Лаборатория молекулярной инженерии

SONY DSC Тишков Владимир Иванович
Заведующий лабораторией
доктор химических наук, профессор
ИНБИ, корп. 1, комн. 222
Телефон +7 (495) 954-53-83
E-Mail vitishkov@gmail.com

Основное

ОПИСАНИЕ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ ЛАБОРАТОРИИ

Ключевые слова
генная  инженерия, белковый дизайн, рекомбинантные штаммы, структура и свойства ферментов, регуляция экспрессии генов, исследование секреции белков в прокариотах, рекомбинантные белки терапевтического назначения, ферменты в анализе, ферменты в тонком органическом синтезе, антибиотикорезистентность

Направления исследований

  • Энзимология экстремофильных микроорганизмов. Восстановление и детоксикация оксоанионов.
  • Исследование взаимосвязи структура-функция в белках
  • Создание и исследование свойств белков терапевтического назначения
  • Изучение механизма секреции белков у прокариот

Основные методы исследований
Основной задачей лаборатории является фундаментальная задача по выяснению особенностей строения белков и механизмов их функционирования. В рамках фундаментальных и прикладных исследований лаборатория реализует полный цикл генно-инженерных методов конструирования генов целевых белков, в том числе и несущих запланированные мутации. Отдельной задачей является создание новых плазмид для высокоэффективной экспрессии целевых генов, разработка методов выделения и очистки рекомбинантных белков. Неотъемлемой частью исследований является исследование свойств как исходных белков, так и их мутантных форм, включая рентгеноструктурный анализ. Данный цикл исследований включает как традиционные, так и специальные (в том числе разработанные в лаборатории) методы и подходы.

Методы фундаментальных исследований:

  • математическое моделирование процессов формирования вторичной, третичной и четвертичной структур белков;
  • новые подходы к конструированию генов и их экспрессии;
  • оригинальные методы очистки рекомбинантных белков;
  • иммунохимические методы характеристики и изучения рекомбинантных белков.


Краткая история лаборатории

Лаборатория была создана в 2008 году. Заведующим лаборатории является профессор, доктор химических наук Тишков Владимир Иванович.

Достижения

ОСНОВНЫЕ ДОСТИЖЕНИЯ

Фундаментальные исследования
Основной задачей лаборатории является фундаментальная задача по выяснению особенностей строения белков и механизмов их функционирования. В рамках фундаментальных и прикладных исследований лаборатория реализует полный цикл генно-инженерных методов конструирования генов целевых белков, в том числе и несущих запланированные мутации.

Отдельной задачей является создание новых плазмид для высокоэффективной экспрессии целевых генов, разработка методов выделения и очистки рекомбинантных белков. Неотъемлемой частью исследований является исследование свойств как исходных белков, так и их мутантных форм, включая рентгеноструктурный анализ. Данный цикл исследований включает как традиционные, так и специальные (в том числе разработанные в лаборатории) методы и подходы.

Прикладные исследования
Лаборатория занимается разработкой лекарственных препаратов белковой природы на базе технологий рекомбинантных ДНК, осуществляя полный цикл работ: от выбора стратегии клонирования индивидуального гена и его химико-ферментативного синтеза до разработки методов выделения, очистки и тестирования целевого белка. Основные усилия сосредоточены на использовании прокариотических штаммов-продуцентов и дрожжевых систем.

К числу прикладных разработок может быть отнесено:

  • получение гибридного рекомбинантного белка (SAV-RGD), специфически узнающего меланомные клктки человека и обладающего потенциальной противоопухолевой активностью, показанной в ходе доклинических испытаний в рамках программы 14.N08.12.0009 ФЦП МОН «Доклинические исследования противомеланомного препарата, созданного на основе самособирающегося слитого белка, содержащего меланома-узнающие пептиды и адапторную часть для присоединения токсического агента»
  • создание высокоэффективного рекомбинантного штамма-продуцента растворимого стрептавидина
  • разработка способа получения рекомбинантного интерферона альфа2b человека
  • сотрудники лаборатории ежегодно участвуют в различных отечественных и международных мероприятиях в качестве,  докладчиков,  авторов стендовых сообщений и слушателей
  • в лаборатории постоянно ведется работа с молодежью и проводится работа по подготовке молодых специалистов. За время существования лаборатории по тематике исследований были защищены 8 кандидатских диссертаций.

Сотрудники

СОСТАВ ЛАБОРАТОРИИ

ФИО Ученая степень, звание Должность Место работы Городской телефон Внутренний телефон E-mail
1Тишков
Владимир Иванович
д.х.н., профессорзав. лабораториейИНБИ, корп. 1, комн. 222(495) 954-53-83425vitishkov@gmail.com
2Антипов
Алексей Николаевич
к.б.н.с.н.с., зам. зав. лабораториейИНБИ, корп. 2, комн. 108(495) 954-40-08422a_antipov@hotbox.ru
3Вейко
Владимир Петрович
д.б.н., профессорг.н.с.ИНБИ, корп. 1, комн. 221(495) 660-34-30 доб.425425vladveiko@yahoo.com
4Кляйн
Ольга Ивановна
к.б.н.н.с.ИНБИ, корп. 1, комн. 221(495) 660-34-30 доб.425425-
5Мордкович
Надежда Николаевна
к.б.н.н.с.ИНБИ, корп. 1, комн. 221(495) 660-34-30 доб.425425serkovan@mail.ru
6Окорокова
Наталья Анатольевна
-вед. инженерИНБИ, корп. 1, комн. 221(495) 660-34-30 доб.425425okonatalya@yandex.ru
7Пометун
Анастасия Александровна
н.с.

РИД

РЕЗУЛЬТАТЫ ИНТЕЛЛЕКТУАЛЬНОЙ ДЕЯТЕЛЬНОСТИ (патенты, полезные модели, базы данных, ноу-хау и пр.)
Регистрационный номер Тип Название Авторы Заявитель/ патентообладатель Дата приоритета Дата публикации
1 RU2432401C2 Патент на изобретение РФ Способ получения безметионинового интерферона–альфа 2b человека Широков Д.А., Рябиченко В.В., Акишина Р.И., Глазунов А.В., Честухина Г.Г., Вейко В.П. ФГУП ГосНИИгенетика 28.12.2009 27.10.2011
 2  RU2535878C2 Патент на изобретение РФ Слитный белок, специфически узнающий меланомные клетки Сыркина М.С.,
Широков Д.А.,
Вейко В.П.,
Попов В.О.,
Рубцов М.А.
МГУ им.М.В.Ломоносова 23.11.2012  20.12.2014

 

Публикации

ЗНАЧИМЫЕ ПУБЛИКАЦИИ
  1. Antipov A.N. Tishkov V.I. Isolation and preliminary characterization of new cytochrome c from autotrophic haloalkaliphilic sulfur-oxidizing bacterium Thioalkalivibrio nitratireducens. — Biochimie, 2012, v.94, N12, p.2577-2581 (DOI: )
  2. Poloznikov, A., Zakharova, G., Chubar, T., Tishkov, V., Gazaryan, I. Site-directed mutagenesis of tobacco anionic peroxidase: effect of additional aromatic acids on stability and activity. — Biochimie, 2015, v.115, N1, p.71-77 (DOI: 10.1016/j.biochi.2015.04.021)
  3. Kargov, I.S., Kleymenov, S.Y., Savin, S.S., Tishkov, V.I., Alekseeva, A.A. Improvement of the soy formate dehydrogenase properties by rational design. — Improvement of the soy formate dehydrogenase properties by rational design. — Protein Engineering, Design and Selection, 2015, v.28, N6, p.171-178 (DOI: 10.1093/protein/gzv007)
  4. Safonova T.N., Mordkovich N.N., Polyakov K.M., Manuvera V.A., Veiko V.P., Popov V.O. Crystallization of uridine phosphorylase from Shewanella oneidensis MR-1 in the laboratory and under microgravity and preliminary X-ray diffraction analysis. — Acta Crystallogr Sect F Struct Biol Cryst Commun. 2012, Nov 1; 68(Pt 1):1387-1389. (DOI: 10.1107/S1744309112041784)
  5. Safonova T.N., Mikhailov S.N., Veiko V.P., Mordkovich N.N., Manuvera V.A., Alekseev C.S., Kovalchuk M.V., Popov V.O., Polyakov K.M. High-syn conformation of uridine and asymmetry of the hexameric molecule revealed in the high-resolution structures of Shewanella oneidensis MR-1 uridine phosphorylase in the free form and in complex with uridine. — Acta Crystallogr D Biol. Crystallogr. 2014, Dec 1;70(Pt 12):3310-3319 (DOI: 10.1107/S1399004714024079)
  6. Tishkov V.I., Gusakov A.V., Cherkashyna A.S., Sinitsyn A.P. Engineering the pH-optimum of activity of the GH12 family endoglucanase by site-directed mutagenesis. — Biochimie, 2013, v.95, N9, p.1704-1710 (DOI: 10.1016/j.biochi.2013.05.018)
  7. Alekseeva A.A., Serenko A.A., Kargov I.S., Savin S.S., Kleymenov S.Yu., and Tishkov V.I. Engineering catalytic properties and thermal stability of plant formate dehydrogenase by single-point mutations. — Protein Engineering, Design and Selection, 2012, v.25, N11, p.781-788 (DOI: 10.1093/protein/gzs084)
  8. Syrkina M.S., Shirokov D., Rubtsov M., Kadyrova E.L., VeikoV.P., Manuvera V.A. Preparation and functional evaluation of RGD-modified streptavidin targeting to integrin-expressing melanoma cells. — Protein Engineering, Design and Selection, 2012, v.16, p.1 – 8 (DOI: 10.1093/protein/gzs076)
  9. Brilliantova, A.N., Kliasova, G.A., Mironova, A.V., Tishkov, V.I., Novichkova, G.A., Bobrynina, V.O., Sidorenko, S.V. Spread of vancomycin-resistant Enterococcus faecium in two haematological centres in Russia. — International Journal of Antimicrobial Agents, 2010, v.35, N2, p.177–181 (DOI: 10.1016/j.ijantimicag.2009.10.006)
  10. Shabalin, I.G., Filippova, E.V., Polyakov, K.M., Sadykhov, E.G,. Safonova, T.N., Tikhonova, T.V., Tishkov, V.I. and Popov, V.O. Structures of the apo and holo forms of formate dehydrogenase from the bacterium Moraxella sp. C-1: towards understanding the mechanism of the closure of the interdomain cleft. — cta Crystallogr D Biol Crystallogr. 2009, v.65, N 12, p.1315-1325 (DOI: 10.1107/S0907444909040773)

 

Диссертации

ЗАЩИЩЕННЫЕ ДИССЕРТАЦИИ
Диссертант Диссертация Тема работы Научный руководитель/ консультант
Год защиты
1 Левицкий С.А. кандидатская Изучение структурно-функциональной организации фибрилларина человека Вейко В.П. 2005
 2 Манувера В.А. кандидатская Получение рекомбинантных энтеротоксинов Staphylococcus aureus в Escherichia coli. Исследование на их модели роли сигнальных пептидов в транслокации белков в периплазматическое пространство E.coli Вейко В.П. 2009
3 Алексеева А.А. кандидатская Рекомбинантная формиатдегидрогеназа из сои Glycine max: белковая инженерия и структурные исследования Тишков В.И. 2011
 4 Комарова Н.В. кандидатская Инженерия каталитических свойств и термостабильности оксидазы D аминокислот Тишков В.И. 2012
 5 Сыркина М.С. кандидатская Конструирование рекомбинантных белков для диагностики и терапии онкологических заболеваний Вейко В.П. 2012
 6 Самохина Л.С. кандидатская Биологическое действие пептидов лактоферрина и α-лактальбумина на желудочно-кишечный трак Тишков В.И.
Комолова Г.С.
2013
 7 Савин С.С. кандидатская Новые биокатализаторы регенерации NADH на основе формиатдегидрогеназы Тишков В.И. 2013
 8 Мордкович Н.Н. кандидатская Исследование особенностей анаэробного дыхания электрогенной бактерии Shewanella oneidensis MR-1 и структуры уридинфосфорилазы из нее Вейко В.П. 2014
 9 Захарова Г.С. кандидатская Анионная пероксидаза табака: получение рекомбинантного фермента и его применение как компонента биоаналитических систем Тишков В.И.
Полозников А.А.
2015

 

Услуги

КОНТРАКТНЫЕ УСЛУГИ (которые лаборатория готова оказать на хоздоговорной основе)

1. Клонирование и экспрессия генов
2. Конструирование штаммов-продуцентов рекомбинантных белков
3. Сайт-направленная реконструкция ДНК