный мутагенез, Нозерн и Вестерн-блоттинг, Primer extension analysis,  количественная ПЦР в режиме реального времени, микробиологические методы исследования рекомбинантных штаммов бактерий.

Краткая история
Группа создана в марте 2019 года при реорганизации лаборатории Биохимии стрессов микроорганизмов. Входит в Отдел медицинской микробиологии ФИЦ Биотехнологии РАН.

Сотрудники

СОСТАВ ГРУППЫ

ФИО Ученая степень, звание Должность Место работы Городской телефон Внутренний телефон E-mail
1Гончаренко
Анна Владимировна
к.б.н.руководитель группы, с.н.с.ИНБИ, корп. 2, комн. 207(495) 954-40-47138pylaevanna@gmail.com
2Армянинова
Дарья Константиновна
-м.н.с.ИНБИ, корп. 2, комн. 207(495) 954-40-47138dasha.arm@yandex.ru
3Замахаев
Михаил Владимирович
-м.н.с.ИНБИ, корп. 2, комн. 207(495) 954-40-47138cellobioside@gmail.com
4Надолинская
Нонна Игоревна
-м.н.с.ИНБИ, корп. 2, комн. 207(495) 954-40-47138nioriss@gmail.com
5Шумков
Михаил Сергеевич
к.б.н.н.с.ИНБИ, корп. 2, комн. 207(495) 954-40-47138shumkovm@gmail.com

 

Публикации

ЗНАЧИМЫЕ ПУБЛИКАЦИИ

Значимые публикации, связанные с направлением исследования группы:

1.     Margarita Shleeva, Tatyana Kondratieva, Galina Demina, Elvira Rubakova, Anna Goncharenko, Alexander Apt, Arseny Kaprelyants. Overexpression of Adenylyl Cyclase Encoded by the Mycobacterium tuberculosis Rv2212 Gene Confers Improved Fitness, Accelerated Recovery from Dormancy and Enhanced Virulence in Mice, FRONTIERS IN CELLULAR AND INFECTION MICROBIOLOGY, 2017, v 7

2.     Alexander G. Tkachenko, Natalya M. Kashevarova, Elena A. Tyuleneva, Mikhail S. Shumkov; Stationary-phase genes upregulated by polyamines are responsible for the formation of Escherichia coli persister cells tolerant to netilmicin. // FEMS Microbiol Lett, 2017

3.      Soluble expression and easy purification of human bone morphogenetic protein-2, Goncharenko A., Prilipov A., Sadykova G., Moisenovich M., Kirpichnikov M. The FEBS Journal, vol. 284 (Suppl. 1), p. 360, 2017/

4.     M. Zamakhaev, J. Bespyatykh, A. Goncharenko, M. Shumkov, “How to turn it off? Role of VapC toxin in mycobacteria dormant state formation”, The FEBS Journal, vol. 284 (Suppl. 1), p. 360, 2017.

5.     Toxin-antitoxin vapBC locus participates in formation of the dormant state in Mycobacterium smegmatis. Demidenok OI, Kaprelyants AS, Goncharenko AV. FEMS Microbiol Lett. 2014 Jan 13.

6.     Cyclic amp-dependent resuscitation of dormant mycobacteria by exogenous free Fatty acids. Shleeva M, Goncharenko A, Kudykina Y, Young D, Young M, Kaprelyants A. PLoS One. 2013 Dec 23;8(12)

7.     Anuchin AM, Goncharenko AV, Demina GR, Mulyukin AL, Ostrovsky DN, Kaprelyants AS. The role of histone-like protein, Hlp, in Mycobacterium smegmatis dormancy. FEMS Microbiol Lett. 2010 Jul;308(2):101-7

8.     Koltunov V, Greenblatt CL, Goncharenko AV, Demina GR, Klein BY, Young M, Kaprelyants AS. Structural changes and cellular localization of resuscitation-promoting factor in environmental isolates of Micrococcus luteus. Microb Ecol. 2010 Feb;59(2):296-310.