Группа редактирования геномов микроорганизмов

Гончаренко Анна Владимировна
Руководитель группы
кандидат биологических наук
ИНБИ, корп. 3, комн. 10
Telefone+7 (495) 660-34-30 доб. 117
E-Mail pylaevanna@gmail.com

Основное

ОПИСАНИЕ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ ГРУППЫ

Ключевые слова
редактирование геномов, CRISPR/Cas системы, гомологичная рекомбинация, NHEJ репарация, микобактерии, латентный туберкулез, персистенция, токсин-антитоксиновые локусы, БЦЖ, живые рекомбинантные вакцины

Направления исследований

  • CRISPR/Cas для редактирования геномов микобактерий
  • CRISPR/Cas интерференция
  • Токсин-антитоксиновые системы микобактерий как регуляторы персистообразования и перехода микобактерий в состояние метаболического покоя
  • Создание рекомбинантных штаммов БЦЖ с улучшенными протективными свойствами

Основные методы исследований

Молекулярное клонирование, получение генных нокаутов методом аллельного обмена, CRISPR-редактирование бактериальных геномов, создание штаммов, гиперэкспрессирующих целевые гены, и конструкций для гетерологичной экспрессии рекомбинантных белков, сайт-направленный мутагенез, Нозерн и Вестерн-блоттинг, Primer extension analysis,  количественная ПЦР в режиме реального времени, микробиологические методы исследования рекомбинантных штаммов бактерий.

Краткая история
Группа создана в марте 2019 года при реорганизации лаборатории биохимии стрессов микроорганизмов. Входит в Отдел медицинской микробиологии ФИЦ Биотехнологии РАН.

Сотрудники

СОСТАВ ГРУППЫ

№ ФИО Ученая степень, звание Должность Место работы Городской телефон Внутренний телефон E-mail
1Гончаренко
Анна Владимировна		к.б.н.руководитель группы, с.н.с.ИНБИ, корп. 3, комн. 10(495) 660-34-30117pylaevanna@gmail.com
2Армянинова
Дарья Константиновна		-м.н.с.ИНБИ, корп. 3, комн. 8(495) 660-34-30460dasha.arm@yandex.ru
3Замахаев
Михаил Владимирович		-м.н.с.ИНБИ, корп. 3, комн. 8(495) 660-34-30460cellobioside@gmail.com
4Котлярова
Мария Сергеевна		к.б.н.н.с.ИНБИ, корп. 3, комн. 8(495) 660-34-30460kotlyarova.ms@gmail.com
5Надолинская
Нонна Игоревна		-м.н.с.ИНБИ, корп. 3, комн. 8(495) 660-34-30460nioriss@gmail.com
6Шумков
Михаил Сергеевич		к.б.н.с.н.с.ИНБИ, корп. 3, комн. 8(495) 660-34-30460shumkovm@gmail.com
7Шумкова
Екатерина Сергеевна		к.б.н.н.с.ИНБИ, корп. 2, комн. 207(495) 954-40-47138ekaterinash80@mail.ru

 

Публикации

ЗНАЧИМЫЕ ПУБЛИКАЦИИ

 

  1. Akhova A., Nesterova L., Shumkov M., Tkachenko A. Cadaverine biosynthesis contributes to decreased Escherichia coli susceptibility to antibiotics // Research in Microbiology. 2021; 172(7-8): 103881. DOI: 10.1016/j.resmic.2021.103881.
  2. Трутнева К. А., Авдиенко В. Г., Дёмина Г. Р. Шлеева М. О., Шумков М. С., Салина Е. Г., Капрельянц А. С. Иммунодоминантные белки покоящихся форм Mycobacterium tuberculosis // Прикладная биохимия и микробиология. 2021; 57(2): 127-137. DOI: 10.31857/S0555109921020173.
  3. Надолинская Н. И., Замахаев М. В., Шумков М. С., Армянинова Д. К., Карпов Д. С., Гончаренко А. В. CRISPR-интерференция аденилатциклазы Mycobacterium tuberculosis // Прикладная биохимия и микробиология. 2021; 57(4): 326-331. DOI: 10.31857/S0555109921040127.
  4. Karpov D. S., Goncharenko A. V., Usachev E. V., Vasina D. V., Divisenko E. V., Chalenko Y. M., Pochtovyi A. A., Ovchinnikov R. S., Makarov V. V., Yudin S. M., Tkachuk A. P., Gushchin V. A. A Strategy for the Rapid Development of a Safe Vibrio cholerae Candidate Vaccine Strain // International journal of molecular sciences. 2021; 22(21): 11657. DOI: 10.3390/ijms222111657.
  5. Карпов Д. С., Домашин А. И., Котлов М. И., Осипова П. Д., Киселева С. В., Серегина Т. А., Гончаренко А. В., Миронов А. С., Карпов В. Л., Поддубко С. В. Биотехнологический потенциал штамма Bacillus subtilis 20 // Молекулярная биология. 2020; 54(1): 137-145. DOI: 10.31857/S0026898420010085.
  6. Надолинская Н. И., Карпов Д. С., Гончаренко А. В. Вакцины против туберкулёза: проблемы и перспективы (обзор) // Прикладная биохимия и микробиология. 2020; 56(5): 419-427. DOI: 10.31857/S0555109920050128.
  7. Zamakhaev M., Tsyganov I., Nesterova L., Akhova A., Grigorov A., Bespyatykh J., Azhikina T., Tkachenko A., Shumkov M. Mycolicibacterium smegmatis possesses operational agmatinase but contains no detectable polyamines // International Journal of Mycobacteriology. 2020; 9(2): 138-143. DOI: 10.4103/ijmy.ijmy_48_20.
  8. Synthetical CRISPR array with dual gRNAs for efficient knockout of mycobacterial genes            Nadolinskaia N., Karpov D., Armianinova D., Shumkov M., Goncharenko A., 2019  The 44th FEBS Congress Краков, Польша, 06-11 июля 2019 г.
  9. The role of cAMP-dependent RpfA protein synthesis in the reactivation of dormant mycobacteria Shleeva M.O., Kondratieva T.K., Goncharenko A.V., Apt A.S., Kaprelyants A.S.           2019    The 44th FEBS Congress Краков, Польша, 06-11 июля 2019 г.
  10. Токсин-антитоксиновые системы и бактериальная персистенция (обзор)    Замахаев М.В., Шумков М.С., Гончаренко А.В,  2019  Прикладная биохимия и микробиология
  11. Зависимый от ЦАМФ транскрипционный фактор mycobacterium tuberculosis, кодируемый геном rv3676, как возможная мишень при создании противотуберкулезных соединений, Шлеева М.О., Кондратьева Т.К., Гончаренко А.В., Апт А.С., Капрельянц А.С. 2019, Прикладная биохимия и микробиология
  12. Margarita Shleeva, Tatyana Kondratieva, Galina Demina, Elvira Rubakova, Anna Goncharenko, Alexander Apt, Arseny Kaprelyants. Overexpression of Adenylyl Cyclase Encoded by the Mycobacterium tuberculosis Rv2212 Gene Confers Improved Fitness, Accelerated Recovery from Dormancy and Enhanced Virulence in Mice, FRONTIERS IN CELLULAR AND INFECTION MICROBIOLOGY, 2017, v 7
  13. Alexander G. Tkachenko, Natalya M. Kashevarova, Elena A. Tyuleneva, Mikhail S. Shumkov; Stationary-phase genes upregulated by polyamines are responsible for the formation of Escherichia coli persister cells tolerant to netilmicin. // FEMS Microbiol Lett, 2017
  14. Soluble expression and easy purification of human bone morphogenetic protein-2, Goncharenko A., Prilipov A., Sadykova G., Moisenovich M., Kirpichnikov M. The FEBS Journal, vol. 284 (Suppl. 1), p. 360, 2017/
  15. M. Zamakhaev, J. Bespyatykh, A. Goncharenko, M. Shumkov, “How to turn it off? Role of VapC toxin in mycobacteria dormant state formation”, The FEBS Journal, vol. 284 (Suppl. 1), p. 360, 2017.
  16. Toxin-antitoxin vapBC locus participates in formation of the dormant state in Mycobacterium smegmatis. Demidenok OI, Kaprelyants AS, Goncharenko AV. FEMS Microbiol Lett. 2014 Jan 13.
  17. Cyclic amp-dependent resuscitation of dormant mycobacteria by exogenous free Fatty acids. Shleeva M, Goncharenko A, Kudykina Y, Young D, Young M, Kaprelyants A. PLoS One. 2013 Dec 23;8(12)
  18. Anuchin AM, Goncharenko AV, Demina GR, Mulyukin AL, Ostrovsky DN, Kaprelyants AS. The role of histone-like protein, Hlp, in Mycobacterium smegmatis dormancy. FEMS Microbiol Lett. 2010 Jul;308(2):101-7
  19. Koltunov V, Greenblatt CL, Goncharenko AV, Demina GR, Klein BY, Young M, Kaprelyants AS. Structural changes and cellular localization of resuscitation-promoting factor in environmental isolates of Micrococcus luteus. Microb Ecol. 2010 Feb;59(2):296-310.